就在丘二成功撬開犯事軍官秋經武嘴巴的時候，其他幾路訊息也傳了過來。秦泰夫妻根據線索，基本清楚了這件案子的來龍去脈。涉案官員有巡撫衙門師爺錢某、李某和張某，布政使衙門和按察使衙門雖然沒有參與，但是也有知情不報和姑息養奸的嫌疑。知府衙門裡面知府童某，同知齊某，師爺陸某和盧某直接參與。縣衙裡面的司庫張某和書辦齊某是經手人。軍營裡面的千戶所和百戶所都參與了倒賣軍糧的事情，幾乎所有的軍官都分到了一份好處。涉案的還有巡撫馬某的小兒子，省城糧行的餘某等不法商人。
本來私下倒賣軍糧只不過是軍營內部軍官們的私活，地方官員並不參與的。軍官們也不敢多幹，每一次倒賣一點點軍糧而已。可是這一次他們之所以會聯手幹一票大的，主要原因是因為巡撫小兒子馬公子。馬公子因為父親巡撫大人的關系，從小養成了紈絝脾氣。不愛讀書當官，只喜歡欺男霸女和搜刮老百姓的錢財。馬公子看上了的女人很少可以倖免，馬公子看中的東西更加是有去無回。馬公子得知這裡出了一塊奇石，就親自過來看看。沒想到這塊奇石不但好看而且估計價值連城。馬公子當然不會按照市價給錢了，他不但想要白得這塊奇石，而且看中了這戶人家的女兒。他利用父親巡撫大人的名頭，要師爺錢某去討要奇石和美女。對方當然不答應了，他們不但不給巡撫大人面子，而且把囂張的錢師爺送進了衙門。錢師爺滿以為縣令段新高會禮遇自己，沒想到段新高不但不客氣而且要依法處罰錢師爺。錢師爺大怒之下，在公堂上威脅段新高，段新高索性按照大明律法打了錢師爺三十大板。從此錢師爺和段新高之間就有了一定的恩怨，錢師爺想盡一切辦法要對付段新高。
馬公子得知段新高不給自己面子後，有點不高興但是還是忍住了。因為他父親曾經說過，這個段新高在地方上人緣很好，不能太明目張膽地對付段新高。馬公子親自來到地方，本來想敲打敲打這個不懂規矩的段新高的。沒想到因為在驛站吃了一頓飯，引出了更加不愉快的事情。馬公子雖然不是現任官員，但是他的父親是湖北省最大的官，所以他把各地的驛站當自己家一樣。不但白吃白喝而且從來不給錢，有時候還會批評驛站裡面的人。這個驛站的驛丞和知縣段新高一個脾氣，都是一些不開竅的家夥。他對於馬公子的行為不但不理解，而且要求馬公子支付飯錢。問巡撫大人的兒子要飯錢，這讓馬公子覺得自己收到了莫大的委屈。馬公子當場叫人打了驛丞，驛丞不甘心把馬公子等人告上了衙門。
同樣不開竅的段新高依法判案，不給馬公子一行人留下一點面子。在公堂上段新高依法判處馬公子支付飯錢並交納三倍的罰金給驛丞。同時把打人的馬家下人拉出來，重重地責打了一頓。馬公子已經很生氣了，沒想到段新高還要在公堂上以長輩的口吻訓斥馬公子。馬公子大怒之下說出了要段新高小心一點的代威脅口吻的話，被段新高按照擾亂公堂罪監禁三天。馬公子在縣衙監獄裡面被關了三天，過了一輩子難忘的三天。出來後在錢師爺的挑唆下，馬公子決定對付段新高。
錢師爺聯合巡撫衙門的李某和張某，想出了對付段新高的辦法。但是這需要知府衙門和軍營千戶所的配合。張師爺和軍營千戶所的一個軍官認識，主動擔下了聯系千戶所的工作。李某和知府衙門的同知齊某有聯系，所以願意做齊某的工作。千戶所正在為除去段新高頭疼，所以馬上答應了張師爺的聯合要求。齊某也早就想換了這個臭脾氣的下屬段新高了，所以也願意幫忙。
幾方面的人坐下來商量細節問題，沒想到知府童某主動找了進來。原來知府衙門的同知齊某的師爺盧某和知府童某的師爺陸某不但是同鄉而且是親戚。盧某把訊息告訴給了陸某，陸某又把這個訊息告訴了自己的東家知府童某。童某得知這件事情軍方和巡撫衙門已經插手，段新高一定是輸定了，索性參與進來分一份好處。有了知府的支援，大家的把握就越大了。師爺錢某和李某也說他們和布政使衙門和按察使衙門的人關系不錯，只要不太過分，對方衙門的人願意配合。
就在錢師爺的計劃下，一個針對段新高的陰謀漸漸開始形成。首先知府衙門的同知齊某以衙門的名義去外地調來一批幾乎快要黴變的陳米。這批糧食因為已經不能食用，再加上附近沒有災荒，所以價格相當便宜。價格不到正常米價的兩成，齊某還是覺得太貴，硬是還價到正常米價的一成半。然後他暗中把這批陳米運送到縣衙附近，利用遠親齊某在縣衙當書辦的關系，拉攏比較容易拉攏的司庫張某。
