在第四次十字軍東征期間，大教堂被拉丁基督徒洗劫及褻瀆。據史學家尼基塔斯·蔡尼亞提斯niketaschoniates）所述，大教堂的一些聖物如耶穌墓碑的一塊石頭、聖母瑪利亞之奶、耶穌裹屍布及多位聖人的骨頭都被轉送到西方，現今可在西方多個博物館內參觀這些聖物。
在拉丁帝國的佔領下，聖索菲亞大教堂成為了羅馬天主教會的主教座堂。鮑德溫一世於1204年5月16日在聖索菲亞大教堂依照拜占庭傳統加冕為王。在1204年發動拉丁十字軍的威尼斯公爵恩里科·丹多洛被葬在教堂內，碑文顯示了他的名字，成為了地面裝飾。1261年，重奪君士坦丁堡的拜占庭人向碑文啐唾洩憤。不過，1847年至1849年的復修工程卻令公爵墳墓的真確性遭到質疑，該墳墓更像是一個象徵式墓地以作紀念。
拜占庭人重奪君士坦丁堡後，大教堂已顯得相當破敗，西面的四道扶壁大概就是在這時加建。1317年，安德洛尼卡二世在教堂東部及北部加建四道扶壁。1344年10月的地震使教堂的圓頂崩裂，部分建築在1346年5月19日倒塌，教堂在此後關閉。1354年，建築師阿斯特拉及佩拉爾塔負責教堂的修繕工作。
奧斯曼土耳其人在1453年征服君士坦丁堡，聖索菲亞大教堂隨即被轉換成阿亞索菲亞清真寺。當時教堂已相當殘破，多道門窗剝落。多個西方訪客都描述了當時教堂的狀況，包括科爾多瓦貴族佩德羅·塔富爾pedrotafur）及佛羅倫斯的克里斯托福羅·布隆戴蒙提cristoforoonti）。
穆罕默德二世下令清理及將教堂轉換為清真寺。繼任蘇丹巴耶濟德二世建造了一座新的叫拜樓替代他的父親所建的叫拜樓。
在十六世紀，蘇萊曼一世在征戰匈牙利後帶來了兩根巨大的蠟燭，放置在清真寺米哈拉布的兩側。在塞利姆二世統治時期，清真寺已顯得老舊，被認為是世上首個地震工程師之一的科查·米馬爾·希南在清真寺外面加築支撐結構。
除了強化歷史悠久的拜占庭建築結構外，希南又在西端加建兩座大型叫拜樓、蘇丹專用的前座，又於1577年在東南方建造塞利姆二世的陵墓。1600年代，穆拉德三世及穆罕默德三世的陵墓建在塞利姆二世陵墓旁。
後來，清真寺再加設蘇丹樓座、一個以大理石裝潢的敏拜爾、一個佈道用的講臺及一個供宣禮員使用的涼廊。
穆拉德三世從帕加馬運來了兩個古希臘漢白玉大甕，放置在清真寺正殿兩側。聖索菲亞大教堂坐落在藍色清真寺對面。在1453年以前，一直是拜占庭帝國的主教堂，此後被土耳其人佔領，改建成為清真寺。
拜占庭建築最光輝的代表是君士坦丁堡的聖索菲亞大教堂，是東正教的中心教堂。是拜占庭帝國極盛時代的紀念碑。聖索菲亞大教堂是集中式的，東西長77.0米，南北長71.0米。佈局屬於以穹隆覆蓋的巴西利卡式。中央穹隆突出，四面體量相仿但有側重，前面有一個大院子，正南入口有二道門庭，末端有半圓神龕。中央大穹隆，直徑32.6米，穹頂離地54.8米，透過帆拱支承在四個大柱敦上。
其橫推力由東西兩個半穹頂及南北各兩個大柱墩來平衡。穹隆底部密排著一圈40個窗洞，教堂內部空間飾有金底的彩色玻璃鑲嵌畫。裝飾地板、牆壁、廊柱是五顏六色的大理石，柱頭、拱門、飛簷等處以雕花裝飾，圓頂的邊緣時40具吊燈，教壇上鑲有象牙、銀和玉石，大主教的寶座以純銀製成，祭壇上懸掛著絲與金銀混織的窗簾，上有皇帝和皇后接受基督和瑪利亞祝福的畫像。
