“就在我眼前！！！紀藤肆也化成光消失了！！！”
炸彈落下來了。
阿笠博士受到一封來自紀藤肆也的信，信上對幾周前沒能如約見面表達了非常真誠的歉意。這讓阿笠博士很心虛也很愧疚，畢竟這是安室先生為了調查案子假借他的名義把紀藤肆也約出來見面的藉口。雖然他被安室先生說服後同意他這麼做，但是聽說紀藤肆也因此在路上遇到了危險，還是讓這個心地善良的小老頭自責不已。
信中紀藤肆也說，他不慎被捲入一場惡性犯罪行為中，為了安全起見，暫時切斷一切聯系方式並辦理了休學，一段時間內都無法繼續擔任阿笠博士的助手，感到非常抱歉。
阿笠博士撥打號碼果然無人接聽。
第二天，在步美偶然提到大明星紀藤肆也好久沒來做客時，阿笠博士隨口說了這件事。工藤新一敏銳地偵探嗅覺讓他執著地請求阿笠博士把信交給他看一眼。
看完信，小偵探急切地拽住阿笠博士的衣擺問他：切斷聯系方式，那他是怎麼把信給你的？
這是柯南想不通的地方。因為在這種威脅人身安全的緊急情況下，他不覺得紀藤肆也和阿笠博士的師生關系深厚到他寧願冒著生命危險聯系外界讓人送信。嚴謹聰明的紀藤肆也也絕不會想不到，有人能夠透過追查送信人找到信件源頭！
阿笠博士撓頭，柯南如臨大敵的架勢讓他也有點慌。“就，就是我在客廳桌子發現的信啊？我以為是你們誰來做客順手放桌子上的……”
他說著也意識到不對，隨即是後怕！因為昨天，他帶著少年偵探團去野外釣魚，晚上回家很晚，小孩們玩累了並沒有進門，直接解散回家了！
有人偷偷潛入了阿笠博士的房子！
這可把人嚇到了！
柯南連忙把屋子裡的一群真·小孩忽悠走，裡裡外外地檢查了阿笠博士的房子，沒有發現任何潛入痕跡！
偵探的執著讓他不願放棄，他不斷推理新的可能性並一一排除。
“可惡啊完全想不到！”柯南為此痛苦撓頭了數天，在又一次透過推理解決一起兇殺案並為“沉睡的小五郎”的事跡再添一筆後，苦惱地向信任的安室先生傾訴。
“……就是這樣，完全找不到線索，總不能是憑空出現的吧！可惡！”
誰知安室透卻幽幽地說：“說不定，真的是憑空出現的呢？”
柯南：“……啊？”
安室透透過獨特的方式得到了情報，知道情報後，他的第一反應是：傳達情報的人怕不是把現實和小說弄混了吧？
怎麼會有人突然消失？
這完全不符合守恆定律！莫不是所有人都在做夢！
他非常不想相信，也堅定地相信一定又古怪，可是情報再次確認：“沒有傳達錯誤，fbi裡確實有人目睹紀藤肆也在沒有障礙物遮擋的情況下化成光消失！”
他當然知道紀藤肆也在三週前與“阿笠博士”見面當天被黑衣組織綁架的事。事實上當他在約定地點等待，還沒到約定時刻就已經接到訊息了。
安室透當即決定化身波本借機申請審問，搞清楚黑衣組織找上紀藤肆也的原委！卻被琴酒攔住，不露一絲口風。
後續紀藤肆也被人救出，他也第一時間知曉。至於後續的失蹤，他只以為是狡猾的fbi為了獨吞情報把人藏起來了，畢竟這群在別的國家興風作浪的罪犯最喜歡幹這種事了不是嗎！
可當他把這滑稽的情報連同另一起“警局內部證物靈異消失”事件一起上報後，卻被要求停止調查！
明明是與黑衣組織牽扯的重大事件，為什麼禁止調查！
他直覺這可能是鏟除組織重要的突破口！
這位盡職的臥底顯然有自己的想法，他仍然沒有放棄獲取更多情報，直到有一天接到公安訊息後，一個從未見過的官方人員在黃昏時分把他帶到另一個人面前。
降谷零在公安中的職位已經是同輩人中的極致，青年才俊中的才俊，沒有人懷疑憑借他的功勞不能晉升到最頂端，只要他能活到組織崩解的那一天。加之他從事的臥底職業極度危險，未免暴露，他連親友都從不見面，也因此很少有需要這樣鄭重引薦的人。
身份特殊……難道同樣是警方臥底？
懷著疑問，他見到了一個穿著西裝，明明衣著精英卻一臉疲倦的男士。而這個男人很明顯不是專程來見他，彷彿只是在忙碌工作的間隙抽出短暫的時間來與他交談。
更怪的是，他手裡明晃晃地提著一把鈍刀，身邊的官方人員卻沒有任何質疑！
……
“說不定，真的是憑空出現的呢？”
“啊？怎麼可能嘛！”
安室透想到自己參與的事，不想把柯南牽扯進來，便裝作“憑空消失”只是隨口開玩笑嚇唬小偵探。
“是啊，怎麼可能嘛……”