隨著大明太子朱慈炯失蹤，南京文武官員被俘，鄭芝龍投降自殺。
這場“叛亂”終於被平定。
平叛大軍在泉州停留等待朝廷的旨意。
訊息很快送到京師。
崇禎命大軍在泉州停留兩個月，震懾地方豪強的同時強制推行貨幣改制。
天下皆戴罪之人，擇其不從者而罰之。
乖乖配合的，相安無事。
抵制政策的，人頭搬家，家產充公。
另外。
他命福建水師和關遼登津水師大修船隻，準備隨時出征東番，徹底剿滅吳三桂和盤踞在那裡的和蘭（荷蘭）人。
旨意送到泉州已是半個月之後。
在明代。
官員父母去世需辭官回鄉，為父母守孝二十七個月，又稱丁憂。
如果恰逢國家有大事發生，且皇帝需要他為國效命，則以國家為重放棄丁憂。
此為奪情。
（禮記·曾子問：君使則行，無敢辭闢。）
不過這個規矩是針對文官的，明朝武將遵守的是金革無闢制度。
換言之。
明代的武將不需要丁憂，防止有人以丁憂的名義怯戰，避戰。
所以理論上來講，鄭成功並不需要給鄭芝龍守孝。
但為了表示重視和尊重，崇禎給了鄭成功一百天的時間丁憂。
又過了一個多月。
隨著貨幣改制在福建和兩廣地區順利推行，平叛大軍主力開始陸續返鄉。
朱慈炯則繼續待在福建。
為接下來的剿滅吳三桂，收復東番做準備工作。
為了自己的安全，朱慈炯把李定國和他麾下三千精銳也留在了福建。
他根據鄭成功的建議，下令禁止沿海商船與和蘭（荷蘭）的紅夷通商。
東番物資缺乏。