史蒂夫·羅傑斯離開了，而墨菲長在頂層的窗前看著遠方的大海，他的計劃已經出現了幾次的變化，從時間機器開始就可以不斷的出現變化。
“很多事情已經不同了，是否可以按照自己的想法繼續下去還是未知的，而未來現在慢慢變得未知了。”墨菲沉思著，他的運輸飛船已經開始修建，速度很快，畢竟需要的裝置沒有那麼的複雜，而且只有五百米的長度。之後就是開始向著月球運輸了，那裡將會成為一個基地，就在月球的背面，墨菲打算建立一個鋼鐵城市。
月球上面的礦藏是不少的，完全可以就地取材進行建設，也許未來可以將月球建設成一個衛星堡壘，只不過引力的問題需要掌握好，不然對地球的影響會十分的巨大。
……
史蒂夫·羅傑斯返回之後，將墨菲的說過的話重複了一遍，隨後就不再理會了，但是尼克·弗瑞卻是震驚到無以復加，時間旅行真的存在？那麼這就太過可怕了，墨菲竟然還掌握著時間旅行，而那次莫名的爆炸也有了來源，時間機器被炸燬，那些碎片……
尼克·弗瑞急忙詢問碎片的情況，隨後下令全部銷燬，瑪利亞·希爾親自負責，尼克·弗瑞這才發現，他們還是小看了詹姆斯·墨菲這個幽靈，他竟然在誕生之後去了二戰時期，並且被宇宙魔方送到了外星之中。那麼宇宙魔方的研究必須更加的穩固才行，不然如果再次開啟，到時候不知道誰會被送出去。
人類可不是墨菲那個幽靈，他們未必可以在宇宙中存活的太久，一旦那裡沒有空氣直接就是死亡的。
這件事情需要保密，神盾局之內不能再有人知道了，而史蒂夫·羅傑斯的作用性又突出了不少，未來外星人會進攻地球，這點需要特別關注。
尼克·弗瑞並不知道，宇宙魔方的研究是外星入侵的引子，或者說宇宙魔方的存在必然引起外星人的入侵，這點即便是知道他也未必會將宇宙魔方扔了。
事情就是這樣，有偶然性也有必然性，不作死就不會死的定律在宇宙中強大無比，無法反抗。
時間在流逝，世界是平靜的，美國軍隊陷入了泥潭之中，表面上他們贏得了戰鬥的勝利，可實際上他們根本無法抽身，而幽靈裝甲車成為了他們的依靠。每次巡邏必須有裝甲車乘坐，不然很多士兵甚至拒絕執勤，到了這個地步軍方再次增加裝甲車的配置。
墨菲現在是財源廣進，不過他提供的商品和服務是物超所值的，除非烏雲蓋頂，不然什麼都阻擋不了衛星。各國對此也是慢慢的接受了，不過他們秘密的也在研製更好的衛星系統，這是不可以停止的，而科技方面的投入更多了，墨菲存在就是他們的警鐘。
2005年7月，運輸飛船完工，上面安裝了漢克·皮姆的皮姆粒子技術，墨菲親自登船做第一次發射，首先就是縮小之後，這艘宇宙飛船竟然還有一架掠奪者戰機的大小。墨菲看到如此，直接升空進入大氣層，根本不用重新放大，隨後進入宇宙中變大，將那些集中起來的太空垃圾裝載，隨後前往月球。
負責清理太空垃圾的工程機器人降落在月球之上，而墨菲駕駛飛船在月球背面尋找了一個巨大的深坑，選擇了一個相對較小的一個，這裡將會是基地的位置。
隨後墨菲開始不斷的運輸材料和機器人，這裡將會建立生態迴圈系統，採用矩陣世界的技術，在深坑之中平整地面，然後安裝金屬地面，將其完全的覆蓋，這個需要的數量太多了。墨菲自然不會在地球採購，而是直接運輸冶煉裝置到這裡，設計了工程變形金剛，墨菲到是沒有讓它們組合成大力神的想法。
月球含有豐富的金屬元素，墨菲完全可以在這就地取材冶煉新型金屬和裝甲，這樣可以節省最大一部分的消耗，而現在運輸最多的就是機器人了。不是那種小型的工程機器人，而可以變形為工程裝置的變形金剛，智慧系統‘上尉’被墨菲送到了這裡，負責指揮這裡的機器人進行工作。
月球基地需要一個智慧系統作為指揮官，上尉是一個合適的選擇，反正他也是將自己當成一名士兵，而墨菲特別進入網路之中和他多接觸一些時間。
2006年初月球基地擁有工程變形金剛1200個，小型工程機器人3500個，鋼鐵地面鋪設完成，直徑一千米的深坑全部被鋼鐵鋪滿了。隨後開始在上面進行建設，第一個建設的就是中央位置的主塔和各種工廠，很多東西直接在這裡加工，而戰艦的修建工廠還沒有開始。
2007年初，工廠全面生產，各種材料不需要墨菲再次運輸了，而墨菲的視線賺到了地球上面來，羅斯將軍負責的超級士兵計劃出現了問題，一個巨大的綠色身影吸引了墨菲。
布魯斯·班納終於變身了，隨後消失不見，但是他的一切都在墨菲的掌握之中，衛星始終盯著他的行動，這個傢伙確實是聰明，拿過七個博士學位的人在其它方面也是出色。在圍追堵截之下跑了，一個人跑到了巴西去了，如果墨菲沒有衛星還真是盯不住他，畢竟巴西的監控可沒有那麼密集的。
而軍方掩蓋了浩克的出現，神盾局對此雖然知道一些，但是他們無法參與進行，這次的事件並不是外星事件，不算他們的管理範圍，美國隊長也沒有出動。
史蒂夫·羅傑斯看到了神盾局拿來的影片，對此他是無比厭惡的，美國軍方依然在進行超級士兵的計劃，而製造出來的怪物太過恐怖了。其實單純的伽瑪射線製造不出這樣的怪物，軍方對於布魯斯·班納完全就不瞭解，他的體內有其它物種的基因，這件事情只有墨菲清楚。
同時，布魯斯·班納因為童年的事情，他的身體內還隱藏著一種人格，最後造就了浩克。