陸將軍一意孤行，整個玉門關頓時陷入“毒糯米”的恐慌之中。經由周師爺分發的糯米還勉強有跡可循，但先前被百姓和軍士搶去的大半根本無法追查。對此周師爺懊惱不已，沒日沒夜地追查，終於盤查出兩百多個食用過糯米的人，當中除了十幾個百姓，幾乎全是營中軍士。而呂師爺這邊負責收繳“送客樓”的那批糯米，到最後卻只追回十幾斤，也不知還有多少人食用過。
對於盤查出來的這兩百多號人，陸將軍不敢怠慢，將他們全部留在軍營裡觀察，經過隨軍郎中的問診，卻並無中毒的跡象，眾人才暫時鬆下一口大氣。陸將軍還是放心不下，又讓他們在營中多留些時日，誰知沒過幾日，當中便有人悶聲咳嗽，卡出黃痰，隨軍郎中開始還以為是染了什麼風寒，隨手煎了幾副藥。待到又過了兩天，被留在軍營裡的這兩百多人幾乎全部咳嗽起來，而且都是胸口發悶、痰湧咽喉，皆是一模一樣的症狀。
顯而易見，先競月和陸將軍的擔憂絲毫沒錯，“送客樓”的這批糯米果然有問題。隨軍郎中再不敢大意，連忙仔細問診，最後得出同一個結論：這兩百多人的症狀，並非是中了毒，而是染上了病，乃是感染了瘟疫。當中一名隨軍郎中更是事後諸葛亮，這才驚醒過來，說話：“我明白了，這些糯米的顏色發黃，而且還帶著一絲淡淡的腥臭味，分明是用瘟疫病人的血浸泡過的！”
聽到隨軍郎中這話，陸將軍和先競月等人個個面如死灰。若說糯米里是被人下了劇毒，哪怕是見血封喉的毒藥，後果都還能夠控制，但糯米里居然帶有瘟疫，那後果便無法預估了。要知道這瘟疫一物，雖然只是突發的病症，一時間也未必會死人，但最可怕的便是“感染”二字。只要有一人患病，稍有不慎便會感染旁人，繼而一傳十、十傳百，讓身旁所有的人盡數患病，其感染速度之快，簡直令人猝不及防。所以但凡瘟疫所到之處，往往是一村一鎮地死人，到最後雞犬不留，徹底淪為鬼村鬼鎮。
想不到躲在幕後的神火教又或者是那個言思道，前些日子搞出的活屍不過是個幌子罷了，真正的殺招卻是“送客樓”的這批糯米，竟然用上了散播瘟疫這等慘絕人寰的手段，其用心之歹毒，簡直令人髮指。
幸好陸將軍當時堅持要處理糯米一事，立刻將食用過糯米的人聚集到了一起，否則這幾天下來，整個玉門關的百姓和軍士只怕都已被瘟疫感染。雖然暫時控制住了疫情，整個玉門關連續遭受波折，早已是人心惶惶，陸將軍急忙將軍中的三十幾個隨軍郎中盡數召集起來，叫他們儘快想出治療的瘟疫對策。
一干隨軍郎中當即各抒己見，有人說瘟疫又被稱為“鬼疫”，乃是源於屍鬼之氣，此番感染的瘟疫多半來自玉門關之前出現的活屍，所以要用那些活屍作為藥引。又有人引經據典，說依據《素問》記載，瘟疫源自五行之氣，分為金疫、木疫、水疫、火疫和土疫，所以又被稱為“五疫”，眼下正值秋季，玉門關犯的多半是金疫，需以克金之火氣對症。經過一番激烈的爭辯，隨軍郎中們到底還是達成了一致，說這些瘟疫患者的症狀是咳嗽多痰，自然是肺上的疾病，應當用治療肺病的藥方嘗試。
要知道瘟疫的可怕在於“突發”和“感染”，倒算不上是不治之絕症。正所謂三個臭皮匠賽過諸葛亮，眼下有這三十多個隨軍郎中一同出手，頃刻間便擬出十幾張藥方，打算以此作為試驗，依次煎藥給瘟疫患者服用，從而試出對症的藥方。不料這一試藥，才發現軍中庫存的藥材不知何時遺失了一大批，尤其是治療肺病的“白絨草”、“掛金燈”“朝天子”和“草石蠶”這幾味藥，居然一兩不剩。
