不過威海水師還是沖得比較快，趕在泉州城內一片混亂的時候抵達了泉州港口，快速將港口封鎖，不準任何一艘船離開。
陸戰隊火速上岸沖向泉州城，三下五除二拿下了泉州城，封閉全城，開始行動。
他們首先宣佈了泉州已經被南宋割讓給明國的訊息，對所有人宣佈泉州已經歸屬明國，不準任何人擅自離開，然後還頒布了約法三章，用以臨時管控泉州的秩序。
違背秩序者從嚴從重處理，絕不寬恕。
然後陸戰隊就要求泉州官員合作，帶著他們搜捕南宋宗室，並且表示只抓宗室，不抓其他人，只要其他人老老實實配合，明軍保證他們的安全，並且在之後將他們送走，不會為難他們。
南宋官僚們大體上還是配合的，他們知道明軍的厲害，不敢公開和明軍作對，便老老實實的配合明軍的要求，提供他們需要的一切資料和幫助，還有人主動帶路，給他們減少了不少麻煩。
之後，周滿城親自進駐泉州城居中指揮這場行動，誓要讓南宋宗室子弟們無路可逃。
但是不得不說，還是有些膽子大的人敢於無視明軍號令的。
比如一支外商船隊，據說是來自黑衣大食國，七艘船的船隊無視明軍禁令強行起航，準備沖出港口，不知道想要做什麼。
周滿城聞言大怒。
這是擺明瞭不把他的禁令放在眼裡，純純的找死。
於是他立刻下令圍攻這七艘船，將其全部俘獲，敢於抵抗者一律斬殺。
明軍戰船於是先用火炮轟擊這支船隊，將這支船隊的氣勢打掉，擊沉了兩艘沖在最前面的護衛艦，然後接近展開跳幫作戰。
明軍水兵殺上船隻與船上的持械船員戰鬥，很快將這些看起來剽悍但戰鬥力遠不如正規軍的船員擊殺了一部分，每一隻船都被明軍佔領了。
剩下的船員崩潰了，紛紛扔掉武器投降，不敢再抵抗。
明軍搜查這七條商船，除了貨物和錢財之外，果然發現了三十多個衣著考究的男男女女，一查之下就確定這些是準備逃跑的南宋宗室成員，這支商船隊的船主是收了錢，所以協助他們逃跑。
除去被殺死的人之外，被活著抓到的船隊負責人和船員約有二百多人，其中有黑衣大食人，也有被船隊僱傭的泉州本地人。
因為違反禁令，所以周滿城決定下狠手，將被俘獲的人在港口斬殺一半，剩下的一半押送到泉州城內斬殺，以此震懾宵小之輩。
這一殺之後，港口和泉州城都安分了，那些不熟悉明國的人都對明國有了一個最初的印象——強悍善戰，會使用噴火的大殺器，會殺人。
這就足夠了。
接下來周滿城頒布命令，任何試圖協助南宋宗室離開的人，只要交出宗室，就可以免於懲罰，就當事情沒有發生過。
若是被搜查出來，立刻處死，絕不寬恕！
在隨後的數日之內，試圖逃跑的南宋宗室成員們紛紛被恐懼的本地、外國商隊交了出來。
當然也有頭鐵的不交出來，結果被人供了出來。
周滿城說到做到，五個試圖藏匿宗室成員的商隊被全部拿下，一併斬首。
如此行動之下，居住在泉州城內的南宋宗室共計八百一十七人被全部拿下，明軍根據當地宗室管理部門的花名冊挨個找人，最終將他們全部找齊了，一個也沒有落下。
同樣的事情也發生在廣州，廣州當地有兩支商船隊試圖強行突破港口，被明軍水師擊敗，之後被分批押到廣州城和港口處全部處死。
雷霆手段之後，知道明軍厲害的當地人和外國商人都不敢再對抗明軍，紛紛認命，藏匿的南宋宗室被搜查了出來，最後一共查出來三百一十六名南宋宗室。
此時已經是洪武五年的十月下旬了。