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後，志村團藏要求貫徹落實扉間的政策，繼續嚴正法度，繼續由宇智波一族嚴格執行。繼任的宇智波一族代族長兼警務部部長兼警務部隊隊長、宇智波鏡的弟弟宇智波福山立誓定當不辱使命，寧殺錯不放過...
之後的十年間，老大名去世，新大名上臺，其時不少家族已經服從於團藏與日斬的恩威並施，以培訓暗部精英為目的，團藏組建根。
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但不久後新大名剋扣軍費，不得已，團藏開始率眾接髒活籌錢、扶植地區性壟斷產業，日斬默許。
木葉29年，二代風影挑起戰爭，進攻木葉，為期十年的第二次忍界大戰爆發。
一年後木葉漸漸獲得優勢，但土之國巖隱加入戰團，戰線慢慢推移到雨之國，已經戰敗的風之國想再撈一筆，最終在雨之國爆發三方混戰。
在與風之國單線交戰初期，渦之國太上長老旋渦正彥壽終正寢，渦之國泰山崩塌，雷水兩國趁機進攻渦之國，木葉以兵力不足為由不曾援助。
旋渦水戶聽聞此事，再也沒有出過千手族地。
雨之國在過去十年間逐漸做大，首領半藏心憂國事，不願意雨之國因三大國的戰爭生靈塗炭，加入混戰的戰圈。因為木葉沒有分兵援助渦之國，主力全在西線，風土兩方漸漸難支，退出戰局。
木葉留下部分兵力掃尾兼對陣雨之國。
團藏率軍前往渦之國，希望在已經亡國的渦之國故地找到一些封印術密卷之類的傳承之物，遇到三代水影無名伏擊，重傷，瞎了一隻眼睛。
身體漸漸不行的團藏與新任暗部的副部長大蛇丸合作，並給他根部的副手大權，希望靠柱間細胞恢復傷勢。
十年戰爭結束後，雨之國新興勢力——曉進入世人的視線。
沒幾年，第三次忍界大戰爆發，木葉再度多線交戰。
桔梗山之戰，神無毗橋之戰先後爆發。
因為波風水門小隊的緣故，神無毗橋之戰先勝。
團藏詫異，發動早就埋好的兩個間諜——藥師野乃宇和藥師兜，得知原來是巖隱決定傾盡全力打敗雲隱，神無毗橋之敗只是個幌子。
為防洩密，他決定處理掉間諜，由大蛇丸全權負責。
與此同時，得到訊息的木葉收束北線，坐觀土雷之爭。果然，萬餘巖隱忍者圍攻之下，三代雷影力竭身亡，巖隱也大傷元氣。
期間，水之國曾發動三尾暴走·木葉崩潰計劃，因旗木卡卡西立下曠世奇功斬殺數十上忍和成為三尾人柱力的隊友，計劃胎死腹中，木葉免去一場災難。
桔梗山之戰也在大蛇丸的領導下勝利。
各大國都現了頹勢，大局已定，團藏開始著眼於別處。
他擔心半藏與曉強強聯合後可能危害木葉的地位，於是率眾偽裝為曉的成員，暗殺半藏全族，故意留下破綻將線索指向曉。後挑撥離間，以木葉使者的身份告訴半藏木葉對於曉的看法，直接導致初代曉組織的破滅，彌彥身亡，長門暴走。不久後半藏亦意外身亡，團藏也就放心了。
三戰結束，猿飛決定退位。
團藏覺得他有希望當火影了。
結果是波風水門因戰功卓著，繼任為四代火影。
團藏不服，他想當火影，但是他明面的戰功不多。沒得辦法，他只能聽調不聽宣發發脾氣。
而波風水門確實根基淺，暫時只能靠著日斬舊部維持穩定而已。
很快，也就區區一年時間，機會就來了。
波風水門之妻、木葉第二任九尾人柱力旋渦玖辛奈產子之時，九尾居然掙脫封印，爆發第二次九尾之亂，並有神秘人與波風水門交戰。
四代火影波風水門使用封印屍鬼封盡，以獻祭生命將九尾封印到剛出生的兒子漩渦鳴人體內。夫妻雙亡。亂局中，團藏所部一兵未發。
團藏覺得自又要有希望當火影啦！
結果日斬復出。
團藏：...
不過權力還是要抓在手裡的，攬權最簡單的方法是立威，立威最簡單的方法是動刀，挑誰下刀呢？
嗯，宇智波就不錯。