這是朱慈炯回到南京之後的第一個大朝會，相比於登基之際，如今的朝堂一下子變得空蕩蕩的，顯得有些蕭瑟，不少人都是牽扯到了投敵的事情之中，現在還被關押在錦衣衛詔獄之中，等候審判，所以朝堂之上也就沒有多少人了。
“宣旨吧！”朱慈炯看了一眼韓贊周，當下也是抬手示意道。
韓贊週會意，從龍案之上取來聖旨，當眾宣讀起來：“奉天承運皇帝，詔曰：朕年少懵懂，聖聰矇蔽，奸佞立於朝而不自知，致使東虜南叩，宗祀幾近湮滅，危難之際，皇祚克復，及危而能持，顛而能扶，奸宄具殲，誠能否極泰來，皆賴朝中貞烈之臣，尤以夔州總兵曹變蛟功勳最著，北逐強清，肅清奸佞，堪稱本朝第一忠良，朕決議不循前例，以曹變蛟為內閣首輔大臣、大將軍，總理朝中國內軍政大事，進爵寧國公，賜贊朝不名、入朝不趨、臨朝不跪……欽此！”
“臣領旨謝恩，吾皇萬歲萬歲萬萬歲……”曹變蛟也是躬身領旨，沒有跪下去。
“奉天承運皇帝，詔曰：朕念歷朝歷代之前鑑，宦官參政，禍亂諸多，從即日起，廢司禮監披紅之權，朝廷之事，由內閣擬票而定，朕尚年少，準寧國公代行披紅，待朕成年之後，再還歸大政。”
“臣等遵旨，吾皇萬歲萬歲萬萬歲……”
“皇上，此番國難，雖有驚無險，然我大明元氣大傷，諸多奸佞投敵，然也有諸多賢良以身衛國、堅貞不屈，內閣首輔史可法、鳳陽總兵黃得功、漕運總兵張鵬翼……臣請旨皇上，能夠加哀榮以示褒獎，恩賞其子孫後代。”
“準！寧國公可自行處置，事後呈報朕知曉即可，朕無異議！”朱慈炯也是點頭應道，這些事情是常例了，也不是什麼新舉，臣子殉國，皆是如此。
“朕這一次受馬士英等人挾持，顛沛流離，身子也是不適，就此散朝吧，一切國政，寧國公可先決，朝廷內閣六部等官職的安排，也需要儘快辦理，使朝廷儘快安定下來。”
“臣遵旨！”
“散朝……”隨著韓贊週一聲長長的吆喝，當下也是就此散去。
不到一日，內閣六部的人選就確定下來了，曹變蛟早就有了安排，朝會不過是一個形式而已，一個曹變蛟獨掌大權的形式，有了這個形式，曹變蛟就是名正言順的，沒有人能說閒言碎語，因為曹變蛟是領旨辦事。
曹變蛟確定的新任內閣八人，由張慎言出任內閣次輔，其餘六位分別是袁繼鹹、路振飛、熊汝霖、萬元吉、方震孺、朱大典。曹變蛟依舊施行先前的制度，內閣不領部堂之事，對於這個制度，大家也沒人反對，除非是那種對權利很熱切的人，對於掌不掌部堂之事，是無所謂的，在內閣專司朝政，本就已經是責任重大了。
而六部則也是進行了重大調整，由沈猶龍出任部工部尚書兼任應天府尹，袁工部尚書張國維已經殉國了，加以追恩，曾櫻依舊出任戶部尚書，吳甘來出任吏部尚書，陳子壯仍為刑部尚書，黃道周出任禮部尚書，姜曰廣出任兵部尚書。
原大理寺卿施邦曜在清軍入城之際自殺殉國，大理寺卿一職由呂大器接任，原光祿寺卿許譽卿出任都察院左都御使，起用老臣熊明遇出任右都御使，吳鍾巒出掌翰林院，起用各地一批有才名的人入仕為官，如夏允彝為揚州知府，陳邦彥為常州知府，黃毓祺、黃淳耀為御史，方以智為翰林院博士，用以穩定人心。
同時奏請分湖廣為湖南、湖北二省，以長江為界，由左懋第出任湖北巡撫，劉熙祚出任湖南巡撫，方孔炤出任江西巡撫，樊一蘅出任河南巡撫，李若星為廣西巡撫，蘇觀生為浙江巡撫，張秉貞出任四川巡撫，張肯堂出任福建巡撫，沈廷揚為兩廣總督，原兩廣總督張同敞調任京城，出任京營提督，統京中守備兵馬，劉孔昭為南京水師提督，徐世蔭為長江中督，李乾德出任長江左督，畢拱辰仍出任右督，朱聿鍵出掌宮廷御林禁衛軍，田仰為五城兵馬司指揮使。
曹變蛟任命袁樞為江北總督，節制兩淮兵馬，防備清軍南犯。因北方失陷，暫撤漕運總督一職，長江水運，由長江三督負責，左督制四川、兩湖，中督制江西、南直隸，右督制蘇浙，海運之事，右海師提督陳子龍節制，以翁之琪為淮河水師提督，操練水軍，駐守淮安。以秦良玉為四川總兵官，恩賜一品誥命，曹文耀為湖南總兵官，鄭芝龍為福建總兵官，孫希貴為廣西總兵官，曾英為貴州總兵官……
全面廢除衛所軍制度，所存衛所軍，全部迴歸民籍，分撥田畝安置，改為募兵制和義務兵制，於國中各重要城鎮設，如揚州、松江、徽州、承天、長沙、貴陽、梧州、廣州等地，小鎮置守備、中鎮置都司、大鎮置總鎮駐防，守備兵馬由各地青壯義務戍守，反年滿十八、不過五十者，無有官爵在身者，盡皆需要服從兵役，全國實行本土輪守制度，小鎮守備治民兵三百，中鎮都司治民兵七百，歸各省巡撫節制，大鎮置總兵治常備軍五千到一萬，歸大將軍府節制，民兵兩月一輪戍，常備軍一年一調動，於南明全國境內設定小鎮三十，中鎮十一，大鎮二十七，凡免服兵役者，可繳納代役銀每年一百兩，身有功名者減半。
廢除錦衣衛，東廠等官署，編為御林軍，調整京師守備，御林軍五千拱衛皇城禁衛，五城兵馬司統內城巡防營人馬三千，外城門由京門提督統帥五千人守衛，城內駐紮京營守備軍兩萬，城外駐紮兩萬，為整個南京防務體系，歸大將軍府負責安排，兵部監管督查。
於南京、廬州、南昌、衡州、桂林正式建造國有兵工廠，專司軍械生產；收歸天下鹽引，一律由戶部發放，實行官督商賣制度；廢王田、建農場、辦實業；開放鬆江、寧波、溫州、福州、泉州、漳州、潮州、惠州、廣州為通商口岸，加強與外國商業貿易、文化交流等方面的聯絡；推行新稅制度，農戶繳納糧食為賦，桑農繳納絹布為賦，工商業者繳納銀錢為稅，除本籍賦稅、人頭稅之外，不再徵收其他苛捐雜稅；改善官員低薪制度，官員俸祿發放銀、絹帛、糧米三種，正一品，年俸五百石、絹帛三十匹、白銀一千兩；從一品，年俸四百八十石、絹帛三十五匹、白銀一千兩，正二品，年俸四百六十石，絹帛三十五匹，白銀九百兩……正九品，年俸一百五十石，絹帛五匹，白銀三百五十兩；從九品，年俸一百石，布帛五匹，白銀三百兩；另外每年補貼筆墨、官服、官靴等消耗，每人十兩……