山本正夫提出的設想和建議，對當時已被極右軍國主義野心家控制的日本軍部來說，有著無法拒絕的誘惑力。
但是，他們也有一條規定，所有離開那個基地和專案的人，只能是死人。
最終，他們對山本正夫進行了極其嚴苛的政審，他透過了。
這一點，除了感謝他孤僻、沉悶的性格，以及對學術的狂熱外，他的紅月之刃也幫了他的大忙。
自廢刀令以來，在一次次針對武士暴亂的鎮壓中，武士階層已經消亡，然而武士道精神卻轉化成了對天皇的絕對忠誠和狂熱的軍國主義熱情。
在他的政審報告中特別備註：山本正夫時常沉浸在對先祖遺物（紅月之刃）的觀想之中，並流露出武士一般冷酷的神色，他是一位難得的右翼科學家。
就這樣，山本正夫成了一名東京帝國大學的副教授，化名伊東二郎，在一名軍方特派員的陪同下，開始了歐美等國家的求學之旅。
當然，那名軍方特派員是作為他的助手和隨從一起的，對山本也十分恭敬，生活起居照料的無微不至。
不過，山本正夫偶爾也會流露出一些唏噓之意——此時他的已不再那麼單純了，他想，這位隨從一定還接受了另一條秘密指令：一旦自己流露出絲毫可疑，便會決絕的抹殺自己。
山本正夫的遊學，歷時兩年八個月，同之前的申請相比不可謂不長，不過，在這期間，山本正夫也是成績斐然，源源不斷的把他在西方學到的生物學、化學、病毒細菌方面的先進情報傳回了國內。
雖然病毒專案的研究耽擱了，可因為山本正夫傳回的情報，秘密基地的一幫人在細菌武器方面的研究卻取得了幾項傲人的成果，軍部高層乾脆聽之任之，甚至大有改變原本的計劃，培養他成為一名科研間諜的想法。
因此在這段時間內，他還受到了一些嚴格的間諜訓練，練習使用了幾個不同的身份。
山本正夫一共採購了兩種裝置，一種是手套式隔離操作箱，在一個密閉的玻璃箱上做出兩個圓孔，圓孔上密封鑲嵌兩個塑膠手套探入箱中，箱體內便成了一個完全與世隔絕的密閉空間。
工作時只需將兩手深入手套中，即可操作箱內事先準備好的裝置和病毒樣本。這種隔離箱只需一次性把病毒樣本放入，後期無需再進行暴露式操作，大大減少了病毒傳播的可能性。
另外一種原理相同，也是隔離箱式操作檯，更為先進的地方在於，箱內的裝置儀器均為特製，工作時採用金屬手臂操弄各種儀器裝置。因此，在隔離箱外還可以多加幾層隔離牆，研究人員只需操弄那些金屬搖臂即可完成實驗動作。
第二種裝置更為安全可靠，不過造價高昂，而且金屬手臂配備的特製儀器裝置種類較少，一定程度上不利於擴大研究範圍。
帶著大量先進知識和裝置迴歸的山本正夫，很快成為了秘密基地中的核心成員之一，也接觸到了更多駭人聽聞的實驗內容。
早在第一位佛系負責人被暗殺後，沒過多久他們便開始了活人實驗。一些無親無故的死刑犯、流浪漢，被秘密帶到實驗基地，成為實驗的物件。
因為嘗試抽取病毒樣本進行活體實驗，又有五名研究人員感染身亡，那份病毒樣本成了不可靠近的禁忌之物。
軍方負責人自然不會甘心，迫於無奈，研究人員只得嘗試去提取一些感染者的身體組織，移植到活人實驗物件身上，這種方法成功率很低，每一百人次實驗，才會有一名實驗物件被感染。
這種病毒的傳播方式實在匪夷所思。山本正夫想了想，隨即陷入了深深的道德與倫理的旋渦之中，幾乎有兩個月的時間他無法正常思考和工作，把一種尚屬未知，且會引起人基因突破的病毒，用於活體實驗，無論從哪個角度看，都是極其錯誤的。
他甚至後悔把那些裝置帶回來，不知不覺自己竟成了幫兇。
山本正夫的退縮，對於整個專案的推進幾乎沒什麼影響，軍方早就籠絡了大批的毫無道德和倫理可言的科研人員，只要把那些先進裝置給他們，由他們繼續從事活人實驗即可。
這個時期的山本正夫顯得異常焦慮、矛盾，不過他這種焦慮和矛盾主要是自己折磨自己，並沒有引發他與軍方負責人之間的爭執，更多的表現為一種消極怠工罷了。
對於山本正夫的消極，軍方的表現也出乎意料的寬容，起初他們採取了放任自流的策略，聽憑山本正夫沉浸在自我懷疑和消極的情緒中，緩過一段時間，又開始給他“投餵”一些症狀奇特的病例樣本、研究報告，山本正夫很吃這一套，他很容易被那些稀奇古怪的病例、症狀奇特的病體樣本吸引。
等到時機成熟，他們又派出了幾名老軍醫對他加以引導——
唔，山本君呀，年紀輕輕不該這麼消極啊，我們這些老朽，沒有力量和精力去爭執什麼，你可不能放棄啊。
是啊，說起來，那些人的實驗我們也實在看不過去，可不能由著他們這樣幹下去啊。
那些傢伙總是說什麼，純粹的科學是沒有道德和倫理可言的，話是有幾分道理，可在一些方法和過程中，也是應該有所注意才對。
說到底，還是科學家自身的道德問題，無關科學本身。
嗯，有道理，而且軍部高層也有一部分人，他們對這個神秘的病毒也是懷有建設性的態度的，他們希望從對人類有益的角度入手來研究它，破解它。
是這樣的，而且，山本君還有你之前的導師，不也是如此認為的嗎？如果能夠馴服這種病毒就好了，發揮它對人類有益的一面，強健我們的體魄，提升我們的智力，不只是對於大和民族，對於整個人類，都是一次了不起的創舉啊。山本君，這將會迎來人類的再一次進化啊。
哈哈，是啊，是啊，先生這話說的，我們都有些飄飄然了，如果真是那樣，我們該算是什麼呢？
是伊邪納岐，伊邪那美那樣的大神吧？哈哈哈哈。