接下來就是千戶所的人出場了，他們按照慣例來縣衙提取戰備糧倉的陳米。本來應該縣衙的人一起押送去巡撫衙門的，可是因為前不久縣衙的人打了巡撫衙門的人，所以為了避免尷尬縣衙的人沒有跟去。按照往年的規矩，這個回執應該巡撫衙門的人送過來的，可是根據縣衙和巡撫衙門的關系，巡撫衙門送過來是不可能的。要段新高親自去討要回執，段新高覺得自己一定會被刁難，所以有點猶豫。軍官出來做好人，說運到糧食後，他把回執拿來給段新高。段新高千恩萬謝軍官，軍官這才押運走了糧食。沒想到這個軍官不但沒有拿回回執給段新高，而且把這批軍糧秘密賣給了糧行，並沒有上交巡撫衙門。巡撫衙門的錢師爺故意沒有上報，就是等將來給段新高一個沉重打擊。
軍官再一次來到縣衙，說自己忘了把回執放在哪裡了。等他找到後一定保管好，將來到了年底來的時候一併交給段新高。段新高過於相信軍官的為人，所以並沒有馬上要回執，這才有了後面一系列的問題。就在軍官故意引開段新高的時候，司庫張某聯合書辦齊某，把縣衙外的陳米和縣衙倉庫的新米對調後，再把倉庫裡面的陳米運進戰備糧倉。這樣一來戰備糧倉裡面的新米其實是已經不能食用的陳米了。一旦事情暴露的話，作為看管負責人的段新高就是一個死罪。
新米被秘密運出湖北後，高價賣給了外地的商人。這些人一來一去賣了兩批糧食不說，而且把段新高徹底裝了進去。按照軍方的意思，是不要暴露這件事情，等幾年後事情爆發了再說。可是馬公子和錢師爺為首的地方派不答應，他們等不了這麼久，他們要越快看見段新高死越好。這就有了後來的年底查賬，發現對不上數目，實地檢視糧食發現新米變成不能吃的陳米的事情。
段新高心裡很清楚發生了什麼事情，但是一來沒有證據，第二相關人員不是失蹤了就是辭職了。對方不可能給自己解釋和調查的機會，更加不可能讓自己活下去。為了不連累下屬，為了不牽連太多的人，段新高決定自己認下所有的罪名，親手了結自己的性命。但是段新高的死並沒有讓這些人清醒，他們變本加厲地對付段新高的家人和當地老百姓。這才有了現在如今的局面，一旦事情公開的話，老百姓就會發生民變，甚至於真的會造反。這也是其他明知道事情真相，卻不敢輕易公開的主要原因。段新高當初也是因為這個原因，才不敢說出真相的。一旦段新高說出真相的話，老百姓就會為段新高討公道，甚至於和官兵發生沖突，到時候段新高就是千古罪人了。為了朝廷的威望，為了局面的穩定，為了老百姓的安寧，段新高這才決定忍辱認下了罪名的。秦泰要是公開了案情真相的話，段新高的犧牲白費了。
秦泰考慮再三決定把這個難題交給朝廷來解決。反正秦泰沒有處理這件案子的權利，反正秦泰不想出名。就把這個難題交給高拱和張居正去頭疼吧。秦泰把案件的供詞和線索分為三份，其中秘密抓捕的司庫張某和書辦齊某，還有巡撫衙門李某的供詞，加上軍官秋經武的，全部一式三份。一份秘密送給馮保，一份秘密送給張居正，一份走正常途徑給內閣。馮保的信由錦衣衛飛鴿傳書送達，最慢三天後可以收到。給張居正的是用錦衣衛的快馬急送，估計五天後可以收到。這時候送往內閣的那一份剛剛出湖北，送到京城需要最少十天。這段時間張居正和馮保可以商量對策，是公開審理還是秘密處理，或者是直接銷毀所有的證據就當這件事情沒有發生過。秦泰的本意是公開審理，還段新高一個公道，還老百姓一個清楚明白。但是這是不大可能的事情，因為朝廷需要臉面，也需要太平。一旦這件事情公開的話，各地衙門就會亂，軍營也會亂。就算不牽連到其他地方，這一次也要拿下一大批的文武官員，這麼做會影響湖北的局面的。秦泰最不願意看到最後一種辦法。要是張居正和馮保決定不了了之的話，他們就會想辦法不讓最後一份資料到內閣。這樣的話就代表張居正不想處理這件事情，段新高就沒有了翻案的機會。秦泰最希望朝廷重視這件事情，派出一個大臣找一個理由去湖北。秘密地處理這件事情，把一些罪大惡極的人找理由處理了。一些涉案不深的官員警告一下，最後在小範圍內為段新高恢複名譽。