如此看來，對方顯然早有預謀，一早便已將軍中庫存這幾味藥材偷走，而且多半便是殺害伙房廚子的那個神火教高手鄒松所為。然而對方此舉無疑是此地無銀三百兩，反倒坐實了隨軍郎中們的推測，可見要想治癒這場瘟疫，便得從這幾位藥材入手。幸好玉門關的街道上還開有兩間藥鋪，陸將軍便派人去百姓手裡採購，勉強將這幾味藥材收集了十來斤，隨軍郎中也抓緊時間試藥。
誰知禍不單行，又過了兩天，忽然有十幾個衣衫不整的軍士從東面官道而來，卻是陸將軍之前派去嘉峪關運回軍餉的隊伍。詢問之下，原來他們去往嘉峪關討要秋季的這批糧餉，龔百勝雖然不肯放他們入關，倒是用吊籃從城牆放下一批糧食，雖然比起這批糧餉的總數至少剋扣了一大半，但運糧的將領牢記陸將軍吩咐，也不敢和龔百勝起爭執，只得先將這批糧食運送回來。哪知在回來的路上，忽然殺出數百騎賊匪，運糧的軍士總共才兩百來人，立刻被殺了個措手不及，當場死傷大半，兩名將領更是斃命於賊匪刀下，只有十幾名軍士倖存下來，而那批糧食自然也被賊匪搶走。
要說這西北荒漠裡的賊匪，基本便是“風沙騎”、“髒鬍子”和“庫裡魔刀”這三支人馬，但平日裡都只在別失八里城一帶活動，根本不敢前來玉門關附近生事，眼下又怎會出現在玉門關和嘉峪關之間，而且還盯著這批糧草搶奪？陸將軍和先競月略一推測，便斷定這必定又是神火教的手段，對方這一連串的毒計環環相扣、滴水不漏，定是提前預料到了今日的局面，一早便收買了荒漠裡的賊匪，讓他們化整為零混入玉門關，又或者是翻越北面的群山過關，目的便是為了此時斷去玉門關的補給。
如此一來，玉門關不但瘟疫橫行，而且又缺糧缺藥，至於陸將軍飛鴿傳書給蘭州城的奏報，以及李劉氏的給親軍都尉府發出的信鴿，也如同泥牛入海，毫無回應。顯而易見，玉門關的這支駐軍竟已被朝廷捨棄，徹底淪為了一枚棄子。軍中眾將又忍不住提議，要全軍撤回嘉峪關，若是龔百勝不開城門，便徑直攻破嘉峪關。陸將軍卻極是頑固，說什麼也不肯棄守玉門關，費勁唇舌才將眾將鎮住，勉強穩定住軍心。
由於嘉峪關的龔百勝已經給過一批糧食，若是再去討要，以他和陸將軍之間的私怨，多半也未必肯再給。何況通往嘉峪關的官道上眼下又有賊匪埋伏，若是派重軍前往嘉峪關討糧，又擔心會引起龔百勝的猜忌，更加不會給糧。眼看糧草便要耗盡，陸將軍只得拿自己的性命作為賭注，帶頭去吃右邊軍營伙房外的那批食材，結果到底還是賭贏了，這批食材倒是並無異常。
有了這批食材，玉門關的駐軍少說還能堅持一個多月，陸將軍又趁著秋末派軍士去荒漠裡多打些獵物囤積，以待即將到來的冬季。同時又派出兩支千人隊伍，去往東面的官道剿滅那批劫糧的賊匪。
而隨軍郎中這邊日夜治療瘟疫，試藥也頗有成效，尤其是“掛金燈”和“朝天子”這兩位藥材極是對症，服藥的瘟疫患者雖然並未痊癒，症狀倒也緩解了不少。只可惜從百姓手裡買來的這兩位藥材數量有限，幾乎可以說是杯水車薪，只怕還沒試驗出對症的藥方，這兩味藥便會率先耗盡。所以到頭來還是得向嘉峪關討藥，又或者是出關向西域諸國的商隊購買。
眼見玉門關的形勢稍有轉機，陸將軍緊繃的神經才敢略微放鬆，不料軍士忽然傳來訊息，說街道上和左右兩營裡又有十來個人染上了瘟疫，也是相同的症狀，個個悶聲咳嗽，卡出黃痰。聽到這個訊息，陸將軍只覺腦海中“嗡”的一聲，差點當場癱倒在地。