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在鯀被斬殺的時候，東海方丈島乾坤殿內，閉目靜修體悟天道的乾坤老祖卻是突然睜開了雙眸，喚來青崖童子，讓他前去三仙島將雲霄仙子叫來。
待得雲霄前來拜見之後，乾坤老祖便是對其吩咐道：“人族如今是虞舜當政，天下出現了很大的水患。人族重臣鯀治水不利，被虞舜命人斬殺。而他的兒子，也就是五帝中的最後一位將在其屍身內誕生。你去將這孩子救下，送到鯀的妻子那裡，交由她來撫養。而你，得負責教導這孩子，助他得證人皇道果。”
“是，老師！”欣喜應了聲的雲霄仙子，連忙離開方丈島往洪荒大陸而去，到了人族，救出鯀屍體中誕生的大禹，將之送到了鯀的妻子那裡。
禹慢慢長大之後，得知了自己父親之事，便決定為父親一雪前恥，平定水患。於是，他東奔西走，尋找治水良策。
三十歲時，禹在塗山遇到了塗山氏之女女嬌，一見鐘情，與女嬌結為夫妻。女嬌本家是東夷強大的塗山氏，且塗山氏尚處於母系制後期，禹只能做了上門女婿，不過也因此得到了東夷的強大支援，有了立業之基。不過為了治水，禹還是忍痛離開了新婚的妻子，再次踏上了治水征程。
考察天下河流山川之後，禹制定了治水之法，並且親自去求見虞舜，獻上了治水之法。
虞舜親自接見了他，聽了他對治水的看法之後，大為贊同，遂讓他主持治水。
禹總結了父親治水失敗的教訓，改堵為疏，親自翻山越嶺，淌河過川，拿著工具，從西向東，一路測度地形的高低，樹立標杆，規劃水道。他帶領著治水的百姓，走遍各地，根據標杆，逢山開山，遇窪築堤，以疏通水道，引洪水入海。
禹為了治水，費勁腦筋，不怕勞苦，從來不敢休息，和妻兒演繹了一場三過家門而不入的傳奇故事。
在開山鑿道的過程中，不免驚動引來一些山林中的妖族襲擊。禹修煉不高，無奈只能求助於雲霄仙子。雲霄仙子遂將離開方丈島前乾坤老祖特意賜予他的開山斧以及定海神針交給了禹。那開山斧不但能夠輕易劈開大山，對付妖族也是利器，而定海神針更可測量水位，也是禹用來治水的好工具。
不過，在治水的過程中，禹依舊是遇到過自己解決不了的麻煩。比如那淮水無之祁，他乃先天四大靈猴之一的赤尻馬猴，善於變化，力敵九龍，且善於控水，就連水神共工也不敢稱在控水之術上稍勝他一籌。雖無人教導，但無之祁憑藉著天賦異稟，還是修煉到了大羅層次。且憑藉著避禍延死的神通，在之前的量劫和諸多危險中得以生存至今。
禹不過天仙修為，哪怕有著開山斧在手，也並非無之祁的對手。所幸關鍵時刻雲霄仙子來了，幫禹制服了無之祁。
雲霄仙子本想將無之祁打殺的，可這猴子見勢不妙慌忙討饒。再加上緊接著白澤到來，親自為無之祁求情，雲霄仙子這才饒了他一命。隨即，白澤看無之祁出身不凡、天賦不錯，便收他做了徒弟。自此，方丈島一脈終於有了一個本事修為拿得出手的三代弟子了。
沒了無之祁的阻撓，禹接下來治水變得順利了很多。足足花了十三年的功夫，禹不知開闢了多少山，疏浚了多少河流，修築了多少堤壩，終於是使得天下河川都流向東海，從而根治了水患。
在洪水退去的潮濕泥土上，禹還給百姓籽粒，教他們種植水稻。
禹治水成功後，在人族自然有了極大的聲望，甚至超過了當今人族的共主舜。