太湖抗清失敗之後，他隨著陳子龍、吳毅山南下廣州，後來編入忠義鎮，在吳毅山手下做同知。
忠義鎮被圍合州之後，大軍陷入絕境，城中殺人而食，不少士卒和將校意志不堅定，在絕望之下，為了保命，背叛了明朝，投降了豪格。
陳科在突圍失敗，吳毅山被殺之後，也變節投敵，效忠了金國。
在明清交戰，明金交戰，這樣一個反複拉鋸，多方混戰的混亂時代，一些明朝官員和將領，投降滿清，或者金國，也並不是什麼稀罕事，算不上最大惡極，清軍金軍也有投降明朝的人。
誰還沒個私心，有多少人不怕死呢？清軍南下時，五鎮俱降，可後來又投身抗清鬥爭的也比比皆是，金聲桓、王得仁，王光泰三兄弟，都是先投清，再回頭反清的將領。
這些人，明朝一般都能接受，可是這陳科卻被忠義鎮上下恨之入骨。
勢窮投金，沒什麼話說，合州降金的將領不只他一個，可是別人投金都是帶著人跑出城去，不打了，認輸了，但他卻發動叛亂，開了城門，賣了袁宗第和不願意投降的近萬弟兄。
為了活命，茍且偷生，選擇投降不是不可以，但是為了自己的私利，而出賣弟兄，這就有些不是人了。
忠義鎮講的就是個義字，陳科自己偷生，還出賣城中弟兄的行為，引起了如今忠義鎮的公憤。
李定國在簡陽得知是這廝在鎮守成都，頓時大怒，決定清理門戶。吳三桂既然在往漢中搬運四川的物資，這個陳科說不定也會棄城逃跑。
抓住這個陳科，對於李定國有很大義意義，於公是誅殺叛賊，為督鎮報仇，於私能夠獲得忠義鎮的擁護，爬上都督的位子。
因此馬進忠領著主力未到，他便留下信件向其說明情況之後，領著六千人馬便先行殺向成都，防著陳賊逃跑。
此時在成都城頭，一個穿著鎧甲的將領，按著戰刀，正立在城頭之上，皺著眉頭看著城外的明軍。
他三十多歲，面板黝黑，頗為精壯，一看就是久經沙場之輩。
這人正是金國成都防禦使陳科，此時他兩手扶在牆垛上，望著城下明軍，不禁久久無語。他是萬沒有想到事態變化如此之快，他投金還不到一年，明軍就打了回來。
他身後的官員們也是一臉牙疼的倒黴樣，他們剛收到四川明軍出資陽，進攻簡州的訊息，明軍就已經殺到成都城下，讓他們震驚不已。
成都之前被孫可望焚燒過一次，可是五六年過去之後，已經逐漸恢複，金國再四川的重要官署都在成都。
吳三桂在組織撤退，但是卻也不好大張旗鼓的撤退，一是怕引起川南的明軍立刻進攻，二是一段四川計程車紳百姓知道金國要放棄四川，恐怕立刻就會大亂，所以吳三桂先運周圍的州縣，最後才運成都之物。
成都才剛剛開始運送，家眷都還沒有走完，明軍就兵臨城下，誰都逃不掉，大金在成都的官員，自然無一例外，都哭喪著臉，滿面的晦氣。
這時眾人正看著，明軍列好陣型，一名插著背旗的棋牌官，便賓士到城下，戰馬在百步外停下，朗聲嘯叫，“城上所有官吏兵將聽著，我家將軍限時三日，讓你們自縛請罪，若如不然，城破之日，一個不留盡皆梟首！”
說完騎兵拔馬便走，城上的居然沒人做出反應，半晌陳科才回過神來，忽然大罵一句，“孃的，老子在五忠軍的時候，李定國還不知道在哪兒呢？他有什麼能耐，敢威脅我！”