建文九年正月初九，朱允炆下達了徵倭的命令，並向倭國派去了使者，正使為兵部侍郎方賓，副使為朝鮮布政使司左參政全準，他們抵達倭國的時間是嚴格定好的，必須是三月初四。他們帶去的是最後通牒，只給了倭國五天的時間。
因為徵倭軍總指揮盛庸接到的命令是五月份之前必須在倭國的九州和四國站穩腳跟。因為五月後，就是倭國的雨季了，沿海經常有颱風肆虐，朱允炆可不希望再來一次“神風”。
不過對於這個問題，海軍的看法則完全不同，他們認為只要不是特別大的颱風，對海軍艦隊的影響是非常小的，這次出征的戰鬥艦隊、運兵艦隊都是專門的海船，堅固無比。在這一點上，大明與昔日的元朝完全不同，他們的所謂海船實際上只是倉促趕工的江船，不僅吃水錢，而且船板很薄，不耐風浪，所以才會出現兩次慘敗的情況。
當了這麼多年皇帝，朱允炆對這種話已經免疫了，不過大明的兩隻艦隊在倭國周圍待了近一年，也曾經遇上臺風，但相對來說，損失還在可接受範圍之內。
為了避免“神風”再現，朱允炆還將工部、工學院的官員、工程師派到倭國周圍的小島上，實際測量風力、降雨、漲退潮、風浪等等資訊，儘可能的保證萬無一失。
同時海軍艦隊在配合陸戰旅登陸的同時，也儘可能的測量當地的水文情況，而陸戰旅也會盡可能的抓捕一些倭國沿海的村民，從中取得詳細的海況資訊。
經過這些準備之後，朱允炆終於下達了徵倭的命令。
徵倭軍總指揮為盛庸，分為兩個方面軍，南方面軍總指揮為盛庸，北方面軍總指揮為瞿能，北方面軍的作戰方向為倭國北部，即九州北部和本島北部；而南方面軍作戰方向為九州西部、南部、四國島南部，甚至還包括本島南部，作戰範圍內的軍隊分別歸屬兩位總指揮指揮。
為了確保此次徵倭成功，朱允炆將衛護京師的第四近衛軍海雲龍部和第六近衛軍邵雲部分別配屬南北兩個方面軍，同時將正在修整補充的近衛第一軍張倫部、第二軍曹玉書部調到京師，接替第六軍和第四軍的防務。
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而另一方面，決定與明軍血戰的足利義滿當機立斷，將鷹派足利義持、斯波義將等人派往九州，主持九州防務，今川貞世、澀川滿賴、大內盛見、大內弘茂等人歸其統轄。
足利義持趕到九州後，立刻在太宰府內召開了軍事會議，但是討論的結果卻讓足利義持非常失望，與會的九州將領，如今川貞世、澀川滿賴、大內盛見、島津元久等人都普遍有些悲觀。
如果明軍進攻早有準備的博多港，大家都有信心應付，因為沿岸三米高的石壘足以讓明軍流盡最後一滴血，但是明軍水師強大，他們並不需要選擇博多港，他們還可以選擇鹿兒島、大隅、筑前甚至肥後等地，這些地方也有天然良港，當然最有可能的是明軍曾經登陸過的鹿兒島。
如今鹿兒島已經收復，但是兵力不足，實際上整個九州兵力都不足，因為需要防守的地方太多了，而以大內盛見、島津元久等人為代表的大名都擔心自己領地的安全，其中以島津元久為最，因為他的鹿兒島城已經被攻破過一次，其遠支兄弟義久當場戰死。
會議進行的很艱難，大家都希望防守自己的領地，向自己的領地增兵，最後達成了折中意見，今川貞世、大內盛見負責博多灣防線，澀川滿賴、島津元久負責鹿兒島、大隅方向，而足利義持、斯波義將等人坐鎮太宰府，及時支援。
針對這種意見，大家都不滿意，但大家都想不出更好的辦法。
會後足利義持火速派人向足利義滿彙報，同時請求援兵，到達九州的足利義持，已經感覺到事態嚴峻，再沒有昔日的樂觀了。
......
“將軍閣下，斯波管領緊急求見！”
“快請！”
正在研究地圖的足利義持連忙放下地圖，正襟危坐，等待著斯波到來。
話音剛落，斯波義將手裡拿著一份軍報，急匆匆的走了進來：“你們都下去！”
感覺到斯波言語中的焦慮，足利義持揮揮手，讓所有人下去。
“怎麼了？斯波管領？”