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碇唯“複活”並沒有在nerv造成多大的影響，事實上除去冬月副司令和律子這樣的核心成員外，nerv幾乎沒人知道碇唯。
日子一天天過去，nerv的重建十分順利。與此同時，政府也開始對nerv進行了大刀闊斧式的改革。
出於對eva強大力量的恐懼，聯合國在一番討論之後出臺了《evangeion禁止法案》，決定禁止一切關於eva的使用和研發，現存的四臺eva、莉莉絲和郎基努斯之槍將全部沉入太平洋洋底，永久的封印起來。nerv也不再作為絕密的特務機關存在，而是改革重組成為一個全新的科研機構，依舊附屬於聯合國，繼續研究生命進化學。
碇源堂雖然依舊掌握著nerv，但是這時候已經不能再他叫“司令”了，而應稱他為“nerv研究院院長”。冬月則拒絕了“副院長”的頭銜，他說既然一切都已經結束了，他想回到校園做回自己的老本行，也就是老師，當然，這不代表他離開了nerv，他在nerv還掛著個“顧問”的頭銜。
冬月拒絕了任聘後，這個副院長的職位就自然而然的落在了美裡的頭上，美裡算是又升了一級，可喜可賀。律子依舊是nerv的首席科學家。加持則離開了nerv，開始真正為內務府工作，據說他也升官了。青葉茂、日向誠、伊吹瑪雅自然還留在了nerv。
至於真嗣、明日香和麗，沒有了eva，現在他們只是普通的十四歲小孩子了，他們的生活重新歸於平靜，平靜的甚至有些無聊，但是真嗣和麗卻覺得這種無聊的日子十分幸福，只有明日香偶爾會發一聲牢騷“好無聊啊――”
在nerv重建的差不多後，政府開啟了重建第三新東京市的專案，或許，現在應該叫第四新東京市了。重建的第四新東京市就坐落在地底世界的戰場上，nerv“金字塔”的旁邊，政府似乎是打算把第四新東京市打造成一個國際科研都市，在政府和聯合國的大力支援下，第四新東京市日新月異，一棟棟高樓在“金字塔”旁拔地而起。
……………………
一晃半年時間過去了，這一天，天剛剛亮李曉就早早的起床了。他先是沖了個澡，然後站在鏡子前，將頭發梳成大人模樣，再穿上一套帥氣西裝，看著鏡子裡英姿勃發的自己，李曉滿意的點了點頭。
為什麼今天李曉刻意打扮了一番，而且還穿的這麼正式呢？那是因為今天是一個特殊的日子，今天，美裡和加持要結婚了！
一個月前，美裡突然宣佈她和加持要結婚了。經過一個月的精心準備，這一天終於來了。
兩人結婚的地點就選在nerv本部，一是因為第四新東京市還沒有建造好，二是因為這裡承載了美裡和加持太多的回憶，而且經過一番重新裝修後，nerv的內部結構已經完全變了，現在的nerv是一所純粹的科研機構，這裡不再對外保密，甚至允許研究人員將自己的家屬接進來一起住，已經儼然是一座埋在地下的小型都市了，而適合作為結婚場地的大型禮堂自然也是有的。
李曉來到禮堂的時候已經是人山人海，他在人群中隨意的轉了一圈，忽然意外的發現在角落裡的一張餐桌上，明日香和渚薰正坐在那裡。渚薰同樣是一身得體的黑西裝，明日香則穿著一件熱情似火的紅色短裙禮服，這兩人的組合雖然十分稀奇，但是不得不說俊男美女坐在一起還是相當養眼的。
另外順便一提，渚薰還活著這件事碇司令已經知道了，現在使徒已經滅絕，eva也封印了，所以碇司令也沒說什麼，算是預設了渚薰的存在。自從碇唯回來後，碇司令整個人就好像變了一樣，雖然依然總是板著個臉，但比之前可要有人情味多了。
李曉走過去，對明日香和渚薰打招呼：“你們倆夠早的啊。”
明日香在桌子上拄著下巴：“是你太晚了。”
“曉，你今天可真是帥氣啊。”渚薰微微一笑，還是那麼優雅。