聖索非亞大教堂的特別之處在於平面採用了希臘式十字架的造型，在空間上，則創造了巨型的圓頂，而且在室內沒有用到柱子來支撐。君士坦丁大帝請來的數學工程師們發明出以拱門、扶壁、小圓頂等設計來支撐和分擔穹隆重量的建築方式，以便在窗間壁上安置又高又圓的圓頂，讓人仰望天界的美好與神聖。
由於地震和叛亂的燒燬，聖索非亞大教堂經歷過數次重修，尤其公元532年查士丁尼大帝投入一萬名工人、32萬黃金、並花費六年光陰裝飾聖索非亞大教堂。教堂是當時的城市中心。聖索非亞大教堂的大圓頂離地55米高，在17世紀聖彼得大教堂完成前，一直是世界上最大的教堂。
聖索非亞大教堂是靠圖形和數字設計的。設計者中的一位是來自特拉列斯的安提繆斯——是《燃燒的鏡子》和《不平常的機械裝置》這兩篇著作的作者。第二位建築師比安提繆斯年輕，他是來自米利都的伊西多爾，他針對亞歷山大利亞的希羅的文章《論拱形建築》寫過一篇評論。安提繆斯和伊西多爾是阿基米德學科方面的大師。
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聖索非亞大教堂是拜占庭式建築的代表作，創造了以帆拱上的穹頂為中心的複雜拱券結構平衡體系。是世界上唯一由神廟改建為教堂、並由教堂改為清真寺的聖索菲大清真寺。聖索菲亞大教堂是330年時由君士坦丁大帝修建的，6世紀時查士丁尼大帝把教堂改建成現在的模樣。奧斯曼帝國時期，聖索菲亞教堂改建為清真寺，周圍矗起四座高塔。教堂主體為長形，內壁全用彩色大理石磚和五彩斑斕的馬賽克鑲嵌畫裝點鋪砌。
圓頂由兩個半球形拱門支撐。17世紀時，仿效公元前腓尼基人昂蒂帕特提出的“七大奇蹟”的說法，提出現代世界“七大奇蹟”，聖索菲亞教堂就是其中之一。從教堂內一側的昏暗、狹窄的碎石鋪就的通道蜿蜒而上，能到達環繞教堂內三面的兩層長廊。教堂外的淨洗池顯示著教的色彩。
聖索非亞大教堂內部的裝飾，除了各種雕刻之外，也包括運用有色大理石鑲成的馬賽克拼圖。
從公元4到6世紀開始，教會逐漸對教義與救贖的觀念有漸深的認知，同時希臘羅馬文化圈重視肖像與肉體美的傳統也逐漸對基督教產生影響，信徒除了透過傳統的諭言故事與象徵手法來理解教義，也逐漸產生將聖母、聖子、聖徒等人物畫像化的需求。教會中認為聖人的人物畫像就等於觸犯聖經中不得膜拜偶像的規定的一派，與另一派認為人物畫像可以讓信徒更容易理解神的精神、有助傳教，兩派間的歧異日漸加深。
公元692年教會會議中授與基督人像化的合法性，但公元730年羅馬皇帝里奧三世eoiii）頒佈禁令，禁止聖母、聖子、聖徒、天使以人物形象出現，自此揭開了兩派人馬長達二百年間的鬥爭，教堂裡的畫作遭破壞，畫像的持有者和作畫的工匠們也都遭到各種形式的迫害，社會動盪不安。
一直到9世紀中葉，教會重新解釋，願對畫像給予敬意、信仰崇拜，這才逐漸消釋兩派間的紛爭，而這個日子也被稱為“正統的勝利”thetriuphoforthodoxy），每年在信仰東正教的國家裡被盛大慶祝。然而雕刻藝術從來不曾得到教會的認可。
