王樸為都督同知，從一品武職。
新設五軍軍法處，專管各部官軍軍紀，以虎大威為左都督，正一品武職。
以祖大弼為都督同知，從一品武職。
新設五軍軍資處，專管各部官軍物資軍械補充調配，以尤世威為左都督，正一品武職；
以陳永福為都督同知，從一品武職。
以白光恩為都督僉事，正二品武職。
對皇帝的安排感到不滿的就是這批將領中的少數人。
有些人本以為自己率部參與了滅國之戰，最後會有勳貴職位的賞擢，沒想到卻只是得了個不能世襲的高品武職，所以暗地裡都是牢騷滿腹，覺得皇帝虧待了自己，但事實已經擺在眼前，再怎樣也只能乖乖聽命行事。
在大軍雲集的遼東，尤其是以勇衛營、秦軍、京營等朝廷新軍為主的現在，不管是不是心裡有刺，都得忍氣吞聲服從安置，就連祖家這樣的地頭蛇都不敢說個不字，其他人誰還敢公然抗命？
在安排完一眾舊有軍將後，接下來就輪到新生代年輕將領登上歷史舞臺了。
以李重進為徵虜將軍、瀋陽總兵，率四千騎兵、三千步卒留駐瀋陽，負責瀋陽城周邊防禦的同時，定期與松原等地駐軍聯絡出兵，征伐東北方的後金殘餘。
以馬祥麟為鎮北將軍、歸化總兵，率七千騎兵、三千步卒，擇機向歸化城(呼和浩特進發，在收復歸化城之後留駐當地，等待朝廷由山西、延綏等地組織受災嚴重的農戶北遷，修築重建歸化城的同時，在周邊開荒拓田，將歸化城建成大明北境屏藩重地。
這一決定也是朱由檢經過深思熟慮後作出的。
歸化城是一座塞外名城。
隆慶六年(1572，駐牧於土默川的蒙古族首領阿勒坦汗召集各族能工巧匠，模仿元大都，在大青山之陰，黃河之濱，破土建設具有八座樓和琉璃金銀殿的雄偉美麗的城池。該城竣工後，明廷賜名為“歸化城“。
它北枕巍峨起伏的陰山山脈大青山，可通北部豐美的草原；南臨波濤滾滾的黃河水，與鄂爾多斯高原隔河相望；東連連綿起伏的蠻汗山；西連河套，為西進甘寧之門戶。
歸化城坐落於黃河、大黑河沖積而成的平原上，這裡土地肥沃，地形平坦，灌溉便利，地理上稱為前套平原、土默川平原，史稱敕勒川豐州灘。
而在此之前，塞外草原上還沒有一座像樣的城池，廣袤無垠的草原上，大小數百個蒙古部落、數以百萬計的蒙古人，都是過著逐水草而居的遷移生活，僅從這一點上看，阿勒坦汗也算是一位頗具戰略眼光的奇人了。
豐州灘這種好地方不能浪費，就近移民開荒最合適不過，馬祥麟帶著步騎一路橫掃過去，殘餘的蒙古各部投降的就收留，反抗的就消滅。
沒了後金這個較為強力的割據武裝組織，一盤散沙的蒙古部落明智的都會依附大明。投靠強者對他們來說再正常不過，誰能讓自己和族人過上好日子就跟誰混，這又不是什麼羞恥的事。
到時候漢人種田，蒙古人放牧牛羊，大家一起唱唱山歌和蒙古長調，晚上喝點馬**酒，喝醉了圍著篝火手拉手跳舞，情投意合的男女滾個草垛子什麼的，這幅畫面多美麗。。。
再下去個幾十年，就是書同文、語同音，各民族一家親的局面，有歸化城為屏障，有騎兵和步卒重火力掩護，北面誰還能翻得了天？
馬祥麟忠誠勇猛，騎射無雙，適合帶著大隊騎兵馳騁在廣闊的草原上，讓他去北境建功立業，將來再論功提拔升擢，也算對秦良玉的一種變相回報吧。
朱由檢真正的目的想給馬祥麟封爵，世襲爵位，與國同休，開疆拓土之功才能有封爵的機會。
秦良玉的大都督一職是榮銜和虛銜，也是朱由檢對這位女中豪傑的褒獎。
由於戰功的問題，他沒有給年過六旬的秦良玉封爵，而是將爵位留給了她的兒子馬祥麟，相信以秦良玉的頭腦不會看不出自己的良苦用心。