雖然張居正已經可以控制錦衣衛，但是張居正不是錦衣衛名義上的長官，錦衣衛隸屬於皇帝，調動錦衣衛最好以小皇帝親自下令為好。所以張居正按照程式，寫下奏摺請小皇帝調動錦衣衛。其實就算太後和小皇帝想動用錦衣衛出京辦事，也需要得到張居正這個內閣首輔的同意才可以。張居正是一個最牛的內閣首輔，一個真正意義上的宰相。張居正不但是內閣首輔，更是小皇帝的老師，所以小皇帝是他帶大的。太後以前是張居正的盟友，現在又是張居正的支持者。太後除了在一些重大事件上提一提建議外，基本上所有事情都交給張居正和馮保負責。張居正是內閣首輔，馮保是司禮監掌印太監，一個對外一個對內，相互配合幾乎天衣無縫。馮保和張居正的私交不錯，張居正更是馮保的先生，所以馮保在一些事情上聽從張居正的安排。由於監管錦衣衛和東廠的司禮監掌印太監馮保都傾向於張居正這個內閣首輔，所以張居正這個內閣首輔的許可權更加大了。張居正索性安排自己的親信擔任錦衣衛指揮使，所以錦衣衛的一舉一動張居正瞭如指掌。原來錦衣衛只聽皇帝一個人的話，除了皇帝也只有司禮監掌印太監才可以管他們。所以他們管皇帝叫“老爺子”，管司禮監掌印太監叫“老祖宗”。現在多了一個張居正這個內閣首輔管著他們，他們管張居正叫“相爺”。由於小皇帝年紀還小，太後不太管事，馮保這個司禮監掌印太監對張居正馬首是瞻，所以錦衣衛成為了張居正的私人手下一樣。不過這個都不能公開，張居正更加不會真的無法無天到不透過小皇帝和司禮監，直接給錦衣衛下達命令的地步。要是這麼做的話，不用其他的內閣或者禦史檢舉，太後和小皇帝也會第一時間對付張居正了。
可是事情的發展速度遠遠比他們想象的要嚴重和麻煩，小皇帝和太後剛接到內閣奏摺來不及下令給錦衣衛，事情就又升級了。安|徽、江|西、雲|南和廣|西四省巡撫幾乎同時發來求援奏摺，兩湖等地地方官員也發來緊急通報說當地極有可能爆發重大事件。所謂的求援是指當地已經發生大規模械鬥，械鬥已經引起群體性傷亡，地方衙門已經控制不住事態了。雖然當地巡撫有權調動軍隊鎮壓勢態，但是調動軍隊也好，安置傷亡人員也好，都需要上報朝廷。一些膽小的巡撫不敢一個人承擔所有的責任，就把問題上報請求朝廷代為處理，大不了他全力配合好了。這種推卸責任的事情這幾年經常發生，因為這些地方官員過慣了安逸生活，沒有了果斷的辦事能力，也代表朝廷和內閣對于軍隊和地方管理管得太嚴的緣故。
外人可能不知道，朝廷和六部衙門的中高層官員們心裡很清楚，其實朝廷有一個強勢的內閣首輔也不是一件好事。自從張居正正式從原內閣首輔高拱手裡接任內閣首輔之後，張居正成為了一個非常強勢的內閣首輔。他不但全權掌控內閣和小皇帝的教育問題，而且要求六部衙門直接對他一個人負責，所有六部衙門要下達的指令都必須向他這個內閣首輔報備過才可以下發。地方大員也必須定時定期向他這個內閣首輔彙報地方大小事務，原來地方官員可以直接調動的軍隊和財務，也變成需要朝廷過問後才可以辦理。所謂的朝廷就是指內閣，內閣其實就是指內閣首輔的張居正，所以等於是張居正一個人管理著全國事務。
表明上看上去是張居正很忙，忙得連吃飯睡覺都沒空，其實是張居正一個人過分專權，獨霸國內大小事務。無論是六部衙門還是下面的地方官員，其實心理對於張居正的做法十分不滿意，但是他們都敢怒不敢言。張居正更是任用親信擔任各部門各地方的主要領導，讓他這個內閣首輔的命令在各部門各地方通行無阻。這些領導也已經習慣性把所有問題請示上領導老上級張居正，聽從張居正的指示辦事。這就導致衙門反應速度明顯滯後，有時候錯過了最佳時機。
