興平二年195年），孫策從歷陽渡江，打敗了劉繇，劉繇放棄丹徒西逃。
於是，孫策令朱治從錢塘進攻吳郡，吳郡太守許貢在由拳抵抗朱治。
朱治大敗許貢，許貢逃走依附山賊嚴白虎，朱治便代理吳郡太守的職責。
袁術在壽春得知孫策擊走劉繇後，上表奏請孫策為殄寇將軍，把周尚召回壽春，並派其堂弟袁胤取代周尚任丹陽太守。
建安元年196年），孫策進攻會稽，在王朗潰敗投降後，會稽平定。
孫策在佔據會稽後，將原有長吏全部更換，自己兼任會稽太守。
另外，孫策以吳景為丹楊太守，以孫賁為豫章太守。
孫策又分豫章另置廬陵郡，以孫賁弟弟孫輔為廬陵太守，朱治為吳郡太守。
彭城人張昭、廣陵人張紘、秦松、陳端等為謀士。
同年，孫策派遣奉正都尉—劉由、五官掾—高承拿著孫策的奏章拜謁許都朝廷，並向朝廷進貢禮物。
建安二年197年），袁術佔有傳國玉璽，正式僭越稱帝。
孫策給袁術寫信，勸其不可如此作為，袁術不聽所勸。
於是，兩人絕交，不再有往來。
同年，曹操派議郎—王誧攜帶漢獻帝的詔書給孫策，任命他為騎都尉，襲父爵烏程侯，兼任會稽太守，並命他與呂布、陳瑀等一起討伐袁術。
孫策覺得自己統領這麼多兵馬，騎都尉的職務有點低了，想得到個將軍的封號。
於是，孫策派人向王浦透露了這個意思，王浦當即以皇帝的名義宣佈孫策權代明漢將軍。
當時，陳瑀軍駐東海軍海西。
孫策按詔書要求，整頓兵馬，要去與呂布、陳瑀會面，謀劃軍機，參同形勢。
但他率軍走到錢塘時，情況卻發生了變化。
原來，陳瑀想要乘機奪取孫策的地盤。
他派人秘密渡江，拿著三十多個印信給丹楊、宣城、涇縣、陵陽、始安、黟縣、歙縣等地的大帥祖郎、焦已及吳郡烏程嚴白虎等，讓他們作內應，等孫策的部隊一開拔，馬上攻取他的郡縣。
孫策發現這一陰謀，不禁大怒，派呂範、徐逸統兵直撲海西，大破陳瑀，俘獲他的將士、妻兒等共四千多人。
陳瑀往北逃奔袁紹。
建安三年198年），孫策派徐琨趕走袁術所派的丹陽太守袁胤，平定宣城以東各地。
之後，孫策迎接剛從袁術處回來的吳景擔任丹陽太守，並親自進攻丹陽涇縣以西。
他先進擊陵陽，擒獲祖郎；又進擊勇裡，擒獲自封丹陽太守的太史慈。
孫策平定丹陽回師吳郡後，拜太史慈為折衝中郎將，授祖郎為門下賊曹。
這時，袁術之前任命的周瑜為居巢長，魯肅為東郡長。
但二人都知道袁術難成大器，在孫策平定丹陽時，相繼棄官渡江來投奔孫策。
孫策親往迎接周瑜，拜建威中郎將，當即給周瑜增兵二千人，馬五十匹。
又給周瑜鼓吹等軍用樂隊，興建府院住處，所贈賜的東西在軍中無人能比。
也是從這一年開始，周瑜一直跟隨孫策征戰，並與周星月聚少離多。
同年，孫策又向漢廷貢獻禮物，規模是建安元年的兩倍。
漢廷任命他為討逆將軍，封為吳侯。
建安四年199年），孫策正準備與曹操、董承、劉璋併力討伐劉表和強弩之末的袁術。
軍隊已經整裝待發之時，結果，袁術卻得病而死。