在討伐令發出後半個月裡，春日山城下聚集起兩萬大軍，這個動員速度遠遠超過東國所有大名，這兩萬大軍被分作兩批次，其中五千人將由齋藤朝信作為大將趕赴越中，在那裡將與山本時幸、沼田祐光、柿崎景家等人所率領的一萬五千軍勢匯聚在一起，執行吉良義時的討伐戰略。
另外一路則以長尾景虎為總大將，率領一萬五千人並攜帶吉良軍團的主力趕赴出羽援救飽海郡內有力國人大寶寺氏，另外信濃方面的設樂貞通、宮部繼潤以及真田幸隆所部負責掃蕩信濃國中一向一揆殘黨，併發布懸賞令，但有檢舉一向一揆餘孽者一經核實確認便可領取五十文到十貫不等的賞錢。
在貪圖利益的鄉民配合下，很快就捉拿到千餘名一向一揆殘黨，雖然到最後都沒能再捉到武田竜芳，不過還是順藤摸瓜著捉到幾處一向一揆的秘密聚集點，挖出其中藏匿的金銀財寶價值數萬貫，糧草六千石軍械千餘套涉案資源大的驚人，由此可見這支力量早就被武田信玄深深的根植在信濃許久。
至於被捉拿的一向一揆殘黨，被押解到春日山城經過層層審訊確定身份與涉案的層次，主犯全數吊死以儆效尤，從者根據犯下的罪過等級流放至越後各個礦山中挖礦，等待他們的將是永生永世的礦工生活，這是吉良義時學會的新方法，只殺首惡餘者不如流配更合適。
信濃如此大規模的清剿境內一向宗很快波及到上野國，很快上野國人也在吉良義時的特許下對國中為數不多的一向宗寺院開刀，抓捕一向宗僧侶流全數流放佐渡島。霸佔一向宗寺產並按比例將奪來的戰利品繳納一半予吉良義時。幾乎頃刻之間就將上野國中無辜的一向宗寺院打入完結不復的深淵。
同時吉良奉行眾開始發力。三井虎高調任上野奉行主持上野國中檢地，撤併村莊拆毀城砦的相關工作，對於上野國人的不滿和抱怨，三井虎高解釋道：“給你們新的村莊，更安全的居館還不夠好嗎？這名山大川上建滿土樓山砦與國何益，若有朝一日天下太平你們還繼續住在山裡嗎？”
還有人擔心城砦被拆萬一遭遇武藏方向的北條軍，或者下野方向的進攻就不知該如何抵擋，對於這類有深度的質疑。三井虎高則和顏悅色的告訴他們不用擔心，只要主上出馬便會戰無不勝攻無不克，主上認為據險而守不過插標賣首之輩，只要有人敢打入越後就必須做好遭受猛烈反擊的準備。
三井虎高上任第一件事就是推行樂市令全面廢止座商特權，並從寺社奉行虎哉宗乙那裡取得一張天價罰單，罰沒所有與一向宗關聯的座商不法財產，從根本上切斷一向宗在上野國的一切活動力，信濃的伊奈忠家以同樣的手段洗劫所有一向宗的產業，一時間整個信濃只有伊那郡、諏訪郡中有幾座一向宗寺院苟延殘喘，其餘寺院及僧眾全部被剝奪。
藉此機會。寺社奉行虎哉宗乙開始推行僧籍管理制度，將人心惶惶的信濃、上野兩國寺社眾納入吉良家的寺社體系內。用軟刀子一點點把寺社眾手中的富餘田產割離出來，再配合禁止土葬制度以及興建公共墓園的等手段，一手胡蘿蔔一手大棒硬生生拆掉寺社眾那僅有不多的抵抗力。
這一點不得不說善光寺的慄田寬安非常聰明，自家只保留川中島善光寺本拠一處寺產及少量田地，剩餘的寺產全部捐贈出去，他已經決心做一個合格的僧侶而非武士，武士還要見人磕頭行禮冒著殺頭的危險掙軍功，遠不如他守著鐵飯碗過日子來的輕鬆自在。
吉良義時對這種識時務者的俊傑非常看重，很快釋出新的諭令，凡是願意主動配合詔令的寺社將給予一定的免稅免貢額度，免除額度在總體稅賦年貢的三分之一到一半不等，並言明僧人永不加役，保證僧人超凡的地位不被壓迫，並允許富裕的寺院用錢僱傭附近的町民或者居住在町內的農民為寺院務農，部分完全放棄耕作權的寺院自然不會收取一丁點稅賦。
