但是，最重大的變化發生在良渚文化時期。
自崧澤末期至良渚早期開始，在良渚一帶官井頭聚落的墓地中對玉器的使用已出現了分化。
良渚早期瑤山墓地出現了大型祭壇和高等級墓葬，隨葬大量玉石器成為重要的身份象徵，墓葬隨葬玉器最多的達700餘件(套，與廟前等普通墓地形成了巨大差別。
大略從良渚中期偏早開始，反山墓地更是一處相對獨立、可稱之為“王陵”的墓地，與周邊大量普通墓地截然不同。
更為重要的是，良渚一帶採用“草裹泥包”堆砌的高低壩水利系統，對於蓄洪調節水源已有整體的規劃，可形成面積達8.5平方千米的蓄水庫區。
而面積約30餘萬平方米、高約10米的莫角山大型人工堆築基址，以及稍後完成的總面積290餘萬平方米、城牆底部寬度多在40—60米左右的城牆，還有更外圍圍成800多萬平方米的的外廓城，城牆外的護城河與內城河與主河道之間開挖的支河道，形成城內的“井”字形河網，構成頗為完整的水路系統。
與此同時，整個太湖流域出現了多個規模較大、隨葬品豐富、以玉為葬的高等級墓地，如江陰高城墩、常州寺墩、上海福泉山等.
但與瑤山、反山墓地均無法比擬，從而成為次一等級的中心聚落。
中心聚落之外都存在一定數量的普通聚落，在良渚古城外圍的臨平玉架山出現了6個環壕小聚落集中分佈而組成的聚落群.
茅山遺址則可能是以從事稻耕為主的基層聚落，其他次中心聚落周圍也大致如此。
由此可知良渚一帶以莫角山為核心，以古城為重點，輔以水壩、河網系統而建立起來的中心聚落，經過了縝密規劃，最終成為整個良渚文化的中心，一個可能具有一定集權特徵的“金字塔形”的社會結構，已在良渚文化形成.
眾所周知，人類發展的演變，一般是先經過原始部落時代，然後再到聚落時代，最後才會漸漸進入城邦、方國時代。
再往後，才是封建國家時代。
而良渚文明，顯然就是突破了聚落時代，從聚落時代成熟的中心聚落，一步步往外擴張，並且形成了一個成熟的方國體系。
中心核心面積30平方米，是良渚國的宮殿區、祭祀區，稍後完成的面積近300平方米的城牆，包圍在中間的，則是良渚國的內城。
並且這座城牆的寬度甚至有4060米，這在五千年前，絕對是一座堪比天都的熊城！
而在內城之外，還有更外圍圍成800多萬平方米的的外廓城。
並且，良渚國的這座都城，還是一座像威尼斯水城一樣，建立在水中的城市。
憑藉著外城的護城河，內城河，以及主河道之間開挖的支河道，在城內形成了複雜的河網，串聯起了整個良渚古城的各個地區。
這說明良渚人的水運非常發達，有成熟的“河路網”體系！
這在五千年前的華夏大地，簡直就是一個天頂星文明！
而這，只是良渚國的都城。
在都城之外，良渚還統治了長江下游地區大量領土，甚至北上與山東的聚落進行戰爭，掠奪土地！
哪怕是戴著有色眼鏡的外國人，也不敢否認文明如此高度發達，城市如此成熟的良渚，不是一個古代方國，只是一個部落！