城內宋軍於是徹底陷入了混戰。
自己殺自己，明軍也在殺他們，他們徹底不能分清楚到底誰是敵人、誰是朋友了。
於是為了活命，他們也只能互相殘殺，管他是誰，看到了就殺，看到了就沖過去扭打、撕咬、戳眼睛、插鼻孔、卡脖子……
城內一片混亂，宋軍的秩序徹底崩潰，悽慘的情況幾乎等同於炸營。
如此混亂的情況之下，城外的明軍終於殺穿了長達十數米的樊城正門城門洞，穿過了甕城，殺入了城內，在城內四處擊殺宋軍，然後極具組織性的殺入城中，搶占城中重要軍事、民事據點。
城門洞徹底失陷的同時，城牆上的宋軍也繃不住了，因為明軍已經推著井闌、臨沖車等大型攻城器械接近了宋軍城牆。
這是明軍圍城那麼久以來第一次攻擊宋軍城牆，面對如此局面，城牆上的宋軍幾乎沒有反應過來就被明軍沖上了城牆開始廝殺。
周本元就在城牆上。
他眼睜睜的看著紅著眼睛的明軍士兵兇悍的透過攻城器械上的雲梯沖到城牆上，直接一跳就撲倒一個個宋軍士兵，然後將他們殺死。
城頭宋軍轉瞬之間被擊殺大半，周本元在少數衛兵的保護下且戰且退試圖逃跑，奈何他身上穿著的鎧甲讓明軍士兵判斷出他身份不同，於是緊追不捨，一路追擊一路殺，周本元終究沒有下得了城牆。
他在城牆角落裡被明軍團團包圍，猶自戰鬥不止，當最後一個衛兵也被明軍殺死之後，他看著一片狼藉的城牆，看著面前一雙雙滿是仇恨的眼睛，無比的絕望。
於是他放棄了抵抗，但是也沒有投降，而是橫刀自刎。
周本元死後，樊城不能繼續抵抗，城內一萬多名守軍士兵被明軍殺死了不少，剩下的狼狽叛逃抱頭鼠竄。
而在這個情況下，城中壯丁們坐不住了，他們自發的拿起武器開始追殺穿著宋軍軍裝的宋兵，發現了就紅著眼睛撲上去追殺。
經常明軍士兵追擊宋軍潰兵的時候，追著追著就發現一群衣衫不整面黃肌瘦的老百姓拿著武器沖過來，把狼狽逃跑的宋軍士兵打翻在地上，然後砍成肉泥。
或許是因為太過於憎恨這些宋軍士兵，連一些女子都衣衫不整的拿著鋼刀沖出來砍殺宋軍士兵，乃至於剛才那些穿著宋軍軍服殺進來的明軍士兵都遭到了百姓的攻擊。
他們連忙大喊著他們不是宋兵，然後把自己胳膊上幫著的黑色布帶展示給他們看，有些百姓停手了有些則殺紅了眼不停手，揮著刀就要砍殺這些明軍士兵。
明軍軍規嚴格規定，堅決不能對百姓刀劍相向，他們無奈，只能轉身逃跑，找到身穿明軍軍裝的戰友求助。
這樣的情況在整個樊城城內的每一個角落都出現了，被拉入城中充當壯丁和炮灰的青壯男子們有仇報仇有怨報怨，拿著砍刀就劈砍那些抱頭鼠竄的宋兵。
巷戰階段被城內壯丁們殺死的宋兵數量還真不少。
直到整座樊城都被明軍攻取，明軍終於騰出手來控制躁動不安的城內壯丁，將他們繳械，統一看管。
宋軍俘虜們終於暫時安全了。
洪武五年五月二十八日，樊城被明軍攻取。