碇真嗣按照明日香記憶中的那樣，將自己身上的血肉一點點切割下來，初號機身上受到的傷。很快就能夠在at力場的彌補之下恢復，而這些被切割下來的血肉落在三號機的身上，立刻就彌補了三號機身上那些殘缺不全的缺口。
總部中沒人知道碇真嗣在做些什麼，但被一個普通的孩子威懾，還是讓他們感到了十分惱火，因此許多人都在嘗試想辦法去打破這份威懾。
初號機雖然活動時間已經沒有了限制，s2機關可以提供無線能源。但插入出內部的環境還是要進行維護的，lcl液體雖然只要不斷地通入空氣，就能將氧氣溶解進去，但長期使用的話也是會變得渾濁的，必須要離開駕駛艙進行更換才行，雖然lcl液體並不難以獲得，只要從血紅色的海水中過濾就可以得到，但碇真嗣只要稍微離開駕駛艙，就立刻會有人行動將其抓捕。
正因如此，即便總部按照他的要求提供了給他更換的lcl液體，也從沒有放棄對這個不可控因素的掌控。
碇真嗣自然也是知道這一點的，他只有一個人，而在只有一個人的情況下，自己在初號機的身上就只能不吃不喝，一直和對方耗著，但如果是兩個人甚至更多的話，那情況就截然不同了。
下來進行換班的時候，完全可以由另一個人負責防禦，替換他對人類政府一方的攻擊進行警戒。
這也是碇真嗣想要想辦法將三號機徹底修復的重要原因，只要三號機重新站起來，那他就可以有足夠的時間對自己的機體對自己的插入栓進行整備，他對於全人類的武力威懾也就能維持下去。
而在這種威懾之下，將所有的使徒殺死，然後將幕後的seele揪出來，徹底讓人類社會恢復和平，這就是他現在想要做的事情，也是他現在有能力做的事情。
當幕後黑手一個個被他找出來解決掉後，人類世界也就得以恢復到災難發生之前的正軌了。
初號機的血肉還在一點點的再生，而這些血肉落在三號機的身上也很快在幾乎變成了一副骨架的三號機身上生長。
原本只剩下了骨架的機體開始一點點的被肌肉豐滿起來，eva就是這樣一種非常奇特的生物機甲在血肉的填充之下，很快就恢復到了原本的形態。除了外部的約束裝甲沒有恢復之外，看起來已經和一個正常的eva沒什麼區別了。
在初號機的輔助下，兩位駕駛員回到了駕駛艙之中，並且重新被插入到了三號機的體內。然後在總部有些絕望的目光之中，原本已經損壞到幾乎無法修復的三號機竟然重新動了起來。
碇源堂即便是將手擋在臉前，也難以掩飾眼神中的變化。這一切已經徹底超出了控制，現在他只能寄希望於最強的力天使足夠強大了，如果力天使能夠打敗初號機起碼是徹底損壞兩臺機器中的一臺。那麼一切就還有回到正軌的希望。
隨著三號機在兩位駕駛員的操控之下重新動起來，初號機也將插入栓從背後彈了出來。
長時間的駕駛讓機體內部的液體已經變得相當渾濁，更換之後這才重新恢復了清澈，at力場是一種很方便的東西，不只是可以用來攻擊和防禦，甚至還可以用來檢測液體之中是否有毒素存在。
總部那邊的確耍了些小聰明，在其中一部分的液體之中，放置了緩慢生效的神經毒素，但這些全都被三號機扔了回去，而且來到總部的大金字塔面前。警告性的又在金字塔上開了一個天窗。
現在的局面變得非常古怪。總部現在必須要給反叛的機體提供維護的資源，而偏偏他們還被這些反叛的機體把刀架在脖子上。
……
又是那個漆黑一片的大廳，大廳之中一塊塊石碑懸浮在那裡，石碑之上是蘋果七隻眼睛，還有蛇的圖桉，那正是seele組織成員的標誌，其中還有類似大腦的結構，那意味著他們的高階成員的思維也儲存在石碑之中。至少是部分儲存在石碑之中。
此時他們正在進行一場意義重大的交流：“這次歷史的重啟已經徹底超出了我們的預計，量產機還沒有完功，即便是想要提前觸發衝擊，重啟世界也是做不到的。
我們應該考慮更終極的手段了。”
“那樣做只會引入更多的不可控因素，我們已經太久沒有聯絡過她了，一次次維持著輪迴，一次次推動著我們的劇本，你們是不是已經忘記了？這個世界的輪迴並非回到過去。而只是將我們所在的這顆星球逆轉到過去的狀態。
從最初一次輪迴到如今，已經過去了數萬年時間，而我們曾經熟悉的那一切，現在恐怕也變得無比陌生，我不認為這個時候與她進行聯絡，會得到我們期望之中的結果。”
“都是自己人，就沒必要打啞謎了，我就直說吧！是聯絡去死去死團還是聯絡主神。”石碑之中似乎有人不耐煩了，直接挑明瞭所有的問題。
主神是什麼毫無疑問是清晰的，藍諾曾經就在主神空間之中服役過，那是一群為了主神的任務，可以不顧一切的亡命徒。
而可怕的是，這群亡命徒是有力量的，在一次一次的瀕死之中，每個人的基因所解開程度都絕對不低，還能夠獲取到各個不同世界的不同力量。
而去死去死團，同樣也是主神系列世界之中的一個強大組織，雖然名字不太正經，但卻是主神系列世界之中，讓人聞風喪膽的恐怖組織。
“我們的確是去死去死團的一個分支，但你們要明白，我們所看護的不過是一個平行世界，而並非是真正的原初世界，這個世界的存續與毀滅，對原初世界的真正主體來說，只是一個實驗，是他們未來可能會嘗試的一種命運軌跡的提前演繹，我幾乎可以肯定，我們的求援不會得到幫助。”又一塊石碑開口了，他們在討論的問題實在是讓人頭大，常人根本搞不明白他們在說些什麼。
“我們的選擇，本來也是對照實驗的一部分，而唯獨不可以向實驗的主持者請求援助。”