雖然朝廷裡爭議很大，但是得到朱由棟反覆保證的萬曆皇帝還是下旨：鑑於木邦土司家絕嗣，故而設立大明雲南布政司木邦府，下轄三縣。同時增設木邦所。由孫承宗擔任第一任木邦知府，程才勇擔任木邦所千戶。
這時候內閣裡沈一貫和沈鯉均已去職，朱賡成了獨相。老頭子一把年紀了，這麼大一個帝國如此紛繁複雜的事情一個人怎麼忙得過來？所以這會兒朱閣老正忙著和萬曆打官司：皇上，老臣都七十二歲了，一個人怎麼行？麻煩給內閣加點人。
本來萬曆也沒準備累死這位和事佬。先後讓大臣們廷推了于慎行和李廷機入閣。結果前者身體不好，沒法上班。後者東林黨人不喜歡他們想要的是李三才入閣），任命剛發下來各種彈劾就沒停過，只好閉門不理事…...總之，年邁而孤獨的朱閣老根本沒心思在這點小事上和皇帝墨跡。在皇帝派太監來暗示後，朱閣老很快就弄好了票擬，然後順利的批紅。至此，木邦由宣慰司變為雲南直轄府遂成為定案。
在這個過程裡，最不爽的就是雲南布政司了。
沒什麼好奇怪的，木邦到底離緬甸近離昆明遠。以前是宣慰司，出了事情雲南的地方官沒責任。現在成了直轄府，這木邦的所有事情都跟雲南布政司牽扯上了關係。雲南的官員高興得起來才怪！
當官嘛，除了少數腦袋有病一天到晚想建功立業的傻瓜。誰不想平平安安的做官？把木邦拿進來直轄，萬一緬甸又打來了呢？丟失國家直轄領土，一個布政使的腦袋估計是不夠的！
所以，面對皇帝和內閣的一致意見，雲南的官員們沒法硬頂。但是軟對抗是少不了的：那個，孫大人，我們雲南的財政從來都是不夠的，多年來一直都靠四川接濟。所以，這新增的木邦府，辦公經費啊，官員薪俸啊，駐軍費用啊啥的，都得你們自己想辦法。還有，我們雲南本來就是荒僻之地，很多縣城的知縣都是舉人擔任，進士擔任縣官的比例在大明兩京十三省裡是極低的……總之，這官我們也是派不出來的。
總之呢，朝廷說了，木邦新入，三年免稅。這個我們雲南司是絕對支援的。但是其他的，抱歉抱歉，沒有了。
孫承宗在昆明受了這樣的奚落一點都不生氣。相反，他高高興興的和雲南布政司簽了個省府協議。其大致意思就是，雲南布政司不派官員到木邦府，也不承擔木邦府的所有開銷。但是，木邦府以後的產出，直接繳納到北京的內承運庫，與雲南布政司無關！
十一月初，在北京接到這份荒唐協議的朱由棟不由得笑出了聲。然後他飛快的跑入皇宮裡，讓萬曆對這份協議蓋了印……之後萬曆根據這份協議，再次頒發聖旨：既然你們雲南布政司不想接納木邦。那好吧，木邦以後不是普通的府，改用軍民府編制！
在雲貴川這些地方，布政司以下，府和軍民府是同級的行政單位。其不同之處在於，府的官員是流官，由朝廷任命。軍民府的知府是當地的土司，不僅是終身制，而且軍民府的知府集民政、財政、軍事權力於一身！
軍民府與宣慰司的區別則在於：前者要像普通府一樣按期向朝廷納稅。而宣慰司嘛，朝貢就行了。
總之，軍民府這個編制，適用於靠近漢族聚居區，生活習慣有一定漢化，但和普通漢民還是有一定區別的少數民族聚居區。這個軍民府內部出了任何問題，都是由軍民府自己負責搞定。只要軍民府內部的混亂沒有波及到其他地方，搞破天了上級的布政司也不用擔責任。
所以，得到這道旨意的雲南布政司高興壞了，全司上下，甚至連同世鎮雲南的黔國公府都大呼皇上英明。
這麼兩撥操作搞下來，時間就拖到了十一月底。然後，十二月份開始，剛剛掛牌不足十天的木邦軍民府就公開宣稱，找到了大型玉礦，有穩定玉石產出了……
“哈哈哈~~殿下，如您這麼說，雲南那些蠢官這會兒是不是腸子都悔青了？”
“嘿嘿，吾在京師，怎麼能看到雲南布政司那些傢伙的表情。不過呢，好歹人家雲南是木邦的大後方，劉帥和馬宣撫回鎮四川后，可是隻留了兩千人馬在木邦的。所以吾已經去信孫先生，這雲南的玉礦，還是要分些股份給雲南布政司和黔國公府的。”
“殿下，此事具體是怎麼做的？”
“張世澤，你就別替你家想了。這事隔著你們家畢竟太遠，還是不要去碰的好。”
“殿下。臣可不會亂想，臣的父親也不會亂想。到底雲南那邊是黔國公啊，那可是開國公爵之一，比起我們靖難公爵，歷史更久遠一點。”
“靖難未必比開國輕鬆多少。”說了句場面話後，朱由棟正色道：“吾給孫先生的建議是，整個木邦，以及後面的孟養玉礦，其開採、售賣甚至將來直接輸送原生玉石進入內地進行賭石什麼，都由一家公司來全盤操作。公司的名字我都想好了，大明南中翡翠股份有限公司。在這裡面，大內佔股三成，興華宮兩成，黔國公府一成，雲南布政司一成，木邦軍民府兩成，孟養宣慰司一成。”