小智等人經過漫長的旅途，來到了一座看上去有些破舊的城市——黑雲市，城裡的風都帶有臭味，小智等人心情也有點難受，皮卡丘和伊布都不好受，神奇寶貝的嗅覺可比人類要還要好一些，不是夢幻的保護罩，牠們可能會被臭味燻暈。
“這裡工廠林立，可是看起來怎麼這麼冷清呢”，小霞看著四周都是幾乎都是緊閉著門
“這裡好像叫做黑雲市，聽說這裡以前到處都是工廠，所以很繁華，但也是因此，天空與大海受到了汙染，於是這裡也沒落了”，小剛稍微解釋了一下。
小智他們來到了神奇寶貝中心。
“請問有人在嗎？有沒有人在啊”，一路忍受著汙染的空氣走到神奇寶貝中心後，小智立刻問道，畢竟還是要恢復神奇寶貝的。
“啊~，真受不了”，這時一位打著哈欠的工作人員出來了，不過是沒精打采的樣子，“你不知道現在幾點鐘嗎？普通好孩子這個時候都已經睡覺了”，喬伊小姐也走了出來，一臉睏意的說道。
“對不起啊”，小智也知道現在挺晚的，所以不好意思的說道。
“請問現在還有房間嗎？”宗次問道。
“有，有很多，要辦理留宿嗎？”工作人員查都沒查，就說有房間，不過也正常，這種汙染這麼嚴重的城市，一般很少人來，更是很少人會在這留宿，自然會留出很多宿舍。
“是，麻煩你了！”小智他們拿出圖鑑給工作人員，工作人員隨便的操作了一下，就搞定了。
“喬伊小姐，我的神奇寶貝就拜託你了”，想要恢復神奇寶貝的體力，所以只好託付給喬伊小姐了。
“啊~啊~，好吧”，喬伊小姐繼續打著哈欠的說道，根本就沒有把照顧神奇寶貝當做重要的事情，就隨便的收下了。
“我說……我想要說的是，有人跟我說你是眾姐妹中最怪的一個”，這時誠子對喬伊小姐說道，而小智和小霞這時也發現小剛居然這次沒有犯花痴，難道是因為這個原因，看來小剛不是對所有的美女大姐姐都有興趣的。
“不對，他們才是奇怪的呢”，喬伊小姐聽了誠子的話後笑著說道，小智和小霞他們頓時無語。
“怎麼回事？”就在小智他們準備去房間休息時，突然間燈熄掉了。
“好像是停電了”，小剛則是說道。
而喬伊也一改之前無精打采的模樣，趕急到了屋裡，那裡面有一群神奇寶貝，小智他們跟著喬伊小姐到了裡屋後，喬伊小姐看著許多的神奇寶貝擔心的說道：“這些是治療中的神奇寶貝，電力如果在不快點恢復的話，它們就有危險了。”
“這裡的發電廠在什麼地方？”小智知道現在事情緊急，所以立刻問道。
“發電廠？”小霞和誠子聽了小智的問話，立刻重複的說道，有點稍微的不解。
“沒錯，停電一般都是出在發電廠的問題。”宗次說道。
“就是那個有大煙囪的工廠”，喬伊小姐透過窗戶指著一座又高大煙囪的工廠說道。
“好，我們走”，又從喬伊手中接過自己的神奇寶貝，小智說完就出發了，大家就向發電廠跑去。
“這裡是發電廠”，經過一路奔跑，小智等人終於到了發電廠。
“有人在嗎？有沒有人在裡面啊？如果沒人在的話，我們就要進去了”，開啟門後，看到黑漆漆空蕩蕩的屋子，小智就大聲的喊道，可是卻沒有人回應，便向裡繼續行走。
“我猜這裡應該是有員工在某個地方管理的吧”，小剛邊走邊說道。
“那個地方是中央控制室”，小霞則是在看完牆上的地圖後指著前方的房間說道。
“好像有東西跟著我們”，走在去往中央控制室的走廊上，小剛突然對小智和小霞他們說道。
“沒有東西啊，是不是你多心了”，誠子看了看四周什麼都沒發現
“皮卡！皮卡～丘～！”，皮卡丘好像發現了什麼，然後往某一處電去，緊接著，一道圓形影子從小智他們面前閃過，看來是真的有跟著他們的存在
“看來皮卡丘和小剛沒有感應錯，確實是有人存在，說不定就是他們導致的停電，我們追”，小智想當然的說道。
“等一下，你們有沒有聞到什麼臭味？”，小霞突然捂住了鼻子
“你這麼一說，還真有誒！”，小智和小剛他們也捂住了鼻子。
“不過這樣一來，我們就不知道導致停電的元兇了，不知道是之前那道影子，還是因為這個臭味，所以我們需要分開行動”，小剛分析道