只要你不耕田不佔田不接受掛靠的田地就一文稅都不收，只要你想保留田產和耕作權，那麼有多少土地就收多少年貢與稅收，如果是僱工耕作很可能去掉年貢稅賦以及僱傭的費用之後幾乎不剩多少收益，遇到災年可能還要虧上一筆。
長此以往寺社眾會自然而然的放棄擁有田產的奢望，有那個功夫還不如鑽研怎麼開法會賺香油錢，禁止寺院與座商勾結保證吉良家的屋號在信濃、上野國的利益不受損害，並吸收破產小商人的加入逐漸擴大自己的影響力。
同時透過僧籍控制僧人的數量及增長量，允許各寺擁有一定的寺族，就是寺院住持或者院主所生育的後代，同時規定必須招募一定量新僧侶充實寺院的新鮮血液，這多種手段的壓制和鉗制把寺社眾的力量壓制到領主可控範圍之內。
還是多虧越後、信濃、上野諸國寺社眾影響力有限，若是放在畿內或者西國等寺社力量強大的地區，說不定這就要鬧出天翻地覆的大事情，吉良義時正是要用這種手段，潛移默化的削弱這個主導中世日本發展的宗教集團，不能讓他們肆無忌憚的發揮自己的影響力，這個天下終歸是武家的天下。
七月二十七日，齋藤朝信率領五千精銳趕赴越中魚津城，這五千軍勢裡有兩千精銳的“黑龍騎兵”，只不過這支鐵騎的旗印從熟悉的九曜巴旗換成足利家的足利二引兩旗，自從上杉政虎改名宣佈臣從上総足利家以來，他就不能算作上杉家的家臣了。
一路疾行花費諾大的功夫才從親不知子不知走過來非常不容易，更不用說五千人馬不停一刻的趕過來難度有多大。哪怕是鐵打的漢子也被累的可是不輕。要知道那親不知子不知的天險可不是鬧著玩的。一不留神被惡浪捲走就是想救都沒法救，齋藤朝信帶著五千兵馬日夜兼程且不折一人的闖過來，就這份兵士素質便足以碾壓絕大部分大名的主力精銳。
此時夕陽西下天色漸晚，上野家成拿著空蕩蕩的水囊晦氣的罵了句，策馬走上前說道：“大將！兒郎們都累的不輕，是否可以停下來歇息一會兒再行進啊！”
瞥見身側的武士們一個個期待的樣子，齋藤朝信搖頭否決道：“不可休息繼續前進！速度都繼續加快，還有一段路就要趕過去了！主上說行百里者半九十。前面走的再快到最後拖後腿就是不合格，我等這次行軍的目的是檢驗軍團的戰力，如果連這點苦都吃不消，以後還怎麼跟隨主上征戰四方？”
“是！”武士們尚且不接下氣的應合著，道理誰都懂可根本沒有幾個人能做到，吉良家的精銳之所以稱之為精銳，不單是因為他們是脫產士卒也不單是因為他們的糧餉好訓練好裝備好，更在於從主將到普通足輕有一股強大的韌勁，這股韌勁在昔日的越後長尾家，甲斐武田家亦或是是相模北條家的精銳上也可以找到。
吉良義時曾對齋藤朝信講起中原王朝許多名將的事蹟。但凡一支百戰雄獅的打造都需要塑造軍魂，就如同人以仁義禮智信忠孝悌節恕勇讓作為道德模板行為規範大力倡導一樣。個人優秀的行為品質發揮到極致可以當作畢生的信念去信仰，一支強軍的建立同樣是這個道理。
忠誠勇敢遵紀守法，百折不撓堅韌不拔，尊奉武家大義，有著絕對的執行力以及極高的犧牲精神，這就是吉良義時心目中的精銳之師，這番坦誠的言辭深深的震撼齋藤朝信，對於一個戰國時代的傳統武家來說，講出這等微言大義是何等的震撼人心，簡直如洪鐘大呂振聾發聵。
原來他縱橫戰場十數載竟是白白浪費的，他的心裡根本沒想過這等複雜而又深邃的理念，在他的眼裡武器好將士勇猛全軍協力用心便是一支強軍，往日裡與國人軍爭鬥也是拼的誰更勇猛把對方給震住，士氣上佔得先機就可以順勢擊敗敵人，這次獲得吉良義時高瞻遠矚的分析之後，很快明確自己的奮鬥目標整個人也充滿幹勁。