祭孔之前，欽天監早已選定吉日，孔府、孔廟、孔林三孔之地皆被精心灑掃，以迎聖駕。太常寺預備了祭品，祭帛與樂器陳列於孔廟堂上。司設監與錦衣衛在孔廟外設立了御幄。高務實入閣多年，以往多次代表皇帝祭孔，不過當時既然是代表皇帝，便是主祭人，這次卻換了個身份，做了主贊人。
到了地方，皇帝如前一般身著瀾衫，百官卻都身著官服或賜服，先行至孔廟門外，分列東西，迎駕並序立等候。衍聖公孔尚賢及曲阜縣令孔胤植等率地方官員及士紳，更是早早來到廟門外，東北面跪迎聖駕。
皇帝朱翊鈞著瀾衫，腰繫革帶，頭戴方巾，不以九五之尊，而以士人之姿乘御輦獨走道中。駕至，衍聖公及曲阜縣令率眾跪迎，皇帝降輦，步入御幄稍作休息。禮部官員奏請皇帝沐浴，準備行禮。其餘官員各換祭服。
隨後，太常寺官員導引皇帝出御幄，步入孔廟，行至盥洗處，再次洗淨雙手，以示純潔之心。在典儀的唱和下，皇帝步入孔廟正殿，隨行的國子監祭酒、司業及學官諸生已在廟門外左側跪迎。皇帝至廟門，祭酒率眾學官起立，引導皇帝升御座。鴻臚寺官員贊排班，百官及諸生行五拜叩頭禮。
禮畢，祭酒、司業及學官諸生分別就位，準備講經。祭酒從東階升堂，北向而立，執事官舉經案進於御座前。禮部尚書于慎行奏請皇帝授經於講官，祭酒跪受，置於講案上，然後至堂中北向而立。
內贊官員引導皇帝與眾官員進入講堂，祭酒開始講授儒家經典。講畢，皇帝與眾官員一同聆聽，祭酒講完，將經書放回原處，叩頭退出。
重點時刻到來，皇帝親自至孔子神位前，這是典禮的重中之重。皇帝朱翊鈞步至孔子像前，親手搢圭，主贊官高務實跪進帛，樂聲漸起。皇帝立受帛，獻畢後，授高務實奠於神位前。
隨後，進爵樂起，皇帝立受爵，獻畢同樣授高務實奠於神位前。樂聲止，皇帝出圭，分奠官以次詣神位前奠爵，訖各以次退原拜位。
贊禮官員唱出送神之詞，樂聲再起，皇帝鞠躬拜興，拜興平身。通贊分奠陪祀行禮，同贊禮畢。主贊官高務實導引皇帝由中道出，分奠陪祀官各退，易祭服。皇帝入御幄更衣，禮部尚書于慎行奏請皇帝幸孔林，以示對孔子及其家族之尊重。
總之，整個祭孔典禮從準備到結束，無不體現出對至聖先師孔子的崇敬之情，以及皇帝與朝廷對儒家的尊重與推崇。特別是皇帝身著士人服飾親自拜祭孔子的環節，更是凸顯了皇帝作為讀書人的屬性，以及對嘉靖大禮議之後皇帝不拜孔子傳統的巧妙融合與尊重。而首輔高務實作為皇帝身邊最重要的配合官員出現，既彰顯了皇帝對儒家文化的重視，也彰顯了高務實在朝中的影響力。
正經的祭孔大典至此已經結束，所謂皇帝「幸孔林」，其實就是參觀瞻仰一下，大抵不會再有多少重要事務了。
然而意外的是，眾人退出孔廟之外重新集結之後，皇帝忽然派陳矩傳話，說要宣讀一道疏文，然後皇帝會當眾宣佈聖意。
這事就很奇怪了，疏文是臣子寫給皇帝的奏章，通常只有皇帝重點回復過的疏文才會原文附上並下發相關衙門及地方，而走的也是通政司及邸報路子，卻不聞當眾宣讀之例。
如今居然有一道疏文值得皇帝大張旗鼓，在祭孔大典之後當眾宣讀，然後再當眾傳下聖意，這真是太罕見了，究竟是什麼事，又是什麼人上的這道奏疏呢？
眾官下意識將目光投向高務實。看來，所有人都覺得只有高元輔才有這樣大的面子了。然而他們很快發現，高務實也一臉茫然——只不過他是朝皇帝望著的。
