會議開完後，馬鋮帶上自己的五千神機營，離開正陽門去自己的指揮部。
這個指揮部的挑選可耗費了馬鋮不少精力，這個地點要四通八達地處交通要道，還要距離和正陽門、聚寶門主戰場不遠不近。馬鋮在輦圖上選了半天，終於挑選了應天府衙當這個指揮部。
應天府衙在後世南京府西街和中華路的交匯處，這裡正好地處中城，和聚寶門、三山門、通濟門、正陽門都有主幹道聯通，同時這裡距離聚寶門五里路，距離正陽門六里路，完全可以保證出現問題時增援部隊可以在半個時辰內趕到。
同時應天府對面就是承恩寺，這個由明宣宗時期的大太監王瑾建成的寺廟，佔地數百畝，裡面空地很多正好可以當成駐軍之所。
馬鋮帶著軍隊來到應天府門前，守門的衙役看到這麼多軍隊來了，嚇的趕緊進去稟報知府吳家周知曉。吳家周是天啟五年三甲進士，黨附東林才當上應天府知府，現在東林黨倒臺了正在六神無主，聽馬士英的兒子馬鋮來了，趕緊出來親自迎接。
要知道應天是首都，應天府知府是從三品，和侍郎、布政使等高官同級，現在出來迎接馬鋮這麼一個武將，吳家周真是丟了士大夫的臉。
“馬大人，下官吳家周，恭迎馬大人大駕光臨！”吳家周滿臉媚笑，深施一躬後看著馬鋮。
馬鋮騎在高頭大馬上撇著嘴點了點頭：“吳知府，本督奉皇帝陛下的聖旨負責抵禦北虜，你的應天府地理位置重要，所以本督決定在這建立本督的衙門，你可同意？”
吳家周聽馬鋮這麼說心中大罵：你不是自己有衙門嗎？跑城裡強佔我的衙門幹什麼？
不過現在東林黨已經樹倒猢猻散，吳家周可不敢得罪馬士英的兒子，沒辦法只好苦笑道：“馬大人既然有旨意，下官自然全力配合！”
馬鋮聽吳家周這麼說笑道：“好，不過你這裡地方不夠大，煩勞知府大人派出衙役溝通承恩寺，讓本督計程車兵進駐！”
吳家周沒辦法只好叫來都頭，讓他帶領馬鋮計程車兵去對面的承恩寺。
馬鋮安排顧長衛帶著四千人去承恩寺，許大虎帶著一千人進駐應天府衙。吳家周看到這麼多人要進駐，趕緊說道：“大人，這些士兵能不能都去承恩寺，本衙實在沒有這麼多空房間啊！”
馬鋮一瞪眼睛罵道：“怎麼？沒空房間就讓你們的衙役書辦滾蛋，本督計程車兵有一個沒地方安置就拿你是問！”
馬鋮說完不管吳家周，帶著親兵邁步進了應天府衙。馬鋮手下計程車兵則各個如狼似虎，將應天府中的衙役、書辦、師爺統統攆了出來。
應天府的同知看馬鋮鬧的不像樣子，站出來想要斥責馬鋮不懂規模，那知道馬鋮管你那些，讓士兵連抽這傢伙十個大嘴巴，打的後槽牙都掉了兩個。
看到這幫丘八如此蠻橫，府衙眾人不敢遲疑，只好帶著自己的細軟逃出府衙。
吳家周看這個樣子嘆了口氣，反正現在兵荒馬亂的，吳家周只好給那些衙役放假。
馬鋮看吳家周要給衙役放假，趕緊攔住說道：“正好城外徐沾處需要人手，你們這幫廢物都去幫忙！”
徐沾是溧水縣令，歸應天府管理，現在讓上官去給下級當幫手，大家一個個都十分不滿。
但是不滿你能怎麼地？人家馬鋮有槍桿子，沒辦法吳家周只好將十幾個有品級的官員留下，剩下的一百多個吏員都派出去歸徐沾管理。
南京城裡寸土寸金，應天府衙原本就不大，馬鋮的一千士兵在加上五百親兵進來後馬上擁擠不堪，就連大堂、二堂等重要地方都搭起了鋪蓋。
馬鋮帶著幾個將領往後走，來到三堂，這裡已經是屬於知府的私人空間，再往後就是內宅了。馬鋮看了看這個三堂環境不錯，院子裡種了幾棵樹木，環境很是僻靜。v3書院
馬鋮點點頭說道：“好，這裡就是本督的指揮部，朱同，你安排一下，讓各司進駐。”