朱允炆發現自己所處的環境和後世知道的不一樣，他有時候真的懷疑是不是一場夢了，後世他並沒有記得有皇太孫遇刺一事，而且錦衣衛也和他知道的不一樣。他知道等自己繼位之後就廢除了錦衣衛，但從目前看來，錦衣衛還是有用的，作為職業軍人，他深知情報的重要性，所以錦衣衛還要保留，只是要將其細化、限制權力才行。
傷稍微好一些後，朱允炆還是經常去乾清宮協助朱元璋處理朝政，朱元璋看到他也很高興，因為現在乾清宮已經玻璃化了，大塊玻璃已經替換了窗紙，整個大殿亮堂了不少，讓年老的朱元璋感覺舒心了很多。
朱允炆進來之後，就遞上一個奏摺，朱元璋詫異的接過來，看了一下，笑道：“允炆，你打算改行做農夫、工匠了嗎？”
“孫兒沒有，孫兒只是覺得朝廷對於農桑水利以及鋼鐵之事不夠重視，所以想加強這方面的投入，讓大明的農業產量和工藝水平能夠提高，能夠讓農戶種出更多的糧食，讓將士能夠使用更好的刀劍。”
“勸課農桑乃知縣之事，鋼鐵、武器有工部負責，為什麼要另設機構呢？”
“皇上，孫兒以為知縣多為科舉而來，精通四書五經，但對稼穡農桑卻未必精通，所以大明的糧食畝產一直上不去，所以孫兒認為應該有專門的人研究這個事情，之前大多靠個人研究，發明出來，朝廷給予褒獎，這種方式進展太慢。鋼鐵之事也是如此。孫兒認為設立農學院和工學院專門進行發明創造，然後給予地方官、農戶和工部指導，讓他們專事生產即可。”
“發明創造？允炆你倒是有些新詞啊，你的意思朕明白了，就是讓農學院、工學院專門從事這個發明創造，”朱元璋用手指敲了敲腦袋，道：“這個能有用嗎？”
“孫兒認為可以一試。”
朱元璋也有點興趣，踱了踱步道：“允炆你需要朕做什麼？需要多少人？每年要多少錢？”
“皇爺爺，允炆不想搞的動靜太大，想把這兩個院設在詹事府下面，一共需要五百畝土地，農學院、工學院都設在秦淮河的邊上，這樣用水方便。另外農學院需要二十戶種田能手，工學院人手要多一些，做玻璃的、鍊鋼鐵的、打造兵器的，具體人手允炆打算和嚴尚書一起商量一下，畢竟如果真的做得好，肯定要和工部有很多交流。”
“恩，這個倒是可以，朕會明旨宣佈這個事情，不過這兩個部門朕給不了你太多錢，這兩年國用緊張，恐怕群臣不會贊同。”
“沒關係的，皇爺爺，農學院只要能維持就可以了，工學院允炆打算把東西拿出去賣，這樣就可以自負盈虧了。”
什麼？朱元璋愣住了：“你堂堂皇太孫，怎麼能做商賈之事呢？”
“皇爺爺，孫兒當然不會做了，孫兒會找其他人做的，比如這次的玻璃，允炆覺得就可以賣不少錢。”
“玻璃？你要賣？”朱元璋看了看窗戶：“這個東西不是皇家專用嗎？”
朱允炆聳然一驚，趕緊拉住朱元璋的手，道：“皇爺爺，之前不是說過的嗎？孫兒要用這個來維持允炆的護軍啊，護軍運動量太大，吃的太多了，需要好多錢才行呢。”
“好吧，”朱元璋看著孫兒著急的樣子，摸了摸孫兒的頭：“皇爺爺答應你，只是要記得，不要對外傳出皇太孫經商的傳聞，這樣不好。”
“恩，孫兒知道了。”
......
隨後朱元璋就頒佈聖旨在詹事府下設立了兩個小小的農學院和工學院，當時所有的人都沒有意識到這兩個學院對大明的影響，即使是最為前瞻的朱允炆也沒有想到。
之後，工部尚書嚴震直就到詹事府來見朱允炆，一個是兩個學院的建設問題，一個是工部要出一些工匠，工匠其實倒是好說，大明在冊的匠戶很多，只要調撥一下就可以了，只不過朱允炆希望要一些技術精湛的工匠，嚴震直不太願意，討價還價之後，各讓一步才達成協議。
工農學院的建設在緊鑼密鼓的進行，選址按照朱允炆的要求，在通濟門外大約二十里的地方，圈了一部分農戶的土地，達到了五百畝，朱允炆要求搬遷農戶要小心，儘量在附近置換土地。工學院的院長由王全擔任，做玻璃的匠戶也一起過來了，包括於得水和呂福餘都過來了。