數百艘明軍戰船，點火，而後向擋住水寨出口的清軍大船撞去，終於使得清軍對水寨的包圍松動。
清軍戰船怕被火船撞上，紛紛向兩邊退去，為水閘內的明軍戰船讓開了一條生路。
王威見此，連忙摔領戰船緊隨火船之後，升帆沖出水寨，左懋第亦是掛起令旗，讓所有戰船，乘機突圍。
明軍大小戰船，擁出水寨，清軍大船在避開火船後，再次轉向追殺過來。
這時左懋第還能指揮的戰船，已經不足六百艘，根本不是清軍水師的對手，為了保住這最後一批戰船，他隨掛旗，令船隊順流東逃，直奔長江口而去。
明軍船隊東逃，清軍戰船自然揚帆追擊，但明軍船小而快，很快就同清兵拉開了距離，只是原本沖在最前的火船，這時卻慢了下來。
火船上的明軍，一部分跳水被救起，另一部分則被追趕而至的清軍射殺，或是俘獲。
左懋第領著殘存的明軍水師，順流狂奔，直到吳淞口，才甩掉清軍水師。
這時天已經將黑，左懋第怕清軍連夜殺至，不敢讓船隊進入吳淞江，而是夜泊於崇明島，隨時準備再次奔逃。
十萬水師，三千多條大小戰船，在經歷兩場失敗後，左懋第身邊已經不足一萬人，戰船也只剩區區五百艘，是真正的十不存一。
半晚時分，追殺明軍的清兵戰船返回鎮江，將俘虜了明軍壓下戰船，等候多鐸發落。
這些被俘獲的明軍多是火船沉沒後，被清軍從江水中抓獲之人，其中不乏軍官和士人。
滿清以小族臨大族，要統治華夏，只靠真滿洲可不行，還需要漢人的輔佐，才能定鼎天下。
如今多鐸的二十萬大軍已經渡過長江，控制江南指日可待，他急需尋找一批漢族士人，來為清庭穩定江南。
多鐸已隨大軍渡過長江，隨來到岸邊，準備招降這批俘虜，但他走到俘虜之前，眾俘虜卻不願跪拜。
“爾等既然已被本王擒獲，為何見本王不拜！”多鐸有些惱怒的責問道。
一場大勝下來，多鐸久圍揚州不破的鬱悶，已經一掃而空，心中順時又起一份驕狂。
他想要招降諸人，就該作出禮賢下士，愛才如命的姿態，但這時他心中已有驕氣，便容不得俘虜們不跪，所以怒上心頭，招降變成了責問。
王毓蓍的坐船被焚後，不幸被清兵抓獲，成了百名俘虜中的一員，他聽多鐸之言，不禁開口諷刺道：“蕞爾小邦，化外夷王，豈可受天朝士人之拜！”
“汝何人？”多鐸問聲不禁大怒，一手指著王毓蓍道：“不懼死呼？”
“清狗！今日好叫爾知曉，吾大漢義士之烈！會稽王毓蓍去也！”王毓蓍傲然答道，而後不待多鐸反應，便轉身投入江中，沒於滾滾江水之中。
有後人對此贊曰：“鎮江明清大交兵，多鐸引軍圍水營。義士陷於險死地，烈火焚船爭生機。至死猶然罵虜狗，毓蓍不愧漢諸生。”
多鐸見王毓蓍投水自殺，不禁目瞪口呆。
剩下的俘虜中，有馬阮一黨的右僉都禦史揚文驄見此，隨緊隨其後，高呼一聲“幸不辱祖宗之名！”，便投入江中。
俘虜百餘人，當場死節者二十餘眾，甚下的亦不願意降清，被多鐸令人殺害，屍體拋入長江之中。