局勢就在不經意之間發生了翻天覆地的變化，一切都如曹變蛟預料的那般在循循漸進的發展著，面對著局勢糜爛的中原之態，曹變蛟選擇了退後，以報鳳陽之根基所在，但是並不是所有人都像他一樣，比如孫傳庭就是其中最顯眼的人物。
孫傳庭斬掉人龍以後，威震三邊，從此後天天整治軍隊做平賊的打算，可是這時賊兵又圍困開封，朝廷傳令御史蘇京過來監督延安、寧夏、甘肅、固原的部隊，催促孫傳庭出關。孫傳庭上書說：“部隊剛招募起來，還不能使用呢。”皇帝不聽，嚴令孫傳庭出兵作戰，孫傳庭不得已出兵，在九月裡抵達潼關。
孫傳庭在潼關經過幾天的休整，崇禎帝依舊在不斷催促孫傳庭進軍，孫傳庭於十月份帶著新募計程車兵出征，官軍一路上偃旗息鼓，潛行於山中，偷偷接近民軍，打算來個出其不意、攻其不備。在河南郟縣，官軍潛至民軍附近，孫傳庭令部將左勷率左軍，鄭嘉棟率右軍，高傑率中軍設下埋伏，牛成虎率前軍挑戰民軍，誘敵深入。雙方接戰不久，牛成虎佯裝失敗，將民軍引入包圍圈，四面伏兵突起，民軍卒不及防，向東逃竄，官軍追殺三十里，孫傳庭在力不如人的時候，以智取勝，官軍取得了久違有勝利，然而由於此時天降大雨，官軍又餓又冷，沒能繼續擴大戰果。
農民軍雖初戰失利，但畢竟人多勢眾，在官軍打掃戰利品之際，民軍主力殺了個回馬槍，官軍抵擋不住，兵敗如山倒，孫傳庭率殘兵敗將狂奔回陝西。官軍此戰原為長途奔襲，試圖以戰養戰，糧草供應不上，士兵們不得不採集沒有成熟的青柿充飢，因此河南人將此戰稱為柿園之役。這次戰鬥官兵死了幾千人，材官小將犧牲的有七十八個人，農民軍得到了他們所丟掉的很多戰馬，孫傳庭敗走鞏縣，取路孟縣進入潼關，已經無力再戰了。
十二月四日，李自成攻陷並佔據襄陽，左良玉逃奔承天，不久到武昌。李自成分兵前進，攻下德安、彝陵，相繼攻克荊門、荊州，二十八日，焚燒獻陵。崇禎十六年正月二日，李自成攻陷承天，巡撫都御史宋一鶴、留守沈壽崇等死，二十五日，消失已久的張獻忠走出山林攻陷蘄州。三月，李自成殺害羅汝才，合併其部眾，朝廷遂令大學士吳甡率師征剿李自成。
在李自成如火如荼的奪佔湖廣、河南之際，清將阿巴泰率軍討伐明朝，內大臣圖爾格為副將，清軍自黃崖口進入明朝邊境，在薊州打敗明將白騰蛟等人，並連續攻破河間、景州，趨近山東兗州，擒斬明魯王朱以派等人，並分兵到達山東萊州、登州、青州、莒州、沂州等地，回軍時攻打河北滄州、天津、三河、密雲。
乾清宮之中，崇禎皇帝朱由檢一臉傾頹之色的依靠在龍榻之上，口中猛烈的咳嗽著，那一聲聲的咳嗽彷彿是在提醒他，大明的江山已經到了他此刻身體的程度了，十幾年的操勞，已經拖垮了他的身子，也拖垮了大明最後的一絲元氣，什麼叫氣數，以前不想相信，但是此時此刻，他不得不相信了，這就是氣數。