發生大規模械鬥的四個省都是張居正門生擔任巡撫的地方，他們平時十分聽張居正的話。嚴格按照老師張居正的命令管理著地方，有任何大事的時候第一時間上報老師張居正。他們的做事風格十分接近張居正，但是缺少了張居正的幹練和果斷，照貓畫虎反類犬。由於他們的地盤管理比較鬆懈，所以成為了爆發的中心地帶。小規模的械鬥已經發生過好幾次，其他地方或許有所制止或者勸說過，就是他們四個省衙門幾乎一點作用也沒有。原因是地方縣衙上報知府衙門，知府衙門上報巡撫衙門，巡撫衙門的大老爺巡撫大人沒有下達指示性的命令，下面的人只好任由勢態嚴重下去。巡撫們寫信向老師張居正彙報，不知道是他們沒有意識到事情的嚴重性，還是送信的人不及時，等事情升級的時候他們的信還沒有送到京城。由於勢態沒有得到遏制，兩方的人越打越激勵，後來升級到幾個地方的人聯合行動，在幾個重要城市集中發生械鬥。以安|徽為例好了，老百姓們在銅陵這個地方集中爆發，短短十幾天時間雙方各自集中了上萬人。這時候衙門不可能不知道，就算不完全知道也會得到一點風聲的。只要這時候巡撫衙門和地方衙門聯手，可以控制局勢，至少不會引起大規模械鬥的。可是各級衙門幾乎一點行動也沒有，銅陵的衙門索性集體搬離，把地盤讓出來給雙方打架用。這麼做的結果當然顯而易見了，幾天後這個城裡面已經破敗不堪，幾乎每一條街道都有死人，家家戶戶受到不同程度的損傷。事後不完全統計，參與械鬥的雙方連同受到無辜牽連的當地居民死傷四千多人，毀壞房屋和建築數百，物件更是數不勝數。大家由於自己人傷亡過重不但沒有停止反而變得暴戾，開始破壞和傷害無辜人員建築物洩憤。一些本來中立或者不參與的居民也受到了傷害，逼著他們也參與械鬥。事情過後城裡的一些老百姓幾乎家家都有死人，戶戶都在舉辦喪事。
這些事情平時不會發生，但是卻集中爆發了，而且幾乎都在同一時間發生的。安|徽三天內發生了上萬人規模的大械鬥七起，事後不完全統計傷亡人數超過三萬，許多人因此喪失了勞動能力和生活自主能力。江|西五起、雲|南六起、廣|西三起，傷亡人數正在統計之中，估計不會少於萬人。其他省份人員也在集中，估計大規模的械鬥隨時會發生，死傷在所難免。全國各地一下子進入了十分混亂的局面，就連京城附近也不是很太平。
已經發生大規模械鬥的省份的巡撫這一次終於聰明瞭，用最快速度發出求援飛鴿傳書。其他各地衙門和錦衣衛秘密據點的人也用各種通訊方式向京城向上級彙報嚴重事態。張居正每天定時辦公定時睡覺，就算有再重要的事情也一樣。可是這一天所有的安排都打亂了，張居正剛剛批閱好檔案，和平時一樣睡下不久，就被人叫醒了。張居正雖然不喜歡被人破壞自己的生活習慣，但是為了防止意外也特別吩咐過例外事件處理辦法。例如深夜皇宮緊急召喚，或者地方發生重大事件比如地震、戰事等等的時候，他的親信下人可以叫醒張居正。
張居正雖然年紀不大，但是因為每天工作繁忙，已經開始有失眠的習慣。可是不能因為失眠而不睡覺，不睡覺會影響第二天的工作，會影響張居正以後幾天的情緒，所以張居正開始服用藥物幫助睡眠。張居正請來名醫針對自己的體質開出了藥方，每天睡覺前半個時辰服用藥物，這樣有助於他很好的睡眠質量。一些親信和家人都知道張居正的習慣，所以到了這個時間段後，大家都不會打攪張居正，除了發生意外事件不然不會麻煩張居正的。