眾人都以為王敦已死，士氣增強。
王敦接詔後大怒，但因病重而不能領兵，於是命王含為元帥。
命錢鳳與冠軍將軍—鄧嶽及周撫領兵攻向建康，並以誅殺奸臣—溫嶠為名號。
王含水陸並進，領五萬兵到江寧南岸，逼近建康，眾人驚懼。
溫嶠移駐北岸，並燒燬朱雀桁，令王含不能渡過秦淮河攻擊。
期間，王導曾試圖勸降王含，但王含沒有回答。
後來，司馬紹率諸軍出屯南皇堂。
並在一夜招募壯士，派將軍—段秀和中軍司馬—曹渾等率千兵渡過秦淮河，攻其不備。
之後，在清晨在越戰與王含交戰，大破王含軍，並斬將領何康。
王敦知道王含兵敗後大怒，更試圖要起身領軍反攻，但因病重而不能起身。
錢鳳後亦到江寧南岸，與司馬紹所率諸軍交戰，頻頻戰敗。
王敦知自己不久人世，向少府—羊鑑和王應要求，在他死後要先置文武百官才辦喪事。
不久王敦病逝，王應秘不發喪，用蠟處理屍體並埋在屋中就與諸葛瑤等縱情聲色。
司馬紹亦曾派人以司空之位引誘沈充歸降，但沈充拒絕，領兵攻向建康。
早前宗正卿—虞潭因病回會稽，聽聞沈充起兵後即在餘姚起兵討伐沈充，司馬紹於是任命虞潭為會稽內史。
前安東將軍—劉超和宣城內史—鍾雅亦起兵討伐王敦，義興人—周蹇亦殺王敦任命的太守—劉芳，祖約亦驅逐王敦任命的淮南太守—任臺。
沈充及後帶領一萬多兵與王含軍會合，司馬—顧颺獻計沈充——上計建議他引湖水灌入建康，乘水勢以水軍入城；
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中計建議他集合兵眾，全力進攻；
下計為殺死錢鳳歸降，但沈充都不接納。
之後，劉遐和蘇峻等軍來到，沈充與錢鳳打算趁遠度南下的劉遐等軍疲乏而攻擊。
於是，領兵渡過秦淮河，護應詹、趙胤等領兵抵抗，但不果。
沈充和錢鳳及後到達宣陽門，遭到劉遐和蘇峻擊破，劉遐及後又在青溪大破沈充。
當時，尋陽太守—周光因王敦興兵而領數千人趕來，到後求見王敦。
但王應以王敦患病而推卻，於是周光推論王敦已死，更向哥哥周撫說：“王敦已死，你為何仍與錢鳳等人一起做逆賊？”
各部眾聽後，全都感到十分愕然。
王含見多次戰敗，決定燒營逃走。
司馬紹回宮大赦，但王敦黨眾不赦，並命諸將追擊王敦各黨羽。
比如，派庾亮督蘇峻等追擊沈充，溫嶠督劉遐等追擊王含、錢鳳。
當時，王含想到荊州投靠王舒，但王應認為到江州投靠王彬更好。
結果，王含不聽從王應所說，反而投奔荊州。
王含與兒子乘船到荊州，王舒派兵迎接，但其實是命人推他們進江水中溺死。
王敦屍首被起出，焚燬衣服，並跪著斬下頭顱示眾。
錢鳳到闔廬洲時被周光殺死；
沈充則誤入舊將—吳儒的家，被吳儒殺死，並傳首至建康，與王敦的頭一同掛在朱雀桁上。
至此王敦之亂正式結束。
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