孫傳庭敗了，大敗虧輸，陝西兵自古以來就是明朝出精兵的地方，孫傳庭也是難得的帥才，但還是沒有能夠擊敗李自成，而且兵馬損失大半，現在河南全境落入了李自成手中，等於是大明朝的心臟被人挖去了，南北漕運受到了阻斷，北京剛剛遭到清軍的圍攻，近三個月的嚴密守備，十幾萬兵馬，只能眼看著對方几萬人在城下是耀武揚威，卻無能為力，現在好了，連老祖宗的墳墓都被人燒了，對於朱由檢來說，這和當初鳳陽被毀的恥辱相比，那就是更上一層樓，哪一朝的皇陵是一而再的被亂軍挖掘毀滅的呢，他都不知道自己將來有何面前去見九泉之下的祖宗。
“曹變蛟現在還在鳳陽按兵不動嗎？”朱由檢半躺半靠的看著手中的奏牘，很是隨意的問著身邊的秉筆太監王承恩。
王承恩一臉為難之色，支支吾吾的，說道：“皇上，您身子不爽，還是先歇歇吧！”
“朕在問你話呢！”朱由檢立即呵斥了一句。
王承恩無奈，只好答道：“曹變蛟還在鳳陽，朝廷曾經下旨讓他配合孫傳庭剿滅李自成，在汝寧打了一仗之後，曹變蛟就上奏說兵馬損失慘重，糧餉缺乏，無力再戰，就退回鳳陽去了，其後兵部也曾經下過兩道旨意前去督促，但是曹變蛟每一次都是說沒有糧餉，兵馬不聽排程，若是朝廷能夠調撥他十萬兩軍餉，他才能調兵前往，若是強行出兵，恐手下將士會出現變故，附逆李自成。”
“哎……世道如此，人心不古啊！朕原本還以為他曹變蛟是忠臣，沒想到他也學起了左良玉，左良玉那廝棄襄陽，走武昌，大肆剽掠，朕也是無能為力了，他們要銀子，朕哪裡有銀子給他們呢，戶部現在是空空如也，別說十萬兩，就是一萬兩，朕也是有心無力啊！”
聽到皇帝竟然說出這樣的話，王承恩也是心酸不已，一個堂堂大明朝的皇帝，如今竟然說出瞭如此沉重的話語，這也讓他身為奴才的身為酸楚。
“皇上，監軍金聲倒是也上了一道摺子，在摺子之中稟奏，說他曾經與曹變蛟相談過，曹變蛟所圖者，非為擁兵自重，實乃自身實力不濟，不能與李自成一戰，若是皇上能夠准許他招募兵馬，同時許以更大的權力，以誠意打動曹變蛟，他不會抗旨不遵的，奴才覺得，既然一時之間李自成是沒辦法剿滅，但是對張獻忠不妨可以一試，張獻忠此前就是敗於曹變蛟之手的，剿滅張獻忠，曹變蛟是不會拒絕的。”
“混賬！難道要讓朕堂堂大明天子，去求他一個臣子嗎，當真是可惡至極！”朱由檢當下也是憤怒的呵斥起來，對王承恩說的這些話感到氣憤不已，如果真的那樣做，他還有半分大明王朝皇帝的威嚴嗎。
“奴才失言，皇上恕罪！”當下王承恩連忙伏地請罪，本來還有些話想說的，但是看到皇帝憤怒的樣子，他也是無奈的又重新嚥了回去。
“傳旨，曹變蛟剿賊不利，剝奪其封爵，降為嶽州總兵！原保定總督楊文嶽兵敗失利，調任出任九江總兵！”朱由檢也是隨即做出了決定，既然他們不出兵，那就將他們放到前線去，他們總不能坐著等死吧！
他是著實無奈，養兵需要錢，眼下國庫實在是空空如也，沒有錢財去犒賞三軍了，那些武將們，一個個對他都是敷衍了事，一個孫傳庭大敗而龜縮關內，自己也是屢次告誡他儘快出兵，他現在就是不聽，左良玉現在幾乎是對朝廷的軍令是陽奉陰違了，而好不容易從遼東殺回來個曹變蛟，本以為是赤膽忠心，沒想到現在亦是有樣學樣，讓他也是頭疼無比，只能是用那些不是辦法的辦法才應付了。