小皇帝一個人坐在禦書房裡面，其實心裡十分的不舒服。別人都以為小皇帝不喜歡這對孩子，其實小皇帝已經開始漸漸接受公主。相比之下小皇帝不喜歡兒子，這個兒子貪吃貪睡一點也不可愛。這個公主女兒已經開始展開，開始露出可愛的笑容。小皇帝有時候一個人看望公主，聽著公主咿咿吖吖的聲音，小皇帝第一次有了當父親的感覺。小皇帝甚至於私下已經為公主選定好了封號。作為小皇帝的第一個女兒，雖然母親身份低下，但是小皇帝也不想虧待她。小皇帝想好了一個封號叫榮國，但是又擔心大臣和皇室的人反對，所以並沒有直接宣佈。沒想到公主等不到封號，小小年紀就走了，這讓小皇帝有了一種想殺人的沖動。比起這個女兒，什麼潞王世子潞王長子算什麼，潞王就想著自己的熊孩子，不想想小皇帝家的公主也沒了。小皇帝比任何人都想找到兇手，小皇帝一定要為女兒報仇。
在宮中發生了命案，一般來說應該交給慎刑司負責。小皇帝不太相信慎刑司，所以讓錦衣衛和東廠的人會同慎刑司的人一起辦案。禦醫因為第一個接觸病人，而且這些孩子極有可能是食物中毒，所以太醫院也參與辦案查案。小皇帝在禦書房坐等查案結果，也是對這些人的一種壓力。
不久之後新任東廠督公張鯨稟報小皇帝，所有的過世孩子初步鑒定為中毒。因為這些孩子身份特殊，所以沒有人敢對他們的屍體動手動腳。因為沒有找到剩下的點心，所以不能確定這些孩子是不是吃了點心才中毒的。他們已經盤問了坤寧宮的廚子和宮女太監，好像都沒有什麼線索。
小皇帝對於這種解釋十分不滿意，不知道孩子是怎麼死的，不知道孩子中了什麼毒，不知道孩子的毒哪裡來的，不知道誰下的毒，不知道下毒的人的目的，不知道下毒的人去了哪裡。什麼都不知道，什麼都不清楚，什麼都有可能，什麼都又不可能，這就是東廠、錦衣衛、慎刑司的本事。
就在小皇帝不知道怎麼對張鯨發火的時候，刑部的人要求面見小皇帝。原來內閣高大人主管著刑部，刑部的侍郎又是高大人的外甥。高夫人的親孫子出了事，高夫人為了給孫子報仇，私下給丈夫送信。高大人就這麼一個孫子，當然火大了。他一邊打聽宮裡的情況，一邊叫來懂行的自己的外甥。外甥不愧是刑部侍郎，有點辦案經驗，提供了一些看法和猜測。高大人一是為了盡快破案為孫子報仇，第二是為了幫小皇帝分憂，所以帶著外甥來面見小皇帝。
小皇帝本來不打算讓外人插手這件案子的，可是自己人辦案不得力，刑部的人已經做好準備，所以只好答應讓刑部的人協助辦案。刑部的人有自己的辦案方式，也讓錦衣衛和東廠的人看到了刑部的辦案專業性。刑部的人兵分幾路，一路人馬重新盤問所有的宮女太監。一路人馬檢視坤寧宮現場。一路人馬帶著有經驗的仵作檢視屍體。最後一路人馬趕往坤寧宮小廚房，蒐集所有的食物原料和廢料。錦衣衛和東廠的人也看出了刑部的人的仔細，不得不承認刑部的人在一些細節上真的比他們做得好。東廠的人善於審訊和逼供。錦衣衛的人掌握著最為完整的資料和資訊來源。刑部的人善於檢視現場和現場還原。三者合起來這才是大明最為完整的辦案查案手斷了。
因為缺少點心，所以刑部的人一時之間不能確定毒物的名稱和特點。本來可以透過實體解剖或者從屍體胃部得到毒物來解決。可是這些孩子身份特殊，無論是小皇帝還是潞王等人，都不會答應任何人動孩子的屍體的。至於現場點心殘渣，一個錦衣衛自作聰明地清理了。這些點心殘渣有的是王皇後宮裡的點心，有的是孩子們自己帶來的，更有的是王皇後以前剩下的。這樣一來不但大大加大了難度，而且也把調查範圍擴大了不少。張鯨知道後，第一時間把這個錦衣衛好好地教訓了一頓，估計這個錦衣衛小子以後能夠好好地從一數到十就算不錯了。