啊？難道高元輔也不知道是什麼事？嗯……難不成是皇上要冊封國公，而這件事沒有提前通知元輔？
不過，他們也不必多想了，因為陳矩已經開始宣讀那篇疏文，而且因為疏文的格式問題，只一開口眾官就知道自己猜錯了。
「禮部左侍郎方從哲疏言學校六事：
一議廟像：謂孔子廟庭南都，自太祖已易木主。至嘉靖初，議令天下盡以主易像，而至今撇存不一。且孔子已稱先師，而未撤者猶冕服稱王。即樂舞八佾，亦非所以妥聖靈。
一議從祀：謂諸賢儒去爵號，稱某子。既無朝代可尋，又無爵里名字可考，宜仿孔廟之制，鐫立二石，詳載其世。又唐貞觀二年，顏子自十哲升配，而補曾子。總章元年，曾子又升配，而補子張。考其學問與聖門所評及同列所尊，事子張不及有若，而乃置有若於廡下，登子張於十哲，非所以定祀典。
又謂今所罷絀戴聖、劉向、王弼、賈逵、何休、王肅、荀況、何晏、馬融、杜預、楊雄、吳澂諸儒，雖多可議，然傳釋經義，功不可泯。蔡沉注《書》得祀，陳浩注《祀》亦宜準其例。
《論語》成於有子、曾子之門人，故二賢獨以子稱。《論語》首記孔子之言，次即有子、曾子繼之，此其驗也。有子門人無所考，曾子門人之賢者莫如公明宣、樂正子春。《論語》又有齊論、魯論、古論之異，至漢張禹、鄭玄，晉何晏始合為一書，今所讀者三子之所定也。
司馬遷謂孟子所如不合，退而與萬章、公孫丑之徒著書七篇，後世又有假託，皆名孟子。今之所讀乃趙岐之所定也，是數子者合祀與否，所當講明。
又謂文字自蒼頡始制，嗣以史籀、程邈、李斯、蔡邕、李陽冰輩，乃大備，實與經傳相表裡。宜於文廟創立一祠，以隆其祀，並祀造紙之倫、制筆之恬。此皆大有益於世，非諸名宦鄉賢澤一方、範一時者比，所當以義起也。
一定學制：謂學軗祖宗所慎重，今教官徒取充位，不獲實用，或聚之書院，倡為講學，有類該禪，名為主靜，無異入定。
聖如孔子，猶曰慱學於文；賢如顏子，猶曰博我以文。今則以六經為糟粕，謂不立文字，直可超悟。聖賢千言萬語，皆從心上說來，中和位育之功，皆自心上做出。
今謂心亦不用，曰不思善不思惡，但看本來面目。曰六經注我，非我注六經，以佛老之似亂孔孟之真。及徐觀其所以，則又人所深恥而不為者，分門主黨，自謂聖學而以舉業為俗學。夫舉業所學，亦聖賢之義理也，以其既資出身，旋即棄之，人自俗耳，於學何尤。
又學較之政，人各一法，東西莫適宜。取各處提學教條，命禮部折衷，令可永為遵守。提學歲考，數年不及一週，科場迫近，但務截考，不如以其權分委之各府，而總攝於提學，聽其參究焉。
又謂近來時文寢失舊制，險怪鉤棘，破析文義，冗長厭觀。雖時加禁革，難以猝改，必如毆陽修之絀劉幾，丘浚之黜尋悅，而後可一。
議刪定春秋漢興以來，三傳並行，迄今而主胡傳。胡傳之論雖正，而事實或隱。三傳事頗詳盡，而論莫折衷，宜命儒臣深明是經者，大加精擇，務求歸一。
禮記多漢儒附會，陳浩集說但解章句，卷帙浩繁，亦宜詳加訂正。至於朱子綱目，並尹起莘發明，劉古益所作書法，刪繁就簡，列於學宮，令提學務以此試士。
五議冠帶廣恩：謂中式舉人，殿試畢即與冠帶，及當該援例，亦與冠帶聽選，則歷滿監生就教，守部貢生亦當推廣此例。
六議禁革：謂舉人歲貢牌坊路費，俱有額數，而有志者少出學之後，多方幹求關通胥吏，或敷派裡甲，或科取行市，名為作興，實則科歛，宜嚴加禁止，以節省民財，亦所以培餋士節。