他知道自己的實力遠遠不如兄長，而且他所指望的靠山，駐紮在遼東都指揮使司的明軍，也處在岌岌可危的境地，根本沒有出手的意思。
在萬念俱灰的絕望處境下，明建州右衛軍民指揮使：愛新覺羅·舒爾哈齊，又回到了兄長的帳下。
但是這次兄長明建州左衛軍民指揮使：愛新覺羅·努爾哈赤佟努爾哈赤）對他卻不再講兄弟情誼了，而是直接把他囚禁在一間暗室之中，用鐵鏈鎖住，僅有兩個孔穴給他送食物。
這下建州女真八部又壯大了許多，明神宗為了牽制建州女真八部的發展，才不得已派遣了明行人司行人：劉用，出使李氏朝鮮王國，正式冊封李氏朝鮮光海大君為李氏朝鮮國王大明李氏朝鮮郡王）。
但大明禮部，還是拒絕承認李氏朝鮮光大海君，是大明帝國的郡王！
直到李氏朝鮮官員們賄賂禮部，才打通關係勉強承認，但也讓李氏朝鮮郡王光海大君：李琿，開始討厭大明帝國。
3月10日，襖兒都指揮使司漠南蒙古河套部首領：拱菟，集合兵力開始報復大明，遂率眾五千餘人進入遼東都指揮使司大勝堡，明廣寧中屯衛遊擊將軍：於守志，率兵出擊兵敗。
致使漠南蒙古河套部首領俘獲了明大勝堡總兵：耿尚文，將其五馬分屍，且在大勝堡一帶大肆殺掠，還深入小淩河22裡地。
然而明遼東總鎮總兵：杜松，卻駐紮大淩河，沒有前往救援，導致明軍大敗。
12月初5日，南直隸揚州府劉家莊百姓造反，殺死明如皋縣知縣：張藩，致使軍情緊急明漕運總督：李三才，立即奏報明泰州知州：劉民愛，又遭遇了明高郵衛指揮使：王正國，等將領失事。
並說道“因各處饑荒，故流民日眾，且千百成群，正在行劫，非速免租，進行救濟，安撫人民，否則後果將不堪設想。”
話說早在大明附屬國琉球中山郡王兼英祖仁耶添按司添：尚永，死後，其女婿琉球小祿御殿：尚寧，遣人去大明帝國請求襲封爵位。
但是明福建總鎮巡撫：許孚遠，卻讓他請按照嘉靖年間明刑部尚書：鄭曉，領封之例，遣官一員帶著皇帝詔書至福建承宣布政使司，在由琉球中山王國使臣面領聖旨歸國，或者派遣一位習海的武官與其使臣一同前往。
此舉明神宗：朱翊鈞，表示同意，可後因安土桃山幕府侵略李氏朝鮮王國，海上多事之秋，所以一直拖至萬曆三十四年公元1606年才始遣明禮科給事中：夏子陽，等官員冊封，仍令琉球中山王國領封海上，永為定製。
二年後始完事，同時德川幕府徵夷大將軍：德川幕府，取代了安土桃山幕府時期的豐臣氏政權而且正在逐漸發展壯大，似有吞滅琉球中山王國的野心，
而琉球中山王國外御強鄰，內則修貢不絕，人少力薄。
終於在明萬曆三十七年公元1609年12月11日，德川幕府薩摩藩藩主：島津忠恆，被德川幕府徵夷大將軍下令派兵三千人由德川幕府大野權左衛門尉：樺山久高、德川幕府美濃守：平田增宗，的率領下，自九州島山川港出發，入侵併攻佔了琉球中山王國，而琉球中山郡王：尚寧，等君臣百餘人及其宗器也被一起擄到鹿兒島去。
其中琉球中山郡王也被德川幕府薩摩藩藩主帶到了江戶城。
事後明浙江總鎮總兵：楊宗業，得知訊息才趕忙奏報朝廷，明神宗急忙勒令總鎮總兵、總鎮巡撫官員嚴查海上兵備。
此時行進到達河南承宣布政使司歸德府的明潼關衛千總：吳俊振，正架著馬車，又繼續問道“馬兄，那後來建奴，又是怎樣把矛頭指向大明的呢？”
於是明潼關衛把總：馬維，就說道“說來就話長了且聽我一一道來…。”
明萬曆三十八年公元1610年2月18日，齊、楚、浙，三黨與宣昆黨相互攻擊東林黨人和明東宮皇太子：朱常洛，此後不斷爭吵，搞得朝廷烏煙瘴氣，朝政逐漸混亂不堪！
接著，泰西神聖羅馬帝國傳教士：龐迪峨、熊三拔、鄧玉函、高一志、艾儒略，蒲麗都家葡萄牙）傳教士：羅雅谷，奧地利哈布斯堡王朝傳教士：湯若望，西西里義大利南部）傳教士：龍華民，等亦先後到達大明帝都京師紫禁城內，他們都精究天文曆法。
11月初1日，在東方亞洲大陸中發生了日食現象，根據大明禮部欽天監所推算出的日食起止，分秒以及虧圓俱不準確。
禮部官因此博求知歷學者，令與欽天監官晝夜推測，以期曆法準確不差。
於是明欽天監屬官春官正：周子愚，就上疏說“來華傳教士：龐迪峨、熊三拔，等人，所帶來他們國家的歷法，多為中原典籍所未備者，請按照洪武中翻譯《西域曆法》之例，取知歷儒臣，率同監官將諸書如數翻譯，以補我國典籍之缺。”
然後禮部遂奏言稱“我國精通曆法的，如；明兵部職方清吏司郎中：範守己、明陝西按察使：邢雲路，著有《古今律歷考》，綜採詳密，為時所稱，請改授京官，共理歷事，又有明翰林院檢討：徐光啟、明南直隸工部員外郎：李之藻，亦皆精心歷理，可與龐迪峨、熊三拔，等人同譯西洋曆法，再由我朝參訂修改。”
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