造成地球這副模樣的原因就是康傑博士的研究。
康傑博士的手下團隊看不過，康傑博士的作為，所以將康傑博士給囚禁了起來，準備銷燬康傑博士的研究資料。
結果被康傑博士率先發覺，這傢伙一不做二不休，直接將自己的研究成果傳送到了全世界，然後就造成了這場巨大的危機。
政府軍是為了解決這場危機，所以才將康傑博士帶我，而那些科技團隊也是為了解決這場危機，主動投靠的政府軍。
之所以將真相隱藏，就是為了防止真相被公佈，引起慌亂。
雖然不想這麼做，但為了解決這場危機，他們需要康傑博士的大腦，所以才留下了康傑博士一命。
但是沒想到，在所有的科學家中，還有一部分人贊同康傑博士的行動，認識為這是一場人類的進化。
之前在營地裡那個科學家，就是康傑博士的弟子，而且十分認同康傑博士的行為。
所以故意將情報洩露給了反動者聯盟，想要將康傑博士解救出來。
這就是導致接下來一連串的行動。
眾人知道真相後皆是一臉的錯愕，其中正義的警察大叔都忍不住爆粗口，狠狠的罵了康傑博士一頓。
不過現在顯然不是計較這個的時候，必須儘快捉住康傑博士才行。
眾人立刻轉變目標，開始搜尋起了康傑博士的行動。
不過在眾人離開之後，之前一隻沉睡的那隻怪物，甦醒了過來，對著眾人開始了追逐，眾人設計將她困在了一間金屬房間，這才擺脫了這隻怪物。
而在這一段時間，政府軍，科研機構，反動者聯盟，正打的十分激烈。
只不過反動者聯盟終歸不是政府軍和科研機構，還有幸存者聯盟的對手，只能邊打邊退，進入了科技塔，跟隨著反動者聯盟，其他勢力也全部都進入了，科技塔，最後的決戰馬上就要爆發了。
另一邊，康傑博士也從反動者聯盟的控制中消失了，現在所有的勢力都在尋找康傑博士的位置。
主角這邊經歷了幾場大戰，但始終沒有搜尋到康傑博士的位置。
眾人現在急不可耐，在這時主角想起了自己能力的介紹，和之前能力覺醒的樣子，覺得可以依靠自己的能力進行一波實驗。
於是主角使用了大量的能量藥劑，對自己的能力進行深度開發。
在一連串的激發之後，主角成功了，他成功將自己的能力開發出了新的技能——陰影探索。
透過陰影探索，主角發現地下並不只有一層，還有更深的一層被隱藏了下來。
如果猜的不錯，康傑博士正在這更下面的一層，開始主角他們根本找不到通往下層的道路。
這時三姐妹的老三說她有辦法。
原來他的能力是形態轉變，可以將物質和能量的形態進行轉變。
於是他們直接在地面上開了一個大洞，朝著地下墜去。
很快他們就來到了地下二層，在這裡他們遇到了更多的怪物，不過憑藉著眾人的能力和優秀的裝備，眾人還是突破了怪物的封鎖，找到了康傑博士。
此時的康傑博士正一臉興奮的，在一臺超級計算機前面做著。