公元1453年6月，奧斯曼土耳其蘇丹穆罕默德攻入了君士坦丁堡，他下令將教堂內所有拜占庭的壁畫全部用灰漿遮蓋住，所有基督教雕像也被搬出，並將大教堂改為清真寺，還在周圍修建了4個高大的尖塔。
最能說明伊斯坦布林是東西方文化藝術交匯點的名勝古蹟是阿亞索菲亞大教堂、蘇丹阿赫梅特清真寺和託普卡珀博物館。
阿亞索菲亞博物館是羅馬帝國時期的基督教堂。它是一個氣勢宏偉的長方形石頭建築，上面巨大的穹頂，直徑31米，離地面55米。底部四周有40個大玻璃窗，4座雄偉的拱門，是典型的拜占庭建築。1453年，拜占庭帝國滅亡後，信奉教的土耳其人在教堂外修建了4座宣禮塔，將這座千年歷史的大教堂改為清真寺。
託普卡珀宮建於1478年。這裡除了收藏著土耳其歷史上許多珍貴文物和文獻以外，還收藏著1．7萬多件中國古瓷器，上至唐宋，下至明清，據說僅次於北京故宮博物院和德累斯頓藝術博物館，為世界第三位。伊斯坦布林舊城區內有7座小山，因當時羅馬帝國皇帝曾把這裡看成是新羅馬，羅馬有7山，此亦相仿。
其中，6山沿黃金角，1山孤峙西南，這些山頂大多平坦，但坡道頗峻，7山分佈的名勝古蹟達40處左右，第一山有聖索菲亞教堂、聖艾琳教堂、蘇丹艾哈邁德清真寺、艾哈邁德三世噴泉、彩磚閣、託普卡珀宮、馬爾馬拉海濱城牆。第二山有努魯奧斯曼尼耶清真寺、火焚柱、室內大市場。
第三山有拉萊利清真寺、瓦侖斯引水槽。第四山有法提赫清真寺、埃斯基·伊瑪萊特清真寺。第五山有居爾清真寺、蒙古聖瑪麗教堂。第六山有卡里耶清真寺、阿德里安諾普爾門、君士坦西宮。第七山有七塔堡、伊姆拉霍爾清真寺即斯陶迪翁的聖約翰教堂）。
市中心的商業區十分繁華。黃金角南岸古老的室內市場，為世界上少有的巨型室內市場。建立於1461年，後又幾經擴建，佔地達3萬平方米。8面開門，內有4000家店鋪、20家客棧和65條街巷，每天車水馬龍，人如潮湧。伊斯坦布林市分成三個區：位於歐洲的舊城區和貝依奧盧商業區，以及位於亞洲的於斯屈達爾區。風光秀麗、古蹟繁多、交通便利、商業發達，使伊斯坦布林成為一座世界著名的旅遊城市，也是歐亞兩大洲共有的一顆明珠。
伊斯坦布林是一個同時跨越歐、亞兩大洲的名城，而位於黑海karadeniz）和馬爾馬拉海arara）之間的博斯普魯斯海峽itanbubogzi）及金角灣i）橫貫其中。做為古代三大帝國──羅馬帝國、拜占庭帝國以及奧斯曼帝國首都的伊斯坦布林，保留了輝煌的歷史遺產，也是土耳其人民值得驕傲的。
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伊斯坦布林確實由於豐富多彩的文化遺蹟，使遊客著迷，其所擁有的博物館、教堂、宮殿、清真寺、市場以及美妙的大自然風光，會讓人們流連忘返。夕陽西下時，佇立在博斯普魯斯海岸邊，當看見對岸的窗戶在落日餘輝的映照下射出的點點桔紅，這時你就會深深理解了若干世紀前的人們為何選擇了這樣一個非凡的地方，也會由衷地感嘆伊斯坦布林無愧為世界上最美麗的城市。
“此地有絨毯特產。”
“回教世界版圖最大。”
進人商品交易所，那裡出售羊毛、染料和絨毯。
一天後補給完畢後，我們離開了伊斯坦布林港，我在航海日誌上寫下了：“1522年12月30日上午，離開了伊斯坦布林港。”。