還有和訓練家戰鬥了一整天，傷痕累累和精疲力盡的噴火龍……
它們的訓練家來自不同的職業，不同的階層，可是，它們都會疲勞。而可能他們的訓練家或者搭檔，有的同樣身心俱疲，無暇顧及它們。
有的可能是還不夠關心寶可夢的狀態的失職的訓練家。
總之，來到這家小店的寶可夢，都是因為生活的壓力，或者內心的寂寞，所以它們來到了這個小店。
這裡沒有大悲大喜，卻是地道人間煙火的氣息。
在這家深夜食堂，每個夜晚都有溫情故事上演：一臉兇相的噴火龍有著一顆柔軟的心，總也不紅的男歌星爆音怪很是苦惱，嘴巴毒辣的音符鸚鵡也有自己的煩惱，外表冷酷的飛天螳螂也有解不開的心結，立志要瘦的卡比獸為何越減越胖，可愛的巖狗狗喜歡上鴨大廚的故事……
這些溫情動人的寶可夢們的故事，都在這個大城市裡一個從深夜開始營業的大蔥鴨小吃店，每個故事都配著簡單美味的家常菜，時而溫馨時而憂愁，不僅散發料理的香氣，也洋溢著最質樸的寶可夢間的人情味。
最後，因為大蔥鴨的訓練家，為了追求自己的夢想，要去參加聯盟的比賽。
不喜歡戰鬥的大蔥鴨，為了不讓自己的訓練家失望，關閉了自己的小店，開始了每天痛苦戰鬥的生活。
然而，在它勞累的一天，傷痕累累的戰鬥了之後……訓練家卻沒有關心它的情況……而是還沉浸在勝利的喜悅之中。
深夜裡，大蔥鴨總有一種想哭的衝動，它卻找不到能夠容納它的壓力，分擔它的痛苦的，那一家溫情的小店……
含淚睡去的大蔥鴨，夢境中再次浮現了，那些熟悉的寶可夢們……噴火龍，它還在努力戰鬥嗎……爆音怪成為歌星了嗎……卡比獸減肥成功了嗎……
巖狗狗，找到自己的幸福了嗎……
隨著大蔥鴨的逐漸睡去……電影也終於落下了帷幕……
蓮情不自禁的鼓起了掌……真的嗎……原來寶可夢的背後，也要承擔這麼多的壓力的嗎……以後他是不是該對大蔥鴨好一點……
蓮下意識的看向了自己身邊的大蔥鴨，準備看看它的反應……
這廝居然已經睡著了……鼻涕泡都比它自己的腦袋大了……
蓮看了看它……決定明天把巖狗狗的活也交給它幹……這廝實在太欠了……
而南野，似乎非常忐忑，他不知道蓮的感受是什麼，他想知道，這部電影到底會不會受到觀眾們的喜愛。
其實，他完全多慮了。
溫情的場景，美味的料理，可愛的寶可夢……和之後迫於生活的大蔥鴨的無奈，參加自己不喜歡的戰鬥，最後含淚睡去的場景……
這種轉折，和這種半開放的結局……蓮覺得，即使無法成為神作，也能得到不少的票房。
南野導演這才稍微安心了下來，他現在真的需要鼓勵……和認可……
最後，在蓮的建議下，這部電影的劇名，由《一日三餐果然還是比不上夜宵啊！》改為了《深夜食堂》……