一個仵作為公主清理的時候，意外在公主手裡發現了一小塊點心。他發現公主死死地抓著，不容易取出來，就不敢自己做主。小皇帝得到彙報後，親自趕到現場，當著小皇帝的面，才讓慎刑司的人小心翼翼地取出點心。慎刑司的人也十分頭痛，要是小皇帝不看著的話，直接暴力取出就可以了。現在小皇帝看著，他們下手只要微微一重小皇帝就會不高興。他們花了好大心思終於把點心取出，禦醫和刑部的人馬上取走點心去化驗。慎刑司的人以為自己這下子會受到小皇帝的嘉獎了，沒想到小皇帝卻讓東廠的人把這個慎刑司的人殺了。理由是這個慎刑司的人下手重了，讓公主不舒服了，弄疼了公主。慎刑司真的想告訴小皇帝，公主已經死了不知道疼了，再說了他下手不重不會弄疼孩子的。可惜小皇帝聽不到了，慎刑司的人也沒有機會了，他成為了第一個因為這個案子死的人。
可能是因為點心時間長變質了，也有可能是因為當時驗毒的手法不夠精準，更有可能是專業不對口的緣故。點心是取出來了，而且第一時間送到了太醫院和刑部，但是依然沒有查出毒性和毒名。太醫院和刑部的人要求對屍體進行進一步的檢驗，其實是要求對屍體進行解剖分析。剛好這時候小皇帝和潞王夫妻一起在李太後那裡。當李太後和潞王夫妻聽說要解剖孩子屍體的時候，潞王妃當場昏死過去，潞王氣得要殺人，李太後也氣得渾身發抖。小皇帝心裡的苦一下子爆發了，下令把建議解剖屍體的刑部眾人和太醫院的禦醫全部抓起來。當大家都以為小皇帝只是為了平息李太後和潞王夫妻心情的時候，小皇帝直接下達了處斬決定。為了這個案子又有一批人送命了。這讓還在查案的人，每一個人都心裡十分不安。坤寧宮的宮女太監們更是人人自危，擔心壞脾氣的小皇帝什麼時候不高興了就把自己全部給殺了。
果不其然因為王皇後為幾個親近的宮女說情，小皇帝反而下令處斬了一批坤寧宮的宮女太監。王皇後的坤寧宮成為了大家誰也不敢靠近和議論的地方。就連平時宗偉王皇後說幾句好話的陳太後也不敢在小皇帝面前提及王皇後。潞王夫妻本來鬧得厲害，可是一見小皇帝不高興就殺人，潞王夫妻也不敢這時候得罪小皇帝。潞王妃知道小皇帝脾氣不好，主動勸說丈夫躲著小皇帝，不要在這個時候和小皇帝見面。
就這樣案子發生了五天，死了六個孩子，前前後後上百條人命受到牽連，案子依然破不了。本來信誓旦旦的東廠、錦衣衛、慎刑司和刑部的人，現在都不敢說話了。就算給小皇帝一個期限的勇氣也沒有了，高大人的外甥也被小皇帝免職了。這個案子就這麼停了下來，但是真的能不了了之嗎？不，潞王不答應，高大人也不會答應，皇室的人不會答應，朝廷也不會答應。小皇帝已經收到了來自各方面的資訊，朝中大臣聯名要求一查到底。皇室宗親要求小皇帝給予一個合理合法讓大家滿意的答複。李太後和潞王夫妻也需要一個解釋。甚至於錦衣衛密報，一些大臣已經暗中聯絡一些宗親，準備利用這個案子想小皇帝逼宮。
在這種情況下，李太後想到了秦泰。李太後本來不想讓秦泰插手的，秦泰每一次插手案件，都會給皇室帶來一定程度的信任危機。可是這種案子沒有秦泰這種高手，誰也不能破案。為了面子和尊嚴，可以犧牲秦泰，但是為了地位和兒子的皇位，她可以不要自己的面子和尊嚴。李太後向兒子小皇帝推薦秦泰，小皇帝幾乎是不假思索地否決了。可是李太後沒有放棄，因為這件案子處理不好的話，潞王也好宗親也好都會對小皇帝不滿，甚至於會推翻小皇帝。李太後不想看見小皇帝和潞王兄弟反目，所以她主動找到了陳太後，希望陳太後勸說小皇帝。陳太後為了自己的地位和未來，也覺得小皇帝當皇帝對她最有利，所以答應李太後做好小皇帝的說服工作。陳太後來到小皇帝那裡，關上門獨自勸說小皇帝，小皇帝終於被說服了。這才有了小皇帝願意啟用秦泰，讓秦泰做這個案子的主持人的事情。為了讓秦泰願意接手，為了讓秦泰全力以赴破案，李太後建議讓馮保去請秦泰。馮保不但是秦泰的好友更是秦泰的恩人，所以只有馮保才能請的動秦泰。為了讓馮保心甘情願說服秦泰，小皇帝下了血本才讓馮保動心。