經過一番打聽和證實，發現太子等人均沒在亂軍之中後，南京六部官員經過一番激烈的討論，決定擁立一位朱家藩王為帝。
有了新的皇帝才能復興大明，收拾破碎山河，繼而揮師北上，平滅流寇，驅逐滿清，收復京師。
當然，該立誰當皇帝又是一個巨大的爭議，按照“皇明祖訓”的規定，立太子是按照：“有嫡立嫡，無嫡立長”的原則。
這個人選自然是從崇禎帝以上追尋，崇禎皇帝雖然公有七個孩子。
但太子朱慈烺在農軍軍進京的時候已經被俘，雖然被李自成封了王，可此時早已不知所蹤。
朱慈炯、朱慈照，朱慈煥也在甲申之變中下落不明。
此外還有懷隱王朱慈烜、悼懷王住慈燦，悼良王皆早殤。
熹宗皇帝又無後，而光宗除了熹宗、思宗外還有簡懷王朱由㰒、齊思王朱由楫，湘懷王朱由栩，惠昭王朱由橏，皆夭折。
於是作為神宗章子的光宗其一脈已無人繼大位，神宗次子朱常漵剛出生便已死。
第三子福恭王朱常洵雖已在農民軍攻洛陽時被殺，但庶長子朱由崧卻還在，此外神宗還有第五子瑞王朱常浩、第六子朱惠王常潤、第七子桂王朱常瀛，但眾王之中以朱常洵居長，於是按照繼位原則，福王為第一順位。
這位萬曆三十五年七月乙巳生於福王京邸的藩王，於萬曆四十二年隨福王朱常洵就藩於洛陽，此後又在萬曆四十八年七月甲辰封德昌王，後進封福王世子。
崇禎十四年正月，李自成陷洛陽，其父福王朱常洵縋城而出，藏匿於迎恩寺，後被搜出，於是被殺。
而朱由崧縋城後，卻得以逃脫，前往懷慶避難，崇禎十六年五月襲封福王。
崇禎帝手擇宮中玉帶，遣內使賜之。崇禎十七年正月，農民軍東征，懷慶聞警，於是繼承福王之位沒多久的朱由崧便是匆匆逃亡衛輝，投奔潞王朱常澇。
三月初四衛輝聞警，朱由崧隨潞王逃往淮安，與南逃的周王、崇王等一同寓居於湖嘴舟中。三月十一日周王朱恭枵薨於舟上，三月十八日福王上岸。住在杜光紹園中。三月二十九日，京師淪陷訊息傳至淮安。
南京諸臣皆認為國家不可一日無君，議立新帝，朱由崧顯然是最合適的選擇。
可是這個時候，大明朝中黨派爭端再次顯示出了驚人的實力，錢謙益等東林黨人由於之前的“國本之爭”而心存芥蒂，唯恐朱由崧即位後追究昔日東林黨人攻訐鄭貴妃(朱由崧祖母之事，故而以立賢為名，擁立穆宗朱載垕第四子朱翊鏐之子潞王朱常淓。
朱翊鏐與神宗同母，都是生母孝定太后李氏。隆慶四年，僅兩歲的朱翊鏐受封潞王。
此後，其居京師20年，受盡恩寵。史載，神宗皇帝對自己的這個弟弟頗為寵信，曾賜其田地萬頃。萬曆十七年，已經22歲的朱翊鏐就藩衛輝府。在藩二十六年。
萬曆四十二年孝定太后薨，喪報傳到衛輝，朱翊鏐悲痛不已，不久亦死，年47，諡號“簡”。
其死後，崇禎十七年二月二日，闖軍劉芳亮攻佔懷慶府，隨即衛輝，潞王府危在旦夕時，二月十九日。
朱常澇與福王朱由崧一同逃往淮安。此外，南京兵部尚書史可法則主張既要立賢也要立親，於是擁立神宗七子桂王朱常瀛。
這位王爺最初封衡州，於天啟七年九月二十六就藩。崇禎