匆匆之間，又是一年時間過去了。
這一年，發生了不少大事。
首先就是，師父黃飛鴻和十三姨定親了。
黃飛鴻喊十三姨父親幹舅公，他們之間沒有任何血緣關系，是上兩代上契的名分。
而且，黃飛鴻雖然比十三姨大十幾歲，小時候把她當妹妹看，但十三姨卻從很小就對處處保護自己的黃飛鴻很有好感。
十幾年前黃飛鴻成親的那天，不到十歲的十三姨哭得是肝腸寸斷——黃飛鴻成親了，以後自己就不能給他當妻子了，只能當小妾。
後來，十三姨之所以選擇出國，除了父親跟洋人做生意之外，躲避黃飛鴻也是一個重要原因。
在國外幾年，十三姨吸收了大量西方思想，有了很多朋友，追她的優秀男子也很多，但她一個都沒放在心上，離開家鄉數年，她不但沒有忘了黃飛鴻，反而更加思念他了。
所以，在聽說黃飛鴻妻子身體一直不好，不能生育之後，她就有了想回來的念頭，後來黃飛鴻的妻子去世，這種念頭就更強烈了。
張翁很看好黃飛鴻，卻不同意十三姨給黃飛鴻當妾室，可如今黃飛鴻妻子去世，於是張翁的心思又活絡了起來，找了個機會，將此事告訴十三姨，並把她接了回來。
上有幹舅公張翁全力支援，下有一幹徒弟天天師娘師娘地喊，並不斷給他們創造獨處機會，所以，沒多久，兩人就確定了關系，並擇日定親。
定親的那天，整個佛山都轟動了，有頭有臉的紛紛獻上賀禮，就連洋人都隨了次份子錢，黃飛鴻在佛山的名望，由此可見一斑。
黃飛鴻的感情進展順利，寶芝林的發展同樣迅猛。
黃飛鴻本人最擅長跌打損傷之類外傷疾病，牙擦蘇在國外學的是外科手術，而且是一位高材生，只是在學習了西方外科醫術之後，他覺得西醫有很多不足，而且這些不足恰恰是中醫能解決的。
牙擦蘇是一個醫學狂人，正因如此，他才堅決拒絕了導師和許多大型醫院的邀請，萬裡迢迢回到祖國，拜師黃飛鴻，苦學中醫，立志要成為一個將中西方醫學融為一爐的醫生。
經過那次領事館事件，黃飛鴻透過維根斯將軍結識了不少外國人，認識了不少醫生，並在和西方醫生討論之中，發現了中醫的缺陷以及西醫的優勢。
所以，在楊振的提議和牙擦蘇的極力贊同之下，黃飛鴻最終同意將寶芝林改造成一個中西醫結合的新式醫館，並聘請了不少郎中和西醫專家，使寶芝林成為有史以來第一所現代化中西醫結合醫院。
醫院成立之後，黃飛鴻的名頭變得更響亮了。
不久之後，一個由洋人組織的醫學研討會議向黃飛鴻發起了邀請，希望他作為佛山中醫代表參加會議，黃飛鴻同意了。
和電影中不同的是，這次出行之人多了個楊振。
十三姨喜歡到處拍照，喜歡看熱鬧，又一身洋裝，要不是有楊振和黃飛鴻壓著不讓他亂跑亂動，以她這種行為，不知會生出多少事來。
醫學討論會上，黃飛鴻透過梁寬向大家真人展示了膝跳反應是如何被控制住的，然後將這一年多來中西醫結合的一些理論丟擲，震驚了醫學界。
但是很可惜，醫學討論會被瘋狂的白蓮教打斷，他們圍攻洋人教堂還有西式學堂，所過之處，洋人一片人仰馬翻，熊熊大火將教堂和有洋人在的西式學堂幾乎燒成廢墟，無數洋人遭難。
不過，白蓮教的人也就是仗著有弓箭在手而已，一旦貼身，黃飛鴻和楊振便如虎入羊群一般，一拳一個兩拳倆，三拳橫掃一大把，將白蓮教教徒驚走。
在此過程中，楊振和黃飛鴻結識孫文，楊振趁機向孫文提出了自己的理念，並將資本論的一些思想丟擲，並透過一些史事事件，將西方國家的醜惡嘴臉徹底揭露，指出了滿清種種變法改革之所以不成功的原因。
孫文聞言頓時大感震驚，成為虔誠的大同社會主義者，並徹底斷絕了對西方國家的好感。
楊振並沒有摧毀白蓮教，他異想天開，在白蓮教九宮真人做法的時候，忽然從天而降，身披金光，自稱天上巨靈神，受無當老母之託，特來誅殺妖邪，拯救世界，還一指頭捅死了“犯上作亂”的九宮真人。
在殺死九宮真人的親信以及諸多不服從他的白蓮教高層之後，楊振命令他們以整化零，由明轉暗，從事地下活動，以“誅清妖，殺洋魔”為口號，以建立大同世界為指導思想，強令人人讀書識字，並指出，有白蓮教的地方，就不能有文盲，不能有任何不平等思想存在。
在這樣的思想理念和指導方針之下，白蓮教雖然轉入地下，卻獲得了前所未有的蓬勃發展，出現了不少慷慨赴義絕不低頭的義士。
他們成立了自己的兵工廠，到處搗毀洋人地盤，殺死那些作威作福的洋人，炸毀租界和領事館，暗殺漢奸，並在一年之內將整個川蜀改頭換面，從衙門到將官全部都成了白蓮教的人。
在楊振的率領下，白蓮教比洪秀全他們發展更快、更穩定，對滿清的打擊也更為巨大。
當時間從十九世紀跨入二十世紀的那一年，滿清正式滅亡，中華帝國成立。
但令國人萬分悲痛的是，在帝國成立前夕，偉大的“救世主”、“巨靈神”楊振為掩護百姓撤退，在滿清和洋人五千大軍的圍攻下不幸身亡，魂歸天界……