在新的官僚制度出臺以後，最終經過一系列商議確定，由張昭、張紘、謝安擔任三省長官！
張昭擔任中書令，張紘擔任內史令，謝安擔任尚書令。
三省位比三公，總領百官，一人我）之下，萬人之上！
中書令負責起草檔案，內史令負責稽核，尚書令負責實行。
由於時局不同，我又在六部的基礎上加設三部，因此實際為三省九部！
分別是：吏部、戶部、禮部、兵部、刑部、工部、醫部、學部、商部。
各部設尚書一名，為主官；左右侍郎各一名，為副官。
分別由：
周瑜擔任吏部尚書；
劉巴擔任戶部尚書；
張允擔任禮部尚書；
陶侃擔任兵部尚書；
魯肅擔任刑部尚書；
顧雍擔任工部尚書；
張機擔任醫部尚書；
龐德公擔任學部尚書；
糜竺擔任商部尚書。
各部左右侍郎另有任命，至於地方上行政官員的補缺，則由新官上任的吏部尚書負責任用。
可雖然分了九部，但實際卻是分為上六部和下三部，上六部又各設有四司，為二十四司。
一、吏部。
1.吏部司，掌文官品級、調動。
2.組織司，掌封命、朝會、賜予之級。
3.司勳司，掌文官升遷。
4.考功司，掌文武百官功過、善惡之考法及其行狀評定。
二、戶部。
1.戶部司，掌戶口、土地、賦稅、徭役、婚姻、繼嗣之事。
2.財政司，掌天下租賦、物產豐約之宜、水陸道塗之利，歲計所出而支調之。
3.商政司，掌度量之數，管理商業貿易。該司的職能由於和商部重疊，因此遭到罷免）
4.國庫司，掌天下庫儲、出納租稅、祿糧、食稟之事。
三、禮部。
1.禮部司，掌禮樂、衣冠、符印、表疏、圖冊、鋪設，及百官喪葬。
2.祠部司，掌學校、醫院、寺廟、天文之事。其中掌學校、醫院的職能被分給了學部和醫部）
3.御膳司，掌陵廟之牲豆酒膳。
4.邦交司，掌諸蕃朝謹外事。
四、兵部。
1.兵部司，掌武官品級、衛府眾寡、校考、給告身諸事、兵籍、調遣、貢舉、雜請、歲選解狀。
2.職方司，掌地圖、城隍、鎮戎、烽候、防人道路之遠近及四夷歸化之事。