小光一手抱著penpen，一手拉著penpen的小行李箱，小跑著回到車子裡。然後從車窗裡面探出頭，對著大家猛擺手：“大家保重！再見！”
車子在李曉四人面前調轉車頭，順著來時的路絕塵而去，半空中還回蕩著小光的告別聲。
“走了啊……”明日香看著車子在視線中漸行漸遠，無力的放下了舉起的手，臉上露出傷心的表情。
“大家都走了……東治、劍介，不知道他們兩個現在怎麼樣？”真嗣站在明日香身旁，同樣滿臉的悲傷。
美裡深深的嘆息一聲：“都走了好，走了才安全，這下penpen也送走了，終於沒有任何顧及了。”
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最後的使徒已經被消滅，nerv存在的使命已經完成，但是人們卻沒有因此而感到多麼高興或是鼓舞，整個nerv籠罩在一片迷茫和壓抑的氣氛中，人們不知道未來該何去何從，還是關於nerv，無論是關於自己。
作戰大廳。
日向誠、青葉茂、伊吹瑪雅三個人湊在一起，一邊吃著零食、喝著咖啡，一邊無意義的閑聊著，工作上他們三人是好夥伴，生活中他們也是好朋友。
“那個少年……就是最後的使徒了吧。既然使徒已經沒有了，為什麼nerv還要保持一級戰備啊？”伊吹瑪雅一臉疑惑的小聲問。
“誰知道呢？”青葉茂無所謂的聳了聳肩。“我更關心以後咱們怎麼辦？使徒都沒了，為了消滅使徒而存在的nerv也會隨之解散吧。”
日向誠輕松的笑了笑，半開玩笑的說：“我還想在操作員的位置上再幹個三十年呢。”
青葉茂：“哎，誠，你沒聽過那句話嗎？幹了一輩子革命工作，也該歇歇啦。”
日向誠古怪的看著青葉茂：“你這怪話都跟誰學的？”
青葉茂撇撇嘴：“曉唄，還能是誰。”
“喂，我說你們兩個，竟然還有閑心開玩笑，難道你們就一點都不在意嗎？”伊吹瑪雅皺著眉頭，看看日向誠，又看看青葉茂。“禁止所有人員進出總部，維持一級戰備狀態，明明使徒都已經沒有了，碇司令究竟在害怕什麼？”
伊吹瑪雅說完，日向誠和青葉茂一起沉默下來。青葉茂神色淡然的喝了一口咖啡，無奈的說：“在意又能怎麼樣？現在我們也只能待在這裡等著了，除此之外我們還能做什麼？”
日向誠低頭看著自己的杯子裡面的黑色咖啡，面色沉重：“但願明天是個好日子。”
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初號機艙室。
碇司令獨自一人站在橫橋上，仰頭注視著身前的初號機。
“唯，約定的日子就快要到了。”碇司令對初號機說。“抱歉，我們的計劃失敗了，但是沒有關系，在舊的火種破滅的同時，新的火種又出現了，那個少年，你已經見過他了，他擁有我們無法理解的強大力量，雖然還不清楚他的目的究竟是什麼，但是那些現在都已經不重要了，只要能夠再次見到你，即使向惡魔獻上心髒我也在所不惜……”
說到這裡，碇源堂沉默了一小下，最後說：“當一切結束之時，我會和那個少年一起來接你的。”
說完，碇源堂便轉身離開了。
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深夜，潔白的月光從窗戶照進屋子，如同一層寒冷的冰霜灑滿綾波麗冰冷的臉龐，她站在自己的小櫃子前，兩手捧起碇司令的眼鏡。然後，她的雙手忽然開始用力，眼鏡在巨大的力量下開始一點點扭曲變形，接著“啪”的一聲，鏡片上新增了一道裂紋。
“滴答……滴答……”
晶瑩的淚水滴在鏡片上和綾波麗自己的手上，每當麗手上的力道增加一分，她心裡的痛也便跟著增加一分，隨著手上的力道越來越大，就好像有一把無形的刀子，一刀一刀的割在麗的心上，淚水抑制不住的奪眶而出，模糊了麗的視野。
但是，麗沒有停手，越是痛苦，她手上的力道就越大，最後伴隨著一陣“咔嚓咔嚓”的破碎聲，眼鏡徹底被麗捏碎了，鏡框嚴重變形，碎掉的鏡片刺入麗白皙的手指，鮮血好似美麗的紅寶石，順著她的手指滴滴答答的落在冰冷的地面上。
最後的最後，淚水不見了，麗面無表情的看著手裡粉碎的眼鏡，毅然決然的說：“我不是你的玩偶。”