太醫院的醫生們都認為，種痘法是對付天花最好的預防治療方式，但是卻沒人贊成對皇帝及皇后、兩位皇妃進行種痘術。
朱由檢試探的說道：“天花出現這麼多年以來，只有種痘術取得了不少成果，朕覺得用種痘法預防天花顯然是一條可行的道路。
不過一直以來，各位使用的都是人痘，為什麼不試試牛痘呢？朕聽說，上牧監養殖黃牛的農戶們，從來沒有得過天花的病例，也許牛痘比人痘更為溫和，適合於種痘法也說不定。”
聽到了崇禎說的這個訊息，幾名太醫頓時就開始討論了起了，朱由檢可聽不懂那些中醫理論，他隨即叫來了太醫院的院使蔣庭芳。
“蔣院使，現在太醫院管理惠民藥局的是誰？”朱由檢輕輕問道。
蔣庭芳恭敬的回答道：“是左院判胡德公，和宮內派出的女醫官林香兒。”
“那麼救濟院發現天花之後，惠民藥局都做了什麼事？”
“回陛下，胡院判第一時間就帶人封鎖了救濟院，禁止人員隨意出入，並通知了小臣。而林女官則一直呆在救濟院安撫孩童，沒有出來。”
朱由檢點了點頭說道：“胡院判的處置還是不錯的。王承恩，你讓巡警局抽調一些已經出過痘的警員，去協助胡院判。
還有，孩童生病期間內出入過救濟院的人員，都要進行隔離監視，就定在15天，如果有發病的要立即上報。
對救濟院所在的衚衕進行封鎖，確認疫情結束之後再撤除。在隔離期間，被隔離戶每日所需要的米菜，派專人送去，錢可以從內庫撥出先。”
王承恩答應了聲，立刻走去院子裡傳話去了。朱由檢這才對著身前的蔣庭芳繼續說道：“現在看來，光靠惠民醫局被動的等待患者上門，是無法及時瞭解京城的疫病情況的。
朕以為應當建立一個統籌全域性的衛生防疫部門，這個部門裡不需要什麼醫術精湛的大夫，只要有一定的醫療知識，並能分辨出常見的傳染病就可以了。
衛生防疫部門的任務很簡單，及時發現疫病，做好隔離役區，向太醫院彙報，以便太醫院能夠及時進行救治工作。
此外製定都城的公共場所衛生管理條例，讓巡警局強制各坊區百姓實施，還有就是推行種痘術，對天花進行預防。
蔣院使你覺得有什麼要補充的嗎？”
蔣庭芳唯唯諾諾，那裡敢對崇禎提出的方案進行修改。看著這位太醫院院使難以擔當重任的表現，朱由檢只得把新成立的這個北京醫療衛生防疫署，交給了胡德公。
隨著崇禎這邊商議完隔離及組建防疫部門等事項，王肯堂等人也終於討論出了一個結果，他們認為可以試驗一下牛痘的接種效果。
朱由檢建議在刑部大牢內選幾名罪犯出來進行試驗，但是鄧玉函卻上前請求道：“陛下，請把這個光榮的科學試驗交給我，如果牛痘真的能夠改善種痘術，這無疑是醫學上一個偉大的發現。
我絕不能讓第一個接種牛痘的榮譽落在一名罪犯身上，而且作為一名醫生，我可以及時準確的描述出接種之後的各種反應，清陛下准許我這麼做。”
“鄧神父，朕知道你對任何醫學的創新都很著迷，但是種植牛痘還是第一次，誰也不確定它是否毫無風險，所以朕覺得你還是先等一等為好。”朱由檢可不願意一名科學家去冒這樣的風險，他竭力的勸說著。
吳有性忽然也上前請求道：“陛下，這是我大明第一次用牛痘進行預防天花的試驗。臣覺得，應該由一名大明人來做這個試驗，臣願意接受牛痘的接種。”
朱由檢看著下方兩個爭著要做接種物件的傻瓜，不由露出了一絲苦笑，不過他心裡倒是覺得，如果大明有一半這樣的傻瓜存在，那麼這個世界也就沒有什麼領域不被大明所征服的了。
最終在朱由檢的勸說下，決定還是先從上牧監和京城郊區的農戶家中，先找到有痘瘡的病牛，然後再決定接種的人選和數量。
在崇禎的親自督促下，天色剛黑時，就有三頭牛被牽到了太醫院。吳有性終於如願以償的第一個進行了牛痘接種，而鄧玉函及8名挑選出來的囚犯成了第二批接種的人員。