與對外戰功赫赫相比，慕容恪對內輔政也頗有建樹。
公元360年正月，慕容儁在鄴城大閱郡國之兵，欲派大軍進攻秦、晉，但病情轉危，遂召慕容恪、慕容鶩、慕容評及慕輿根等受遺詔輔政，旋即病卒，時年四十二歲。
皇太子慕容暐即位，年僅十一歲，二月，尊皇后可足渾氏為皇太后，以慕容恪太宰、錄尚書事，行周公事，總攝朝政。
不過，當時作為太師輔政的慕輿根自恃戰功顯赫，高傲自大，看不起慕容恪。
慕輿根為挑起事端以作亂，先以可足渾太后干政來挑撥慕容恪，謊稱支援慕容恪奪位，但慕容恪不受。
吳王慕容垂以及皇甫真及後都勸他誅殺慕輿根，但慕容恪以皇帝新死，國家安穩為首要，決定忍耐。
慕輿根挑撥慕容恪不成，於是試圖離間慕容暐母子，想要太后誅殺慕容恪等，新帝慕容暐支援慕容恪，勸止了母親。
與此同時，前燕已經在滅冉魏後遷都鄴城，以舊都龍城（今遼寧朝陽市）為留京。
慕輿根思戀遼東祖地，力勸太后和慕容暐建議還都龍城，變相放棄中原地區，慕容恪知道後，聯合慕容評密奏慕輿根罪狀，派衛將軍傅顏誅殺了慕輿根及其黨羽。
面對皇帝新死，就發生誅殺輔政重臣的事件，國內憂慮情緒很高，慕容恪舉止如常，出入都只有一人跟從，不肯加添守衛。
然後大赦天下，並停發慕容儁生前所集各路兵員，受任理政，兢兢嚴謹，與司徒慕容評共同協作，虛心待士，諮諏善道，量才授任，燕政為之一新。
於是，境內局勢漸穩，人心稍為安定，同時，原先徵集在鄴城的各郡軍人都因為國家內部紛亂而經常逃跑，而鄴城向南方領地的道路通訊不暢通。
慕容恪命令慕容垂南鎮蠡臺（今河南商丘），傅顏率軍南巡淮河，終令國家安穩下來。
當時吳王慕容垂才能出眾，慕容恪對其非常倚重，曾多次向燕主進行推薦。
公元366年，慕容恪病重，深慮慕容暐手中無實權，而慕容評又多猜忌，便對慕容暐之兄、樂安王慕容臧舉薦吳王慕容垂，但是慕容臧沒有聽從慕容恪的話。
慕容暐親臨慕容恪府向他詢問後事，慕容恪再次嚮慕容暐推薦慕容垂，說：“我聽聞，傅說舉薦士人，板築之人都可以，更何況是國家的懿籓！
吳王兼具文武之才，才能僅次於管仲、蕭何，陛下如果把政務交給他，國家就能獲得安定，不然，我怕二寇肯定會有窺窬之計。”
慕容恪言終而卒，只可惜好景不長，公元369年，慕容垂大敗桓溫，威名大振，慕容評對慕容垂是又忌又恨。
在慕容評和太后可足渾氏排擠下，慕容垂西投前秦，次年前燕被王猛所統領的前秦大軍攻滅鄴城，前燕就此滅亡。
能召喚到這樣一個智勇雙全、文武兼備的大才，公孫越相信，慕容恪定能輕易掌握烏桓之地，為自己穩定後方，甚至向外有所建樹也很有可能，只是不知道系統給慕容恪植入什麼身份，如今又在哪裡罷了。
第二日一大早，大軍埋鍋造飯準備開拔，公孫越走出軍帳，很快找到了李存孝與難樓。
昨晚大營之中一直在喧譁，到了後半夜才稍稍安靜，今日起身一看，大營中已經倒下無數的烏桓騎兵屍體。
“公孫將軍，烏桓騎兵現在已經被我完全掌握，共計五千餘騎，這其中並不包括被其他幾位將軍選入“虎豹騎”的兩千餘騎。”