在理清楚所有人的關係之前，我先設定一個前提，碇源堂司令是個任人唯親的性格！
在漫畫動畫或者TV劇場版裡，我們看到的都是明確並且相對簡單的人物關係。
以碇源堂為核心，冬月幸增是他的助手和參謀，同時也是他大學時代的老師。
他的妻子碇唯是研究EVA的科學家，應該是當時的首席吧！
有個兒子碇真嗣後來成為EVA的駕駛員。
手下有葛城美里以及副手，加持良治是他的間諜，赤木律子是他的情人兼科學顧問。
綾波麗是他妻子的複製體，渚薰是他本人的複製體。
此外的另三名駕駛員是司令的兒子碇真嗣，真希波瑪麗和物流·明日香·蘭格麗。
好！人物分類清楚，我開始腦補。
首先，司令有2個孩子，分別是碇真嗣和物流·明日香·蘭格麗。
其次，司令還有個妹妹，真希波瑪麗。
加持良治和冬月幸增的關係是父子，而葛城美里也是因為是其女友才成為指揮官的。
腦補完畢，下面是理由。
不得不說，碇源堂又或者說六分儀源堂，是個極其聰明，高智商，並且執著的人。
在他得知有個全世界最秘密的科學工程EVA的的時候，他為了和碇唯結婚連姓都該了。
在他參與了之後發生的幾次事件都有他的影子。
第二次衝擊。是NERV或者說是SEELE做的，為的是用人類的基因讓亞當更貼近人類，同時在次基礎上有對亞當靈魂的研究，而司令但是正好不在場，應該就是先一步運送走了亞當的靈魂，關於封印靈魂的技術，看看NERV裡的那些黑紅色牆紙就行了。
在這次事件中，司令用的是他自己的基因，所以渚薰才會叫他爸爸。
2000年，葛城探險隊在南極發現的東西是巨大的人形生物，四個光之巨人。
其中一具軀體，被人類基因衝擊後成為了*失落之數*的*尼布甲尼撒之鑰*。
另三具成為了沒有靈魂的軀體，被製造成為初號機，6號機，8號機。
從這個事情中就可以看出，司令對整個人類補完計劃是*全身心*的投入的。
碇唯為什麼駕駛初號機？因為司令就只相信自己的老婆，可沒想到的事情是老婆沒了。
這裡要提到一點的就是NERV或者說是SEELE對靈魂的研究在進步。
而第二個實驗駕駛的人是物流·明日香·蘭格麗的媽媽。
如果說實驗有危險，那麼軍方有的是自願者，可為什麼是這兩個女人呢！
因為他們都是司令的女人，而物流·明日香·蘭格麗在之後被選擇為駕駛員，顯然也是因為身份是司令的女兒，當然這些事情在表面上是看不出來的。