和崇禎鬆了口氣不同，瞭解了事故經過的徐光啟臉色要嚴峻的多。見到了崇禎的到來之後，他便請求和皇帝找個地方進行談話。
朱由檢遲疑了下，還是搖頭拒絕了徐光啟。他走去看望了那些還在昏迷的研究員，要求邊上的醫務人員一定要救回這些研究員。又囑咐一邊科學院的主管妥善處理死者的後事，不要讓家屬有什麼不滿，這才跟著徐光啟等人走到一邊，開始詢問起事故的經過。
已經瞭解事情經過的王徵向崇禎彙報了事故發生的緣由，一名研究員在研究磷化合物的實驗中，用紅磷和鋅片合成了一種新物質。
為了檢驗這些新物質的效能，他將之丟進了一杯水中，隨即冒出了大量的煙霧，做實驗的研究員吸入這種煙霧之後很快就昏迷了，當時實驗室內還有另外兩名研究員，他們上前將他拖出了實驗室，但是這名研究員已經因為吸食了過多的煙霧而死亡了，而拖人出來的兩名研究員則陷入了昏迷。
看到崇禎聽完了事故彙報後沉默不語，徐光啟終於忍不住開口說道：“陛下，臣以為關於磷化合物的研究應當暫停了。臣一直都說過，我們現在連磷這種物質的性質都沒有完全弄明白，怎麼能夠跳過去研究磷的化合物質呢？
在過去的大半年裡，因為研究磷的化合物，化學實驗室已經出現了3次重大事故，35次中等事故，還有100餘次小的失誤，可見這種化合物有多麼的危險。
臣以為，不能將科學院的研究員們消耗在這種無聊而又危險的實驗上。這樣的化合物研究出來，除了傷害人命外，又有什麼作用呢？”
朱由檢頓時搖頭反駁道：“這怎麼會沒有用，我們研究磷化合物的目的，不就是要作為殺蟲劑的嗎？
就今天的事故來看，我們離開成功已經很接近了，只要繼續研究下去，我們就能夠得到一種高效的殺蟲劑，不管是用在糧倉裡，還是用在農田裡，都是很有作用的。
如果我們現在停止實驗的話，我們之前的付出就全都白費了，那樣的話，死去的研究員不就白白死亡了嗎？”
徐光啟顯然並不認同崇禎的說法，他堅持的說道：“臣不知道研究成功後，這殺蟲劑有多了不起。但是臣現在已經知道，磷化合物用來殺人的效率倒是比砒霜高的多。
陛下，即便這種化合物真的製造出來了，你怎麼能夠確定它們會被用在正途上，而不是被人用在歪門邪道上呢？砒霜害人還有痕跡可查，但是用這種化合物害人，普通人哪裡看的出來？
研究這種東西，害處遠遠大於它所帶來的一點利益，實在是有傷天和。臣堅決反對，科學院再對它研究下去。”
徐光啟的話語倒是讓朱由檢一時語塞，從某一點來說，徐光啟說的也不算是錯誤。畢竟磷化工業在戰時，是可以轉為毒氣製作工廠的。
還沒等朱由檢開口，王徵也開口對他勸諫道：“陛下，新學和皇家科學院現在已經是眾矢之的，各地的名士大儒本就在攻擊新學是譁眾取寵的奇技淫巧。
若是讓他們知道，科學院花費了偌大的力氣，結果卻是在研製砒霜之類的毒物，恐怕到時候就更要妖魔化新學和科學院了。更何況科學院畢竟是一個尋求知識的地方，沒必要研究這麼危險的東西，讓其他研究員也人心惶惶…”
聽到王徵的說法，朱由檢下意識的向周邊的人群看去，果然人人臉上帶著憂傷驚懼的神情，不時的對著死者的方向指指點點的。
這一刻，朱由檢恍然明白了過來，他現在才發覺，他和徐光啟這些人對於科學研究的認知，其實並不一致。
徐光啟他們對於科學研究的目的，只是想要得到一些新的知識，從而更好的認識世界。而作為一個擁有後世靈魂的崇禎，他只是想要從這些科學研究中復活已經世界的規律，並希望得到能夠使用的科學造物而已。
所以徐光啟等人並不願意為了科學研究而死人，因為他們還算不上真正的科學家，而只是把科學作為一種業餘愛好而已。如果朱由檢給予他們的壓力過大，也許新學和科學院內部就要首先分裂了。
想明白了這些，朱由檢不得不做出了讓步說道：“這樣吧，磷化合物的研究專案先暫時封存，我們先把這起事故處理好再說…”
聽到崇禎作出的退讓，徐光啟和王徵總算是放下了心來。科學院內研究新學的，大部分都是他們相識的世家子弟，損失了哪一個都讓他們難以承受。
因為在大明，四書五經就算是鄉村都有人教導，但是想要接觸新學，沒有一定的身份地位，是入不了門的。
從科學院返回宮內的朱由檢，在馬車上想了一路，在快要抵達皇宮時，終於開口對著車廂內的呂琦吩咐道：“你在城外找塊地方，建立第二化學研究所，然後重新招募人員，開始研究磷化合物和其他化合物…”