陷入痛苦夢境的大臣和皇帝在鳳華的音樂中彷彿看到了另一個世界，悲傷中帶著希望：
小姑娘希塔是傳說中“天空之城aputa”的後裔，那曾是超越地上文明不知幾千年的空中文明。
但不知為何，希塔的祖先離開“天空之城”，拋棄了這些發達的科技，在地面上過起隱居的生活。
而希塔嚮往著多彩的大千世界，她帶著母親的遺物——天空之石偷偷出走。
乘坐的飛艇因為遭到空中海盜的襲擊而下墜，爭鬥中希塔從萬米高空的飛艇上跌落下來……
少年pasu是礦工機師的徒弟，這一天收工時，發現天上有個亮晶晶的東西正在慢慢地下落
。
他飛也似的跑過去，發現是一個好可愛的女孩子，在一團藍光的包圍下從天上飄下來了……
第二天希塔在pasu的房間裡醒來，發現房裡有一張“天空之城aputa”的照片。
這是pasu的父親冒著生命的危險歷盡艱險才拍到的真正的天空之城，但除了斯威夫特之外，沒有人相信他。
於是父親在鬱鬱寡歡中去世了。
pasu發誓，一定要向他人證實，世上真的有天空之城存在！
然而嗅覺靈敏的海盜很快就找上門來了。在追逐中，二人在眾目睽睽之下掉入萬丈深的礦井，希塔戴的天空之石又一次發光，令他二人安全飄落。
礦井中，天空之石和井下的礦石發生共鳴，原來這裡曾是開採天空之石原料的地方，但提煉天空之石的技術，傳說只有aputa的人才掌握著。
二人剛出礦井，就被軍隊的人抓住了。
希塔被帶往要塞，在那裡一個叫穆斯卡的人給希塔看一個巨大的機器人，說是從天空之城掉下來的，憑當時的科技無法令它再啟動。
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當天晚上，希塔念起祖輩所流傳的尋求幫助的咒語，天空之石發出光，令機器人再次活起來，整個要塞變成火的海洋。
pasu趁亂和海盜達成聯盟飛入要塞救出了希塔。
匆忙中希塔丟失了天空之石，而穆斯卡得到了寶石，命軍隊按照寶石上聖光的指引，飛向天空之城。
另一方，海盜媽媽從希塔的記述中算出了天空之城的方位，帶著希塔的二人乘海盜飛艇全速前進！
即將到達之時，忽然前方出現龍捲風，和穆斯卡的艦艇又狹路相逢，交戰中pasu和希塔的滑翔機被捲入龍捲風裡。
這裡是被上帝拋棄的領域，自然的恐怖與眾神的憤怒在這裡集結，飛越濃重的黑暗，在縱橫飛嘯的電光中，穿過閃電的迴廊，突破生與死的界限，命運之門再次敞開在少年的面前……
龍捲風的中心，正是傳說中的飛鳥“天空之城aputa”！這兒是寂靜的天堂，只有機器人值守的空中都市，植物和遠古生物的家園。
…………
一曲下來，所有的人都已經清醒，不論是王公大臣還是世家千金，皆滿臉淚痕。
獨孤驚塵的催眠曲不知什麼時候開始，便在鳳華的笛聲中停止。
夜洛撫琴的雙手也牢牢地輕放在琴絃上，靜靜地聆聽，眼中多了一抹憐憫，一絲決絕的堅定。
鳳華的笛聲吹進了他們的心裡，那隨著笛聲在腦海中浮現的場景就如同真實發生過的一樣。
令人悲傷，無限的傷感好像發現了人生的含義，又有了一些堅定。
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