特種部隊世界，白宮，一場異常重要的小型軍事會議正在展開。
“巴基斯坦總統和三個主要黨派的領袖同時遭到了刺殺，整個國家陷入了混亂，但是他們依然是我們的盟友，一個主權國家”國防部長頗為沉重的對總統說道。
“曾經是”坐在國防部長對面的參謀長聯席會議主席，陸軍四星上將接過話頭說道“現在他們是個暴亂肆虐的國家了，總統先生，巴基斯坦的混亂，和我們沒有關係，我們更應該關心的，是那批被搶走的核彈頭，一旦那些核彈頭落到我們的敵人手中，那會是一場災難”。
二者已經爭吵了好一會了，但是誰也說服不了誰，只好把目光放到了一直沉思著的總統先生。
“說說你們的想法？”原本正在聽他們的討論的總統，見到所有人把目光看向了他，沉吟了一會開口問道。
“行動吧”陸軍上將看著總統開口道“把核彈頭搶回來”。
“我們應該靜觀其變”國防部長依然不贊同道“我們沒有出兵的理由”。
總統沉默了一會“給我接特種部隊”。
同一時間，特種部隊成員，攔路虎的家中，杜克正在和攔路虎一起玩著PS遊戲。
“杜克，我想不明白，為什麼你實戰那麼厲害，遊戲卻這麼爛”攔路虎看著自己的遊戲人物又一次倒地，而杜克的人物，卻在一旁原地打轉，無奈的嘆了一口氣。
“你得放鬆點兒，我上次得分比你高”杜克一臉無所謂的說道。
“什麼？”攔路虎聞言愣了一愣“你說的肯定不是我，就你這種水平……”
話還沒說完，就被杜克身上通訊器給打斷了。
“看來又有任務了？”杜克見通訊器響起，連忙開啟，然後通訊器的畫面上出現了作為聯絡官的喬伊的身影。
“杜克，有新任務了，巴基斯坦的總統和幾個黨派的政要被刺，陷入了混亂，核彈頭也被奪走了，上頭要我們去搶回來”喬伊對杜克彙報道，然後遲疑了一會繼續說道“根據上面給我們的情報顯示，刺殺了巴基斯坦總統和搶走核彈頭的，是白幽靈”。
聽到白幽靈的名字，原本還十分淡定的杜克，豁然起身“白幽靈？你確定？”
“沒錯”喬伊小姐，給了肯定的答覆。
聽到喬伊小姐的答案，杜克心中翻起了驚天駭浪。
半年之前特種部隊基地被入侵的情況，如今還歷歷在目。
他從來放棄過追尋當初洗劫了特種部隊基地的神秘勢力，因為那一次基地被入侵，對於他這樣的軍人來說，簡直就是恥辱，同時也是因為這件事，****將軍，因為失職而被解職，而原本的多國聯合特種部隊，也都被各國召回，紅髮女和過載回了英國，斷路器回了法國，原本強大的G.I.JOE徹底的四分五裂了。
只剩下杜克和開傘索還有蛇眼，無奈的回到了美國，再加上當初的襲擊者當中，還有他曾經的愛人，安娜（男爵夫人）……之後老朋友開傘索，又調去了空軍。
所以即使現在的杜克又奉命組建了美國的G.I.JOE特種部隊，成為了指揮官，還有了攔路虎、火石、喬伊這些實力強悍的手下，算是升官了，但是隻要沒有抓到那次入侵的真兇，杜克就永遠不會真正的放下。
而且雖然杜克一直懷疑馬爾斯工業，但是卻一直沒有找到任何線索，安娜和白幽靈就彷彿從這個世界上消失了一般，再也沒有過訊息。
因此如今再次聽到白幽靈的訊息，杜克的心情，自然是激動異常的。
而和杜克有著同樣心情的，還有蛇眼，以及剛剛加入特種部隊的新成員，白幽靈的表妹厄運。
於是乎，得到訊息的特種部隊，立刻開始行動了起來。