傀儡系統帶來的那種強烈的衝動，碇真嗣現在能夠清晰的感覺到，那不只是單純的瘋狂，其中還有相當部分的早就設定好的程式在其中，那其中就包括了主動破壞三號機內部的插入栓。
即便是現在，他將兩個插入栓平穩的放在地上後，初號機依舊有著上前將插入栓破壞的衝動，而且越來越強烈。
只不過傀儡系統在碇真嗣面前已經不夠看了，在他強大的自我意志面前，傀儡系統再怎麼慫恿他，再怎麼嘗試接管初號機都無法做到。
就好像是被一隻手按住的小老鼠一樣，再怎麼掙扎也無法逃走分毫。
碇源堂透過監控螢幕看到這一幕，一雙手遮住了自己的半張臉，以掩飾自己的表情變化，眼前這一幕，徹底出乎了他的預料。
他本想要提前開啟人類補完，並且以自己為主導，人類補完和創造神明的衝擊或多或少還有一些區別，第三次衝擊一般情況下，存在兩種可能，一種是使徒和亞當結合，另一種是生命果實與智慧果實相互融合，加一個S2機關。
而人類補完計劃需要的則是初號機的駕駛員精神崩潰加上S2機關的輔助，如果按照原計劃進行的話，還需要朗基努斯之槍。
而現在計劃似乎出現了很大的問題，人類補完計劃這邊，初號機駕駛員的精神崩潰完全無法達成，碇真嗣不知道發生了什麼？在這一次輪迴之中變得不可思議的堅強，而且自身的各項素質也變得極其強大，甚至已經逐漸調查清楚了關於使徒的全部秘密。
現在雙方几乎是站在一個對等的位置上了，當碇源堂看到初號機轉過身，面向基地總部的大金字塔的時候，就認識到了這一點。
已初號機，現在還剩下的電量，足以將整個總部毀滅。特別是現在的初號機，在眼前超強的駕駛員的駕駛下，可以輕而易舉的將at力場外放，像使徒一樣釋放出毀滅性的範圍攻擊。
雖然還只剩下三分鐘時間，但毀掉基地綽綽有餘了，而碇真嗣所做的還不止如此。
輕輕的將兩個插入栓放在地上之後，他便操控著初號機，冰冷的看了一眼大金字塔，卻並沒有直接爆發出來，而是一步步走向了倒下的三號機，雙手覆蓋上at力場，隨後猛的插入了3號機的胸膛，在插入栓被取出後，就不需要擔心感官共享的問題了。
而這時候三號機面對初號機，根本就一點抵抗能力都沒有，但初號機卻並沒有趁著這個機會徹底毀掉使徒的核心，而是用自己的高震動粒子切割匕首，切開了使徒的胸膛，從裡面掏出了一顆紅色的球體，那正是S2核心。
碇真嗣這些天來已經透過自己的調查，瞭解了一部分死海文書的內容，更瞭解了S2機關可以給他提供無限能源。所以這一次果斷的沒有將使徒的核心破壞，而是將它完整的挖了出來。
耳邊響起碇司令的聲音：“你想幹什麼？戰鬥已經結束了，摧毀使徒的核心！”
然而碇真嗣卻搖了搖頭：“摧毀？你們不是本來就需要我吞噬掉這東西嗎？既然如此，現在又何必要阻止我？”
說話之間初號機就像是伊甸園之中啃食蘋果的人類先祖那般，將火紅色的S2機關吞進了自己的口中。
而隨著使徒的核心進入到初號機的體內，源自使徒的力量開始在初號機體內橫衝直撞。這本身就是一個擁有侵蝕性質的使徒。此時吃到體內就好像是將帶有汙染的菌群吃到了體內一般
正常情況下，初號機也會被使徒連帶著汙染。然而強大的at力場在初號機的體內爆發，毫無懸念的將使徒鎮壓抹殺，隨後徹底將S2機關融合成為了初號機真正的能量來源，而剛剛的倒計時也永遠停在了兩分五十八秒，擁有無限能源的初號機，已經再也不需要擔心沒電的問題了。
咔咔啦啦！碇真嗣毫不顧忌的釋放著自己的力量，初號機的肌肉在他的操控之下膨脹起來，隨著這個過程，覆蓋在初號機表面的約束裝甲開始碎裂，約束著初號機的力量的裝甲，此時已經失去作用，機體恢復到了原本真正該擁有的力量。
而在這種狀態之下，碇真嗣再次轉頭面對總部的大金字塔，隨後緩緩的朝著大金字塔的方向走去，速度不快，就像是之前面對三號機時候那樣，但看著螢幕之中越來越近，越來越大的初號機，總部之中的所有人都忍不住吞了口口水，這一幕的壓迫感實在是太強了，初號機帶給他們的壓力比起使徒還要更加巨大。
“停下！你在做什麼！”赤木律子的聲音在通訊頻道中響起。
“我在做什麼？你先問問司令在做什麼吧。”碇真嗣駕駛的初號機綻放出了極其危險的氣息，那是種無形的威壓，是生命層次上帶來的壓制，在這種壓制面前，身為人類的大多數人，在與初號機連線在一起的碇真嗣面前，都像是螞蟻一般脆弱，此時宛若是遇到了天敵一般，許多人連原本的工作都忘記了，僵硬在原地一動不動。
“你問問他，為什麼在我還有戰鬥能力的時候要啟動傀儡系統？問問他傀儡系統中，為什麼插入了一段額外程式碼，讓初號機狂暴化，為什麼這段額外程式碼裡，還有摧毀插入栓的內容。
這是一場謀殺，而我需要一個說法，要麼，將這場謀殺的幕後兇手交出來，繩之以法，要麼，取消全球所有的傀儡系統，將所有傀儡系統永久封存。”
初號機還在朝著總部的方向走去，一時間總部之中一片沉默，有人覺得這只是小孩子在胡鬧，但有人卻已經開始了認真的思考。
“我忘記了，赤木律子小姐一直都是和我父親保持著密切的聯絡的，所以發生在我身上的這些事情，赤木律子小姐其實早就是清楚的吧。
那麼現在我要討個說法了，不用嘗試拖延時間，關於北美基地的研究我已經看過了，擁有了S2機關之後，我的機體就可以像使徒一樣擁有無限能源，一直工作，只要我想，不要說是這裡。總部，全世界所有nerv總部，我都能去拜訪一遍，現在告訴我，你們要怎麼選擇。”
不同於原本歷史線上，碇真嗣在遭受到傀儡系統的背叛之後，像是鬧脾氣的小孩子一樣，瘋狂的破壞金字塔，這次的碇真嗣沒有對總部做出任何破壞，但帶給人的壓迫感卻比每一次都要更加恐怖。