就在唐峰召開會議籌劃下一步行動的時候，位於金陵城的總督衙門內，清政府的一眾官員及俄國援華軍的軍官們也正在召開會議，討論防禦計劃。
會議的議題是討論徐州和威海衛軍港的防衛問題，在討論防守徐州的方案時，大臣們的意見比較統一，釋出瞭如下命令：1.命令張勳指揮部隊在蘇、魯兩省交界處依託大運河構築工事，準備抗擊共和軍的進攻。
2.命令袁世凱率軍加速向徐州撤退，與張勳匯合加強徐州守軍的兵力，3.命令俄國援華軍派出六千人（俄國援華軍總兵力一萬兩千人）前往徐州，配合清軍一起守城。
4.徐州地區的所有守軍由袁世凱和格羅傑科（俄國援華軍總司令）聯合指揮。
在討論威海衛的防守方案時，大臣們出現了分歧，一些大臣主張充分發揮清軍擁有海軍的優勢，命令丁汝昌率領艦隊果斷出擊，襲擊共和軍。
李鴻章堅決反對採取這種辦法，他說：“唐峰的部隊雖然沒有海軍，但是他有一種怪異武器，這種武器不僅可以在天上飛，還可以發射炸彈，如果艦船在海上遇到它們，將死無葬身之地。依我之見，應該命令丁汝昌和張文宣（此人是李鴻章的外甥，時任威海衛軍港陸地守軍指揮官）等人率軍死守威海衛軍港，抵抗敵人的進攻。”經過討論，清政府下達了死守威海衛的命令。
接到命令後，丁汝昌立即下令海軍各軍艦、陸軍各炮臺及軍火庫清點糧食和彈藥，做好戰鬥準備，同時命令陸軍指揮官孫萬齡率領兩千名清軍進駐距軍港東側入口三十五公里的白馬村，以防止敵軍從榮城灣登陸後長驅直入，直逼威海衛南幫炮臺（負責防守威海衛南岸的炮臺群統稱南幫炮臺，負責防守北岸的炮臺群統稱北幫炮臺。
）造成兵臨城下的不利局面。至此清軍、共和軍已經分別做好了戰鬥準備，一場大戰在所難免。
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